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Agilent miRNA芯片服務

?microRNAs(miRNAs)是一種大小約21—23個堿基的單鏈小分子RNA，是由具有發夾結構的約70—90個堿基大小的單鏈RNA前體經過Dicer酶加工后生成，不同于siRNA（雙鏈）但是和siRNA密切相關。microRNA通過和靶基因mRNA堿基配對引導沉默復合體（RISC）降解mRNA或抑制mRNA的翻譯，從而在轉錄后水平調控蛋白表達（新發現microRNA也能在轉錄水平調控基因表達）。microRNA在物種進化中相當保守，在動物、植物和真菌等中發現的microRNAs表達均有嚴格的組織特異性和時序性。microRNA在細胞生長和發育過程中起多種作用，包括調控發育、分化、凋亡和增殖等。

????? 上海伯豪生物技術有限公司作為上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心旗下的專業技術服務子公司，不斷強化生物芯片相關技術服務平臺建設，為國內外客戶提供專業化解決方案。在miRNA芯片領域，經過嚴格平行試驗優選，先后建立起三大技術平臺：Agilent miRNA芯片平臺（針對動物miRNA，已經進行了11812份樣品的miRNA芯片檢測服務），Affymetrix miRNA芯片平臺（覆蓋203個物種）以及ABI miRNA定量芯片平臺（定量原理），為客戶提供具有針對性的高端技術服務。

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Agilent miRNA芯片服務

安捷倫科技有限公司（Agilent?Technologies?Inc.）作為國際**的生物芯片制造企業，利用其先進的芯片生產工藝，開發出具有獨特設計的miRNA檢測芯片，能特異性地檢測出成熟的miRNA并能很好地區分高度同源的miRNA?分子。該平臺還具有特異性高、靈敏度高等特點?？梢詮V泛地應用于檢測和比較各類樣品的miRNA表達狀態，并通過分析其調控的靶基因來深入分析其調控機制或生物學功能。?

Agilent microRNA芯片探針設計圖

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Agilent?microRNA芯片技術特點

1. 唯一能通過特殊的探針設計區分成熟miRNA和miRNA前體的芯片平臺；
2. 無需分離miRNA，直接用Total?RNA?進行實驗，只需100ng的Total?RNA?即可用來進行標記實驗（不包括質檢所消耗的量），避免了分離、富集、放大等過程帶來的影響；
3. 樣品適用范圍廣：組織、血清、血漿、FFPE、冰凍切片組織、脫落細胞等均可進行實驗；
4. 高特異性：特殊的**探針設計能區別一個堿基的差異；
5. 高靈敏度：檢測豐度跨4個log，最高可達6個log，只要存在6000個拷貝的分子就可以檢出；
6. 數據來源于miRBase 21.0版本，并方便及時更新；
7. 人、大鼠、小鼠之外的動物物種，可以方便的通過earray進行個性化定制。

相關技術文章：Direct and sensitive miRNA profiling from low-input total RNA
相關介紹視頻：MicroRNA研究的綜合解決方案

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Agilent miRNA芯片服務推薦

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服務內容：總RNA抽提、樣品質檢、microRNA標記、雜交、洗脫、圖像掃描、數據分析。

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Agilent microRNA芯片相關技術文章 —?FFPE材料的microRNA分析

Zhang X, Chen J, Radcliffe T, Lebrun DP, Tron VA, Feilotter H. An array-based analysis of microRNA expression comparing matched frozen and formalin-fixed paraffin-embedded human tissue samples. J Mol Diagn. 2008. 10(6):513-9.?
使用芯片技術研究miRNA通常需要使用新鮮的樣本或快速冷凍的樣本。但是世界上大約有數十億份組織樣品保存在醫院或者組織樣品庫中，絕大多數是使用福爾馬林固定石蠟包埋的方法處理(Formalin-Fixed?and?Parrffin-Embedded，FFPE)的樣品。數量巨大的樣品蘊含著無限的科學研究的機會同時也是研究者們很棘手的研究對象。如何從這些樣品中獲取我們需要的生物信息呢？該文章中，Queen’s?Cancer?Research?Institute?使用Agilent?miRNA芯片對快速冷凍的樣本以及與之相匹配的相應的FFPE樣本進行了研究。?
結論：檢測自FFPE樣本中抽取miRNA在技術上是可行的；Agilent?miRNA芯片平臺的數據顯示出其在抽提、標記和雜交過程中的高度重復性。

Agilent microRNA芯片相關技術文章 —?血漿樣本進行microRNA分析

Wang K, Zhang S, Marzolf B, Troisch P, Brightman A, Hu Z, Hood LE, Galas DJ. Circulating microRNAs, potential biomarkers for drug-induced liver injury. Proc Natl Acad Sci U S A. 2009, 106(11):4402-7.
該文章用血漿中獲得的特異性microRNA作為標志物，監控Acetaminophen（對乙酰氨基酚,退熱凈）過量使用對肝臟造成的藥物性損傷。
結論：該方法的靈敏度要高于傳統的ALT（谷丙轉氨酶）指標。

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miRNA芯片分析

1. 歸一化?
microRNA芯片采用的歸一化的方法為quantile normalization，loess normalization。

2. 差異基因篩選?
microRNA的差異篩選，同表達譜的篩選方法是一致的，參見表達譜的差異基因篩選。

3. miRNA靶基因預測?
microRNA結合在靶基因的3’ UTR，下調靶基因．miRNA靶基因預測有多種方法．我們主要利用TargetScan數據庫關聯microRNA的靶基因。

對microRNA 進行靶基因預測的結果表格

4. miRNA與靶基因網絡圖?
將顯著性功能與顯著性Pathway所包含的靶基因取交集后與microRNA構建基因與microRNA調控網絡（待確認），可以在全局的水平上直觀的反應基因之間的相互關系，同時反映了基因調控網絡的穩定性。根據網絡中microRNA的位置函數計算出microRNA在網絡中的關系強度，即microRNA的網絡特征值。特征值高microRNA處于網絡的樞紐性地位，該microRNA調控能力強，對網絡結構和樣本性狀有重要的調控價值，同時從網絡中也可以得到被microRNA調控的關鍵靶基因。

5. miRNA－GO　Network?
miR-GO Network利用靶基因的功能注釋與microRNA-mRNA靶向調控關系，構建microRNA功能調控的網絡圖。網絡圖可發現MicroRNA調控的多種基因功能，并通過網絡分析，得到核心調控microRNA以及microRNA調控的核心基因功能。

6. miRNA－Pathway Network?
miR- Pathway Network與miR-GO Network類似．利用靶基因的Pathway間相互作用關系，與microRNA-mRNA靶向調控關系，構建miR- Pathway調控的網絡圖。網絡圖可發現MicroRNA調控的多種信號通路，并通過網絡分析，得到核心調控microRNA以及microRNA調控的核心信號通路。

7. miRNA的轉錄因子的預測?
為了研究miRNA的調控機制，首先預測miRNA的promoter區域，根據miRNA的promoter區域，利用HMM來預測結合的轉錄因子。

8. miRNA與表達譜芯片平臺的聯合分析?
miRNA與表達譜芯片平臺的聯合分析除了和甲基化與表達譜芯片分析類似外，還可以將miRNA預測的靶基因和表達譜芯片的差異基因取交集，進行miRNA-DiffGene-Network。

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參考文獻

1. Wang K, Zhang S, Marzolf B, Troisch P, Brightman A, Hu Z, Hood LE, Galas DJ.?Circulating microRNAs, potential biomarkers for drug-induced liver injury.?Proc Natl Acad Sci U S A. 2009, 106(11):4402-7.
2. Zhang X, Chen J, Radcliffe T, Lebrun DP, Tron VA, Feilotter H.?An array-based analysis of microRNA expression comparing matched frozen and formalin-fixed paraffin-embedded human tissue samples.?J Mol Diagn. 2008. 10(6):513-9.
3. Wang S, Wang L, Zhu T, Gao X, Li J, Wu Y, Zhu H.?Improvement of tissue preparation for laser capture microdissection: application for cell type-specific miRNA expression profiling in colorectal tumors.?BMC Genomics. 2010, 10;11:163
4. Liu Y, Hu W, Wang H, Lu M, Shao C, Menzel C, Yan Z, Li Y, Zhao S, Khaitovich P, Liu M, Chen W, Barnes BM, Yan J.?Genomic analysis of miRNAs in an extreme mammalian hibernator, the Arctic ground squirrel.?Physiol Genomics. 2010, 42(1):39-51.

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上海伯豪Agilent miRNA芯片服務客戶應用文獻匯總

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• 第四軍醫大揭示遏制腫瘤生長的miRNA
• 伯豪客戶發現吉西他濱耐藥性新機制
• 伯豪客戶發表食管癌個體化治療研究新成果！
• 伯豪客戶白曉春老師的新作榮登國際頂級期刊JCB封面文章
• 一水草酸鈣晶體刺激腎近端小管細胞后miRNA表達譜的變化
• 唾液microRNAs作為一種無創性的生物標志物對檢測可切除性胰腺癌展示出較大的潛能
• miRNA-146a促進肝細胞癌化之內皮細胞血管新生
• PLoS ONE：microRNAs在hUC-MSCs肝分化中的分子機理研究
• GUT：基因芯片篩選發現大腸癌早期診斷分子標志物?
• SBC客戶利用miRNA芯片篩選發現肝癌標志物
• 激光捕獲與芯片的聯合應用
• microRNA芯片篩選發現血清血漿中的胃癌早期診斷標志物

Affymetrix miRNA芯片服務

Affymetrix miRNA 4.0 芯片服務

上海伯豪生物技術有限公司（Shanghai Biotechnology Corporation）作為上海生物芯片有限公司/生物芯片上海國家工程研究中心旗下的專業技術服務子公司，不斷強化各類生物芯片相關技術服務平臺建設，為國內外客戶提供專業化解決方案。在miRNA芯片服務領域，多年來進行了一萬多份樣品的miRNA芯片檢測服務，協助客戶發表SCI論文50余篇，平均IF4.6。

上海伯豪生物技術有限公司作為Affymetrix認證服務供應商，利用Affymetrix新開發的 GeneChip? miRNA 4.0 Array為您提供優質的服務。

一、芯片特點：

• 高覆蓋度-涵蓋miRBase Release 20中所有成熟的miRNA序列；
• 新型的分析-采用同樣的芯片可以檢測人、小鼠、大鼠或其他物種的miRNA（同時檢測203個物種的miRNA）；
• 信息量大-芯片結果包括：host gene ID、miRNA target genes、clustered miRNA等；
• 樣本量低-僅需要130ng的total RNA。
• 高靈敏度：檢測豐度跨4個log，可以檢測到1.0 attomol的microRNA含量。
  

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二、芯片內容：

• 100% 覆蓋miRBase v20數據庫；
• 30,424個成熟miRNA；
• 5,214個人、小鼠、大鼠miRNA；
• 1,996個人類snoRNA, scaRNA；
• 3,770個探針專門針對人類、小鼠、大鼠前體發夾狀序列設計。

探針數目：（人、大鼠、小鼠）

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三、microRNA芯片服務流程圖

四、數據分析：

上海伯豪為客戶整合推出miRNA芯片分析全面解決方案（包括歸一化、差異基因篩選、miRNA靶基因預測、 miRNA與靶基因網絡圖、miRNA-GO Network、miRNA-Pathway Network、miRNA的轉錄因子的預測、miRNA與表達譜芯片平臺的聯合分析）。