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Illumina 850k (EPIC)甲基化芯片服務
DNA的甲基化修飾是表觀遺傳研究中的一個熱點，在基因調控過程中扮演著重要的角色。它在維持組織特異性表達譜，使細胞獲得并保持特定狀態中起著重要作用。同時也調控著染色質穩定性、印跡基因表達調控、X染色體失活及抑制病毒和外源基因的表達等生物過程。更重要的是，在許多復雜疾病或生命過程的發生、發展中，也與DNA甲基化對基因的表達調控密切相關，這些疾病包括：癌癥、神經系統紊亂、老化以及發育。
? ? ??Illumina在原450K芯片巨大成功的基礎上，推出了新一代的DNA甲基化芯片Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip芯片（下文中以850K芯片代稱），為研究者提供了一個可靠且經濟高效的甲基化分析平臺。850K芯片可檢測人全基因組約853,307個CpG位點的甲基化狀態，其中包含了原450K芯片91%的位點，并增加了413,745個位點（圖 1）。850K芯片不但保持了對CpG島，基因啟動子區的全面覆蓋，還特別加強了增強子區（新增了333,265個探針覆蓋來自ENCODE及FANTOM5計劃的增強子）以及基因編碼區的探針覆蓋。廣泛應用于干細胞研究、腫瘤和其他復雜疾病研究，是目前非常適合表觀基因組全關聯分析研究的全基因組DNA甲基化芯片。
芯片特點：
- 覆蓋全面：檢測853,307個CpG位點；全面覆蓋CpG島、啟動子、編碼區及增強子。
- 無需“甲基化DNA免疫共沉淀”，亞硫酸氫鹽處理基因組DNA即可進行芯片實驗； Infinium探針設計，直接識別甲基化位點；
- 技術重復重現率>98%；
- 操作簡單，無須PCR擴增；模板量可低至250ng；
- 適用于FFPE樣品。
Infinium Methylation EPIC BeadChip芯片對全基因組的全覆蓋
? ? ??850K芯片對基因組的功能元件提供了空前全面覆蓋：CpG島、RefSeq基因、ENCODE開放染色質、ENCODE轉錄因子結合區以及FANTOM5增強子。**的Infinium HD技術的保證了目標區域超高密度覆蓋，同時還避免了甲基化DNA捕獲方法具有偏向性的缺點。850K芯片的一大特點是增加了很多由ENCODE項目中鑒定出來的潛在增強子。（ENCODE通過全面分析開放染色質、FAIRE實驗、轉錄因子結合區域，整合出基因組中活躍的區域。）最后，芯片還覆蓋了FANTOM5項目鑒定得到的不同組織類型中的增強子。下圖及表格統計展示了850K芯片對于不同染色體、基因組功能元件的覆蓋及分布。以上的設計不但可從泛-增強子及編碼區域角度分析甲基化組，還在全基因組表觀遺傳關聯研究（EWAS）中發揮重要作用。850K芯片中所包含的系列有價值的位點：
- CpG島以外的CpG位點
- 人類肝細胞中的非CpG甲基化位點（CHH位點）
- 腫瘤（多種類型的癌癥）VS正常樣本中的不同甲基化位點，可以檢測多種樣本類型
- FANTOM5增強子
- ENCODE開放染色質和增強子
- 脫氧核糖核酸酶超敏位點
- miRNA啟動子區域
- 涵蓋Infinium Methylation 450 BeadChip芯片中的＞90%的內容
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芯片數據的可靠性
? ? ??Methylation EPIC BeadChip沿用了在450K芯片中取得成功的Infinium I及II探針設計（Figure 4）,以達到保證數據穩定可靠的同時也達到對目標區域全面覆蓋。Infinium II探針對目的CpG位點采用單個探針且序列中包含簡并堿基設計，即使序列中有多達三個CpG位點的甲基化狀態影響也不會對目的位點的結果造成影響。Illumina的科學家嚴格檢測每個產品，以確保強大而重復的性能，讓研究人員能夠實現行業**的數據質量。
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（1）Infinium Ⅰ 探針設計
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（2）Infinium Ⅱ 探針設計
? ? ??Infinium Ⅱ 探針只使用一種磁珠，探針末端為C，與目的位點的前一個堿基配對，只延伸一個堿基（ ddNTP-BioT， ddNTP-DNP）分別與非甲基化或甲基化位點配對。根據兩種熒光類型及計算目的位點的甲基化程度。
基于Infinium平臺的可靠性，850K芯片表現出非常完美的重復相關系數（r2＞0.98），而且850K芯片與450K芯片相同的位點的重復r2＞0.98，為850K與450K數據的整合分析建立了基礎。此外通過比較8個生物學樣品的重復的結果，850K芯片能可靠檢測0.2的delta-beta值，且假陽性率低于1%。此外，芯片中設計了樣品依賴和樣品不依賴的內參以保證數據的高質量，例如專為亞硫酸氫鹽轉化后而復雜度降低序列而設計的陰性對照。
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850K芯片適用于FFPE樣品的甲基化研究
? ? ??Illumina為FFPE樣本的檢測改進了protocol，以獲得更可靠成穩定的結果。通過與新鮮樣本的比較，可見雖然FFPE樣本的檢出率受到樣本質量的影響而下降，但FFPE樣本的技術重復的相關性R平方仍然高達0.98。對同一份樣本的冰凍樣本及FFPE樣本的結果比較發現兩者相關依然很高（R=0.994）。
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三、樣本要求：
樣品類型：組織、細胞、基因組DNA
- 樣品純度：OD 260/280值應在1.7～2.0 之間；RNA 應該去除干凈；不得有其它個體或其它物種的DNA污染。
- 樣品濃度：濃度不低于50ng/μl；
- 樣品總量：每個樣品總量不少于2μg 。
- 樣品溶劑：溶解在TE中。
- 樣品運輸： DNA低溫運輸（-20℃）；在運輸過程中請用parafilm將管口密封好，以防出現污染。
四、數據分析
? ? ? ?詳細內容同450K數據分析內容，詳見鏈接：http://www.shbio.cn/product/30.html
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Agilent DNA甲基化芯片服務
Agilent DNA甲基化芯片服務
Agilent 的甲基化芯片通過SurePrint芯片合成**技術，優化探針設計及實驗方法，可靈活進行甲基化研究，得到高靈敏度、高特異性、高重復性的結果。
芯片推薦：Agilent Human CpG Island Microaray 1x244K
芯片介紹：覆蓋27,800個人類CpG島，參考數據庫為：UCSC hg18 (NCBI Build 36.1, March 2006)。
芯片推薦：Agilent Human DNA Methylation Microarray 1x244K
芯片介紹：覆蓋27,627個人類CpG島和5081個UMR區域，參考數據庫為：UCSC hg18 (NCBI Build 36.1, March 2006)。
芯片推薦：Agilent Mouse CpG Island Microarray, 2x105K
芯片介紹：覆蓋16,030個小鼠CpG島，參考數據庫為：UCSC mm8 (NCBI Build 36, February 2006)。
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Shbio DNA甲基化芯片服務
Shbio DNA甲基化芯片服務
芯片推薦：SBC 人類全基因組CpG 島芯片服務
芯片介紹：本甲基化芯片針對基因組中所有的GC%>57%，長度>250bp的46957個CpG島而設計，覆蓋全基因組中的CpG島。甲基化芯片由本公司自行開發設計，Nimblegen公司合成，包括兩有套設計方案：探針位于CpG島內或位于島外，每張芯片上總共含有392778個探針。具有覆蓋率廣、敏感度高、精確度高的特點。 芯片通過特異性結合甲基化DNA的蛋白-MBD2b，富集基因組中的甲基化DN**段，再通過接頭放大標記后進行芯片分析。
BSP &MSP服務
BSP服務針對少數的已知基因或位點設計，根據亞硫酸氫鈉處理后甲基化的胞嘧啶C不變，而普通胞嘧啶變成U的原理，設計引物擴增經亞硫酸氫鈉處理后的樣品，通過判斷PCR是否能擴增或通過測序確定目的片段中的CpG位點的甲基化狀態。
MSP服務原理與BSP類似，通過甲基化敏感的限制性內切酶切割與PCR相聯，研究酶切位點的甲基化狀態。
BSP Microarray服務
通過亞硫酸氫鈉處理后甲基化的胞嘧啶C不變，而普通胞嘧啶變成U的原理，對目的片段內的各位點設計相應的探針，檢測其甲基化狀態。適于研究中大量樣本的目的片段，具有方便快捷，靈敏度高的優點。