為幫忙大家更快了解最新科研進展，掌握科研熱點，擴展科研思路，伯豪生物特此推出最新高分文獻速遞系列推文。本期是2025年7月最新發表的空間轉錄組相關高分文獻集萃！
01高分文獻一
標題：Cancer Cell-整合的單細胞和空間轉錄組學揭示了參與胰腺癌神經侵襲的不同細胞亞型
文章標題：Integrated single-cell and spatial transcriptomics uncover distinct cellular subtypes involved in neural invasion in pancreatic cancer
期刊：Cancer Cell
影響因子：44.5
文章摘要：神經組織在腫瘤生物學中具有重要作用，但其周圍及內部微環境及其在癌癥神經侵襲（NI）中的作用仍缺乏深入研究。本研究對25例胰腺導管腺癌（PDAC）患者的62個樣本進行單細胞/單核RNA測序（sc/snRNA-seq）和空間轉錄組學分析，揭示了不同NI狀態下的細胞組成、譜系動態及空間分布特征。低NI腫瘤組織中三級淋巴樣結構豐富且與未受侵入的神經共定位，而高NI組織中NLRP3+巨噬細胞和癌相關肌成纖維細胞則環繞著受侵入的神經。我們鑒定出獨特的內神經NRP2+成纖維細胞群，并表征了三種不同的施萬細胞亞群。TGFBI+施萬細胞位于NI前緣，可通過轉化生長因子β（TGF-β）信號通路誘導，促進腫瘤細胞遷移，并與較差的生存率相關。我們還發現了具有獨特形態特征和增強NI潛能的基底樣惡性亞群及神經反應性惡性亞群。這一描繪腫瘤相關神經的圖景揭示了原位癌癥-免疫-神經相互作用的關鍵機制，并為靶向NI的治療開發提供了新思路。
02 高分文獻二：單細胞+Xenium
標題：Cancer Cell-不同的濾泡T細胞亞群調節淋巴瘤的進展和結果
文章標題：Distinct follicular T cell subsets regulate lymphomaprogression and outcomes
期刊：Cancer Cell
影響因子：44.5
文章摘要：濾泡性淋巴瘤（FL）的特點是腫瘤性濾泡結構的擴張，這表明它可能具有獨特的T細胞免疫形式。然而，除了T濾泡輔助細胞（TFH細胞）之外，濾泡T細胞在FL中的異質性和作用仍有許多未被探索。在這項研究中，我們利用泛癌單細胞映射、空間分辨的單細胞轉錄組學和多路蛋白譜型分析，以及功能表征，對FL中的濾泡T細胞進行了多組學分析。我們發現，在FL中擴增的非TFH濾泡T細胞亞群在轉錄和空間上表現出顯著差異。這些亞群不僅增強了抗腫瘤特性，還形成了獨特的空間生態位。在以白細胞介素-21為主導的條件下，這些亞群的表型得到了復制，揭示了生成這些亞群的離散自我調節細胞生態系統，這可能是FL臨床行為的基礎。此外，這些亞群能夠獨立于現有的預后標志物，顯著地分層FL的預后。我們的研究結果強調了一種先前未被認識的免疫機制，這有助于我們更好地理解淋巴瘤，并改善患者的治療管理。
03 高分文獻三：Xenium定制基因
標題：Nature-肥胖與體重減輕過程中脂肪微環境的選擇性重塑
文章標題：Selective remodelling of the adipose niche in obesity and weight loss
期刊：Nature
影響因子：48.5
文章摘要：減重能顯著改善肥胖人群的代謝和心血管健康。脂肪組織（AT）的重塑是這些重要臨床效應的核心機制。然而令人驚訝的是，關于其潛在機制的研究卻寥寥無幾，這成為治療進展的一大障礙。本研究通過構建空間解析的單細胞圖譜（包含70名受試者的171,247個細胞），揭示了肥胖及治療性減重過程中重塑人體脂肪組織、進而影響代謝健康的細胞類型、分子事件及調控因子。我們發現代謝細胞、前體細胞和血管細胞對衰老具有選擇性易感性，并證實減重可有效逆轉衰老進程。我們明確了可能驅動衰老退行性循環——即衰老、組織損傷與代謝功能障礙——的基因調控機制和組織信號通路。研究發現減重可減少脂肪細胞肥大和生物力學約束通路，激活全局代謝通量與生物能量底物循環，從而介導系統性代謝健康的改善。在免疫系統方面，我們證實減重可抑制肥胖引發的巨噬細胞浸潤，但無法完全逆轉其活化狀態，導致這些細胞處于易觸發體重反彈和加重代謝功能障礙的預備狀態。通過將細胞映射至組織微環境，我們揭示了組織損傷與修復的共同決定因素?？傮w而言，我們互補的單核和空間數據集為肥胖AT功能障礙的基礎及其通過減肥逆轉提供了前所未有的見解，并且是探索機制和治療的關鍵資源。
04 高分文獻四
標題：Journal of Hematology & Oncology -單細胞和空間組學在揭示癌癥藥物反應和耐藥性細胞特征中的應用
文章標題：Application of single-cell and spatial omics in deciphering cellular hallmarks of cancer drug response and resistance
期刊：Journal of Hematology & Oncology
影響因子：40.4
文章摘要：藥物抗性在癌癥治療中構成了重大挑戰，導致疾病快速復發、進展加速及患者死亡率上升。盡管其影響至關重要，但目前尚缺乏可靠的預測指標來指導臨床應用。腫瘤異質性和腫瘤微環境（TME）是影響癌癥藥物療效和抗性的關鍵因素。腫瘤異質性導致不同患者的治療反應差異顯著，而癌細胞與TME之間的動態互動則促進了腫瘤的生存和增殖，這凸顯了識別細胞特征以預測藥物反應和抗性的緊迫性。單細胞和空間組學技術提供了對單個細胞水平基因表達的高分辨率洞察，揭示了細胞間的異質性，揭示了潛在的病理機制、細胞間相互作用及代謝調節。本文綜述了單細胞和空間組學在癌癥藥物研究中的原理、方法和工作流程，重點討論了涉及腫瘤異質性、TME重編程、細胞間相互作用、代謝調節和信號通路調控的關鍵特征。此外，我們還總結了25種癌癥類型中用于預測藥物反應和抗性的細胞生物標志物，為癌癥精準醫療的發展奠定了基礎。
05 高分文獻五：激光捕獲顯微切割（LCM）
標題：Journal of hepatology-時空肝臟動力學塑造肝細胞異質性，并影響體內基因工程
文章標題：Spatiotemporal liver dynamics shape hepatocellular heterogeneity and impact in vivo gene engineering
期刊：Journal of hepatology
影響因子：33.0
文章摘要：肝細胞是肝臟的主要組成部分，對代謝至關重要，也是體內基因治療的重要目標，這種治療有望通過修復肝細胞功能缺陷來治療單基因疾病。將轉基因整合到目標細胞的基因組中，對于早期給藥后實現長期表達至關重要，這可以通過載體整合或基因編輯技術來實現。為了確?；蛐揎椩诟闻K生長和更新過程中持續有效，還需要針對參與這些過程的細胞。盡管先前的研究主要集中在肝臟的穩態和再生上，但肝細胞的生長和成熟機制仍不完全清楚。本研究探討了肝細胞異質性在肝臟生長過程中的演變，并評估了其對體內基因工程的影響。我們發現，在新生肝臟中，約15-20%的克隆生成肝細胞產生了超過90%的成年組織，并且這些細胞與造血島在同一空間區域共存。優先對這些克隆生成的肝細胞進行基因編輯，導致基因工程肝臟面積的比例增加，這支持了它們在肝臟生長中的作用。年齡相關的肝細胞異質性影響了體內慢病毒基因傳遞的效率及其在肝小葉中的分布。斷奶后逐漸形成的代謝分區和成年期中心周圍區域蛋白酶體活性的升高，影響了觀察到的年齡相關結果。
