
焦磷酸測序技術(shù)(Pyrosequencing)是針對序列的檢測技術(shù),能夠快速精確地對序列變異進(jìn)行定量。簡化的操作步驟、分析的靈活性和理想的輸出數(shù)據(jù)使焦磷酸測序技術(shù)為大通量、低成本、直觀地進(jìn)行單核苷酸多態(tài)性(SNPs)研究和臨床檢驗提供了非常理想的技術(shù)操作平臺。
焦磷酸測序原理
步驟1
擴(kuò)增DN**段并對焦磷酸模板鏈進(jìn)行生物素化。通過變性,分離生物素化的單鏈PCR擴(kuò)增子并使其與一條測序引物進(jìn)行雜交。
步驟2
將雜交引物和單鏈模板與DNA聚合酶、ATP硫酸化酶、熒光素酶和腺苷三磷酸雙磷酸酶,以及底物腺苷-5'-磷酸硫酸酐(APS)和熒光素共孵育。
步驟3
第一個脫氧核苷酸三磷酸(dNTP)被引入反應(yīng)。DNA聚合酶催化dNTP,使其在互補(bǔ)模板鏈的情況下對測序引物進(jìn)行延伸。每個核苷酸的添加都對應(yīng)著等摩爾數(shù)焦磷酸(PPi)的釋放。
步驟4
ATP硫酸化酶在腺苷-5'-磷酸硫酸酐(APS)存在的情況下將PPi轉(zhuǎn)化為ATP。生成的ATP為熒光素酶介導(dǎo)的熒光素氧化反應(yīng)提供能量,并生成與ATP的數(shù)量成比例的可見光。電荷耦合器(CCD)攝像頭檢測到熒光素酶催化反應(yīng)所生成的光,并將其作為原始輸出數(shù)據(jù)中的一個峰值(熱解圖Pyrogram)。每個峰值(光信號)的高度與核苷酸結(jié)合的數(shù)目呈比例關(guān)系。
步驟5
腺苷三磷酸雙磷酸酶是核苷酸的降解酶,持續(xù)地對未結(jié)合的核苷酸和ATP進(jìn)行分解。當(dāng)分解完成時,便會引入另一個核苷酸。
步驟6
dNTP的添加反應(yīng)在持續(xù)進(jìn)行著。應(yīng)注意脫氧腺苷三磷酸α-硫代三磷酸(dATPαS)能夠作者為天然脫氧腺苷三磷酸(dATP)的替代物,被DNA聚合酶有效利用,卻并不會被熒光素酶所識別。當(dāng)反應(yīng)進(jìn)行時,逐漸合成了互補(bǔ)的DNA鏈,其核苷酸序列能夠憑借熱解圖(Pyrogram)軌跡中的信號峰值來確定。
強(qiáng)大的PyroMark平臺與表觀遺傳和遺傳分析流程無縫接合,一次檢測可多達(dá)96個樣本。可檢測病原體中藥物抗性的發(fā)展,基因表達(dá)調(diào)控中表觀遺傳學(xué)DNA甲基化的作用、牲畜的特異表型的遺傳標(biāo)記,以及法醫(yī)檢材樣本中線粒體DNA的多態(tài)性。其與QIAGEN先進(jìn)的樣本制備、亞硫酸氫鹽轉(zhuǎn)化和PCR擴(kuò)增技術(shù)兼容。借助于高度可靠的儀器可在序列水平上對SNP、插入和缺失、CpG位點進(jìn)行檢測以及生成序列信息,簡化的工作流程可更快速地獲得結(jié)果。
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