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Western樣品電泳前需進行蛋白定量，以便保證蛋白上樣量一致，有利于后續定量或半定量分析，常用的蛋白濃度測定方法有Lowry法、BCA法、Bradford法等，其靈敏度和所需的時間不同，且不同的方法會受不同干擾物質的影響，實驗者可以根據樣本制備方法（裂解液成分、去垢劑和還原劑種類等）自行選擇。
以下是幾種方法的比較：
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| 方法 | 原理 | 靈敏度 | 干擾因素 | 應用 |
| BCA法 | 基于雙縮脲原理，堿性條件下蛋白質將Cu2+還原成功Cu，BCA螯合Cu作為顯色劑，產生藍紫色并在562nm有吸收峰，單價Cu與蛋白濃度在一定范圍內呈現線性關系。 | ?試管法： ?20-2000ug/ml， ?微孔法： ?25-500ug/ml。 |
對SDS、Triton X-100、 Tween 20、Tween 80等化學干擾物有很好的兼容性，但易受鰲合劑、還原劑、脂類物質及強酸、強堿條件的影響。 |
?較快40分鐘內完成， 較好， ?抗干擾能力強。 |
| Bradford法 | 考馬斯亮藍G-250與蛋白質結合呈藍色，在波長595nm有吸收峰，其吸光值與蛋白含量成正比。 | ?50 - 1000 μg/ml | 易受強堿性緩沖液TritonX-100， SDS等去垢劑的影響 |
?快速5-15分鐘， ?顏色穩定， ?深淺隨不同蛋白質變化。 |
| Lowry法 | 蛋白質在堿性溶液中肽鍵與Cu2+螯合，形成蛋白質-銅復合物，還原酚磷鉬酸產生藍色化合物，藍色深淺與蛋白質濃度呈線性關系。 | ?較高5ug/ml | 適用于脂類含量較高的樣品測定，也能耐受相當濃度的去垢劑如 SDS。 |
?40-60分鐘， ?操作要嚴格計時。 |
蛋白樣本經過定量后，要制備電泳上樣的樣本，一般有以下幾種情況：
A．變性、還原蛋白樣本
一般的抗體只能識別抗原蛋白中的部分序列結構（表位），為使抗體能夠達到結合該表位而需要將蛋白樣本進行變性，使之打開折疊的空間結構。蛋白變性一般使用含陽離子去污劑如SDS的上樣Buffer，并于95-100℃煮沸5分鐘，SDS的陰離子環繞蛋白肽鍵使之帶負電荷，蛋白分子量不同，結合的SDS數量不同，所帶負電荷也不同，電泳遷移速度不同，SDS-PAGE電泳可以將不同分子量的蛋白分開。
B．天然和非還原樣本
某些抗體識別的表位是非連續氨基酸構成的蛋白三維結構，此種情況需要進行非變性的WB，抗體的說明書一般會標注，這種非變性電泳不加SDS，樣本也不需煮沸。某些抗體僅識別蛋白的非還原態，如某些Cysteine基的氧化態，因此Loading buffer和電泳液中不加入巰基乙醇和DTT。
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| 蛋白狀態 | 凝膠狀態 | Loading Buffer | 電泳緩沖液 |
| 還原—變性 | 還原和變性 | 有β-巰基乙醇或DTT和SDS | 有SDS |
| 還原—天然 | 還原和非變性 | 有β-巰基乙醇或DTT，無 SDS | 無SDS |
| 氧化—變性 | 非還原和非變性 | 無β-巰基乙醇或DTT，有SDS | 有SDS |
| 氧化—還原 | 非還原和天然 | 無β-巰基乙醇或DTT，無SDS | 無SDS |
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Western電泳樣品制備相關產品：
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| 目錄號 | 產品名稱 | 規格 | 目錄價 |
| 70-PQ0011 | BCA法蛋白定量試劑盒(50T/250T) | kit | 240 |
| 70-PQ0012 | BCA法蛋白定量試劑盒(100T/500T) | kit | 360 |
| 70-PQ0021 | 快速型Lowry法蛋白定量試劑盒(50T/1000T) | kit | 150 |
| 70-PQ0022 | 快速型Lowry法蛋白定量試劑盒(100T/2000T) | kit | 200 |
| 70-PQ0031 | 抗干擾Lowry法蛋白定量試劑盒(50T) | kit | 180 |
| 70-PQ0032 | 抗干擾Lowry法蛋白定量試劑盒(100T) | kit | 280 |
| 70-PQ0041 | Bradford法蛋白檢測試劑盒（500T） | kit | 60 |
| 70-PQ0041 | Bradford法蛋白檢測試劑盒（1000T） | kit | 100 |
| 70-WB004 | SDS-PAGE蛋白上樣緩沖液(5X) | 1 ml*2 | 30 |
| 70-WB0041 | 非變性蛋白上樣緩沖液(5X) | 1 ml*2 | 30 |
| 70-WB0042 | 非變性非還原性蛋白上樣緩沖液(5X) | 1 ml*2 | 30 |