在作物研究、微生物學(xué)、藥物開(kāi)發(fā)等場(chǎng)景的科研探索中，科研人員常常要解析DNA–蛋白質(zhì)的互作，以揭示基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和表觀遺傳機(jī)制。然而，傳統(tǒng)DNA–蛋白質(zhì)互作技術(shù)總有“難以避免”的痛點(diǎn)：
1、ChIP-seq：耗時(shí)長(zhǎng)，需要大量細(xì)胞樣本，且背景噪聲大，信噪比低，數(shù)據(jù)解析復(fù)雜。
2、傳統(tǒng)CUT&RUN：雖然靈敏度有所提升，但操作仍繁瑣，流程復(fù)雜，重復(fù)性和效率受限。
為了解決這些問(wèn)題，近岸蛋白潛心研發(fā)出NEXT CUT&RUN（NovoNGS® NEXT CUT&RUN High-Sensitivity Kit (for Illumina®)，Cat.No.: N359）——新一代精簡(jiǎn)型CUT&RUN方案，讓DNA–蛋白互作分析更高效、更精準(zhǔn)、更輕松。
五大產(chǎn)品優(yōu)勢(shì)，專為高效科研設(shè)計(jì)
1、相比傳統(tǒng)CUT&RUN技術(shù)，背景更低，信噪比大幅提升；
2、低至5000個(gè)細(xì)胞，操作簡(jiǎn)單，僅需10 h；
3、融合pAG-Nuclease，一步實(shí)現(xiàn)靶標(biāo)識(shí)別和高效切割；
4、抗體單次實(shí)驗(yàn)使用量低至0.1-0.5 μg，節(jié)省成本；
5、隨附建庫(kù)試劑，從靶標(biāo)捕獲到文庫(kù)構(gòu)建一套搞定。
DNA/蛋白互作研究技術(shù)比對(duì)
實(shí)驗(yàn)流程圖
性能展示
1 NEXT CUT&RUN文庫(kù)構(gòu)建質(zhì)量高
轉(zhuǎn)錄因子研究：
圖1. NEXT CUT&RUN試劑盒在100K K562細(xì)胞條件下進(jìn)行CTCF CUT&RUN建庫(kù)。毛細(xì)管電泳結(jié)果顯示，文庫(kù)呈現(xiàn)典型的核小體周期分布，主峰180 bp以上，符合預(yù)期片段大小，表明文庫(kù)構(gòu)建成功且切割效率好，可用于后續(xù)高質(zhì)量測(cè)序分析。
組蛋白研究：
圖2. NEXT CUT&RUN試劑盒在100K K562細(xì)胞條件下進(jìn)行H3K27me3 CUT&RUN建庫(kù)。文庫(kù)呈現(xiàn)典型的核小體周期分布，主峰約320 bp，符合預(yù)期片段大小，表明文庫(kù)構(gòu)建成功且切割效率好，可用于后續(xù)高質(zhì)量測(cè)序分析。
2 下機(jī)數(shù)據(jù)背景低，信噪比高
IGV數(shù)據(jù)分析：
圖3. 以100K個(gè)K562細(xì)胞為樣本，使用不同品牌的CUT&RUN試劑盒對(duì)組蛋白修飾、DNA結(jié)合蛋白及轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行檢測(cè)。IGV結(jié)果顯示，使用近岸蛋白NEXT CUT&RUN可在不同組蛋白、DNA結(jié)合蛋白和轉(zhuǎn)錄因子中獲得背景清晰，信噪比高的互作圖譜，且信噪比明顯優(yōu)于其他同類產(chǎn)品。
TSS富集分析：
圖4. 以30K個(gè)K562細(xì)胞為樣本，使用不同品牌的CUT&RUN試劑盒對(duì)組蛋白修飾、DNA結(jié)合蛋白及轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行檢測(cè)。通過(guò)TSS富集分析發(fā)現(xiàn)，近岸蛋白NEXT CUT&RUN試劑盒獲得的TSS富集得分顯著高于其他同類產(chǎn)品，表現(xiàn)出更優(yōu)的信噪比。
3 NEXT CUT&RUN建庫(kù)所需樣本量少，僅需5000個(gè)細(xì)胞
圖5. 以K562細(xì)胞為樣本，使用NEXT CUT&RUN在不同細(xì)胞數(shù)量條件下對(duì)組蛋白修飾及轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行檢測(cè)。IGV結(jié)果顯示，僅需5000個(gè)細(xì)胞量也可獲得清晰、高質(zhì)量結(jié)果，且峰型與高細(xì)胞量條件保持一致。
4 NEXT CUT&RUN兼容不同類型細(xì)胞的互作研究
圖6. 使用NEXT CUT&RUN試劑盒對(duì)100K數(shù)量不同人源細(xì)胞進(jìn)行H3K4me3抗體檢測(cè)，IGV結(jié)果顯示，四種不同來(lái)源的細(xì)胞均可以獲得高質(zhì)量的互作圖譜。
產(chǎn)品信息
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