代謝組學文獻分享，細胞凋亡是指為維持內環境穩定，由基因控制的細胞自主的有序的死亡。2002年授予在“發現細胞凋亡的重要調控分子并闡述其作用機制”方面做出重要貢獻的三位科學家諾貝爾生理和醫學獎，caspase依賴的細胞凋亡約占機體內穩態細胞周轉的90%，此外，可以調節炎癥、細胞增殖和組織再生，但是凋亡細胞是如何介導這些不同的效應的，目前我們還未完全了解清楚。
代謝組學文獻分享，凋亡細胞可以釋放代謝物，這些代謝物可以影響鄰近細胞的生理功能，但目前關于其組成和功能方面仍不清楚。
前不久，美國弗吉尼亞大學Kodi S. Ravichandran實驗室在Nature上發表了一篇相關文章——“Metabolites released from apoptotic cells act as tissue messengers“，該研究指出凋亡細胞不是等待清除的惰性細胞，而是釋放代謝物作為“再見”信號，積極調節組織中鄰近細胞的基因表達模式。下面我們具體來看一看吧~（文末附有文獻的下載鏈接喲）
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為了描述凋亡細胞分泌的代謝物譜，研究者利用人類Jurkat T細胞，原代小鼠胸腺細胞或原代小鼠骨髓來源的巨噬細胞（BMDM）誘導發生了caspase依賴性細胞凋亡，將來自凋亡細胞和活細胞對照的上清液和細胞沉淀物，進行了非靶標代謝組學和靶標代謝組學分析（Fig 1），最終確定了所有的凋亡細胞都會釋放的代謝產物，包括單磷酸腺苷（AMP），5'-單磷酸鳥苷（GMP），肌酸，亞精胺，3-磷酸甘油以及ATP（由于技術原因，本次研究未涉及ATP），同時進一步測試了其他細胞類型的凋亡方式，檢測到的代謝物不是由于細胞凋亡過程中細胞內物質的簡單排空，揭示凋亡細胞是許多具有生物學功能的代謝產物的天然來源。
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Fig 1.凋亡細胞的代謝組學結果
在上述分析中，研究者發現盡管在沉淀中檢測到許多細胞代謝產物，但僅釋放了一部分。代謝組學文獻分享，此外，即使在已知的代謝途徑中，也只有一些被釋放，為什么呢？研究者推測這樣的選擇性可能來自在凋亡過程中打開促進某些代謝物滲透的特定通道，持續影響凋亡細胞分泌的代謝物活性，基于這種情況下，作者選擇了Pannexin 1（PANX1）通道（Fig 2），該通道在caspase介導的裂解過程中被激活，并且可以在整個質膜上傳導離子和小分子，通過遺傳和藥理學方法測試了PANX1的相關性，發現 caspase介導的PANX1通道的開放能夠特異性地促進凋亡細胞中特定代謝物的釋放，包括核苷酸，核苷酸糖和與能量代謝和氨基酸代謝相關的代謝物，在之前的研究報道中并未發現其中一些釋放的代謝物和PANX1通道相關。
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Fig 2. PANX1通道的開放能夠特異性地促進凋亡細胞中特定代謝物的釋放
接下來為了驗證凋亡細胞分泌的代謝物是否會受到凋亡細胞內代謝活動的影響，研究者選擇了多胺途徑，代謝組學文獻分享，首先，經過不同的凋亡誘導方式后，多胺、亞精胺從凋亡的Jurkat細胞，巨噬細胞，胸腺細胞和上皮細胞中被大量釋放出來，其次，在亞精胺上游的兩種代謝前體中，沒有釋放出腐胺（Fig 3）。接下來作者在誘導細胞凋亡之前在Jurkat細胞中添加了含有[13C]精氨酸的培養基，并在接下來的幾個小時內追蹤了將標記物摻入腐胺和亞精胺中的情況，結果表明：凋亡細胞至少在兩個水平上協調選擇代謝物的產生和釋放，即特異性通道開放 (PANX1) 和某些代謝通路的持續代謝活動。
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Fig 3 凋亡細胞分泌的代謝物受到凋亡細胞內代謝活動的影響
緊接著，研究人員檢測了凋亡細胞釋放的代謝物是否會改變附近鄰近細胞的基因表達模式（Fig 4）。代謝組學文獻分享，將來自活的或凋亡的Jurkat細胞（與非靶向代謝組學條件相同）的上清液添加到了吞噬性LR73細胞（中國倉鼠卵巢細胞系）中，RNA測序結果顯示凋亡細胞分泌的代謝物可以改變了與細胞骨架重排，炎癥，傷口愈合或組織修復，抗凋亡功能，新陳代謝等有關的基因表達模式，結果說明從凋亡細胞釋放的代謝物（其中有一些以依賴PANX1的方式釋放）可以改變周圍細胞中檢測這些代謝信號的基因程序，可以改變鄰近細胞的基因表達模式。
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Fig 4 凋亡細胞釋放的代謝物改變鄰近細胞的基因表達模式
最后，研究人員分別檢測了所有凋亡細胞都會釋放的6種代謝物對巨噬細胞基因表達譜的影響，發現單一代謝物不能改變巨噬細胞的基因表達模式（Fig 5）。6種代謝物（Memix-6）同時處理在體外誘導基因表達方面非常有效，包括與抗炎巨噬細胞極化或糖基化、Il10轉錄和消炎、代謝調節等基因的表達，其中一些基因還被證明參與了吞噬作用。代謝組學文獻分享，用亞精胺、GMP和肌酸的混合物 （Memix-3）處理巨噬細胞后，也能在一定程度上導致類似的結果。作者接下來接下來在兩種情況下測試了Memix-6和/或Memix-3代謝物是否能減輕體內炎癥反應：炎性關節炎模型和肺移植排斥模型，結果表明，凋亡細胞釋放的代謝混合物處理顯著保護了關節免受炎癥，骨侵蝕和軟骨侵蝕，而且可以減輕肺移植后的排斥反應。
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Fig 5 凋亡細胞釋放的6種代謝物對巨噬細胞基因表達譜的影響
代謝組學文獻分享，總體而言，本次研究提出了幾個概念。
首先，我們確定從凋亡細胞釋放的特定代謝產物（不同的細胞類型和凋亡誘導方式）；特異性可能來自凋亡細胞的代謝變化（例如，亞精胺的持續產生）和/或特定通道的開放（例如PANX1）。
其次，凋亡細胞不是等待清除的惰性死細胞;相反，通過釋放代謝物作為“再見”信號，可以主動調節組織內相鄰細胞中基因表達程序。
再次，凋亡細胞釋放的代謝物混合物減弱關節炎癥狀的能力和肺移植的排斥反應是潛在的治療方式。