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Affymetrix SNP芯片服務
芯片推薦：Genome-Wide Human SNP Array 6.0
芯片介紹：Affymetrix Genome-Wide Human SNP 6.0芯片產品涵蓋超過1,800,000個遺傳變異標志物：包括超過906,600個SNP和超過946,000個用于檢測拷貝數變化（CNV, Copy Number Variation）的探針:
- 482,000個SNP來自于前代產品500K和SNP5.0芯片；
- 424,000個SNP包括國際HapMap計劃中的標簽SNP，X，Y染色體和線粒體上具有代表性的SNP,以及來自于重組熱點區域和500K芯片設計完成后新加入dbSNP數據庫的SNP；
- 202,000個用于檢測5,677個已知拷貝數變異區域的探針，這些區域來源于多基因組變異體數據庫。該數據庫中3,182個非重疊片斷區域平均用61個探針來檢測；
- 744,000個探針平均分配到整個基因組上，用來發現未知的拷貝數變異區域。
Affymetrix SNP6.0 芯片物理覆蓋度
芯片推薦：Affymetrix Mouse Diversity Genotyping Array
芯片介紹：這款芯片與Human SNP 6.0 芯片類似，既包含SNP探針，也包含CNV探針。一共涵蓋623,000個SNP和916,000個CNV位點。
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芯片介紹：芯片覆蓋indica, aus, tropical japonica, temperate japonica, and group V (“aromatic”)多個水稻亞種的44,1000個SNP。?
芯片特點：
1.全基因組覆蓋：每10kb至少包括1個SNP，每個SNP設計12個探針技術重復相關系數R2?> 99%。
2.簡便的樣本：葉組織或抽提的DNA便可快速靈活的對遺傳種質進行鑒定和分類。
3.從實驗樣本DNA到數據快速轉換。
產品資料：Axiom? Rice Genotyping Array DataSheet?
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SBC也可為您提供以下物種的Affymetrix SNP芯片服務：犬、稻、生菜、胡椒、擬南芥、玫瑰、草莓、鱒魚
基于GeneTitan平臺的Axiom基因分型芯片
Affymetrix Axiom平臺支持全基因組關聯和候選基因關聯相關研究。研究者將不再受困于固定內容的芯片，全新的基因分型平臺采用酶介導、單堿基測序步驟來確保實驗的低成本、分型結果的高重復性和流程的全自動化。該產品參照HapMap和千人基因組計劃(1KGP)數據庫設計探針，與GeneTitanTM配套使用。
芯片推薦：Axiom? Biobank Genotyping Arrays
芯片介紹：能經濟地對大樣品集合進行基因分型，如生物樣本庫、基因組中心及核心實驗室篩查的樣品。芯片有目錄版本和定制版本可供選擇。
- 功能強大、適合主要人類族群的高覆蓋度分析的全基因組關聯研究（GWAS）分型模塊；
- 適合外顯子組分析Axiom? Exome外顯子分型模塊；
- ?吸收、分布、代謝和排泄(absorption, distribution, metabolism, and excretion ,ADME)及其他臨床相關的標記；
- ?新發現的功能喪失變異，包括外顯子組測序項目中發現的序列插入和缺失。
芯片推薦：Axiom? miRNA Target Site Genotyping Arrays
芯片介紹：一款人類全基因組范圍評估miRNA靶基因位點的高密度基因分型工具。該芯片可檢測在miRNA級聯放大反應中影響基因功能的238,000個SNP和插入缺失位點，包括miRNA、它們的mRNA靶基因位點以及沉默機制相關的位點。其中80%的位點是在其他相關基因分型芯片上所沒有的。因此也可以用它來補充一些GWAS研究和基因調控相關的研究
芯片推薦：Axiom? Genome-Wide Population-Optimized Human Arrays
芯片介紹：覆蓋不同人種的稀有和常見變異，關注與疾病密切相關以及功能相關的SNP，包含Axiom?中國人基因分型芯片(CHB 1和CHB 2)。
芯片推薦：人 Axiom? Exome Genotyping Arrays
芯片介紹：完整的外顯子組基因分型芯片，可篩查功能變異，有助于更好的發現新的人類編碼區SNP以及插入缺失。
芯片推薦：牛 Axiom? Genome-Wide BOS 1 Bovine Array
芯片介紹：此款芯片是與牛基因分型領域的重要科學家合作開發的，實現了準確的遺傳價值評估、全基因組關聯研究(GWAS)、生物多樣性和連鎖不平衡（LD）研究。此芯片旨在大限度提高Bos taurus和Bos indicus品種的遺傳和物理SNP覆蓋度。芯片超過640,000個SNP標記，代表了來自Affymetrix?；蚪M數據庫的大約300萬個SNP的遺傳多樣性。
芯片推薦：水牛 Axiom? Buffalo Genotyping Array
芯片介紹：Axiom? Buffalo Genotyping Array帶來了多個物種和品系的水牛（Bubalus bubalis bubalis和Bubalus bubalis carabanensis）中多態性SNP全基因組范圍覆蓋，這些水牛是意大利、巴西和南亞重要的肉牛和奶牛之一。此芯片是目前市場上一款高密度的水?；蚍中凸ぞ?，含有90,000個常見和稀有標記。。
芯片推薦：雞 Axiom? Genome-Wide Chicken Genotyping Array
芯片介紹：此芯片是第一款商業化的高密度雞基因分型芯片。此芯片包含580,000常見和稀有的變異標記，這些標記存在于商業的蛋雞和肉雞以及非商業的遠交群中。它適用于蛋雞和肉雞的基因組選擇研究、全基因組關聯研究、高分辨率遺傳圖譜、孟德爾性狀作圖及選擇進化研究。
芯片推薦：玉米 Axiom? Maize Genotyping Array
芯片介紹：玉米是一個二倍體物種（n=10），其基因組大小為2.5Gb。不同品種的玉米基因組表現出重復DNA和高的基因組與結構多樣性。玉米還表現出50-300bp的極低連鎖不平衡（LD），從而需要非常高密度的芯片來研究單倍型結構和基因組多樣性。Axiom Maize Genotyping Array帶來了極高密度的（600K）全基因組SNP覆蓋。這些多態性SNP在285個硬粒型（Flint）和馬齒型（Dent）玉米中檢測到，代表了161個來自世界各地的不同品種。
芯片推薦：三文魚 Axiom? Salmon Genotyping Array
芯片介紹：此款芯片由Affymetrix聯合蘇格蘭的科學家共同開發，包含130,000個SNP標記。芯片上的高密度標記確保了三文魚基因組的廣泛覆蓋，又避免了重要區域的代表性不足。此芯片適用于三文魚復雜性狀研究、分子育種、選擇進化研究。
芯片推薦：大豆 Axiom? Soybean Genotyping Array
芯片介紹：此款芯片也稱為Axiom? SoyaSNP 96-Array Plate，共包括180,961個標記，適用于對栽培和野生的大豆品種進行基因分型。它是全基因組關聯研究和高密度遺傳作圖的理想選擇，可確定野生及栽培大豆種質中的重要適應性基因。
芯片推薦：小麥 Axiom Wheat HD Genotyping Array &Breeder’s Genotyping Array
芯片介紹：小麥的基因分型芯片是通過Affymetrix專家設計項目與英國布里斯托大學合同設計的。芯片有兩種：高密度（HD）的芯片包含817,000個SNP位點，而Breeder’s基因分型芯片包含35,000個SNP位點。這些芯片上的標記都可以在CerealsDB網站（http://www.cerealsdb.uk.net/）上查詢。
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芯片介紹：芯片覆蓋indica, aus, tropical japonica, temperate japonica, and group V (“aromatic”)多個水稻亞種的44,1000個SNP。?
芯片特點：1.全基因組覆蓋：每10kb至少包括1個SNP，每個SNP設計12個探針技術重復相關系數R2?> 99%。
2.簡便的樣本：葉組織或抽提的DNA便可快速靈活的對遺傳種質進行鑒定和分類。
3.從實驗樣本DNA到數據快速轉換。
產品資料：Axiom? Rice Genotyping Array DataSheet
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SBC也可協助研究者根據實驗需求，定制Axiom? myDesign? Genotyping Arrays。?
服務相關(以Affymetrix SNP6.0芯片為例)
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樣品要求
1.樣品純度：OD 260/280值應在1.7～2.0 之間, A260/A230 > 1.5；RNA 應該去除干凈；不含有其它個體或其它物種的DNA污染。
2.樣品濃度：濃度不低于55ng/μl；
3.樣品總量：每個樣品總量不少于2μg 。
4樣品溶劑：溶解在Reduced TE (10mM Tris, pH 8,0，0.1mM EDTA)中。
5.樣品運輸： DNA低溫運輸（-20℃）；在運輸過程中請用parafilm將管口密封好，以防出現污染；
服務流程
數據分析
Affymetrix SNP芯片服務應用案例
Affymetrix Axiom HD chicken genotyping array
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Affymetrix Genechip Human Mapping 50K Xba array
Affymetrix GeneChip Human Mapping100KArrayAffymetrix Genome-Wide Human SNP 6.0 Array
Illumina SNP芯片服務
Omni家族芯片
Omni芯片家族自2009年上市以來，已經提供了一系列靈活的芯片，它們帶來了精選自國際HapMap計劃和千人基因組計劃的常見和稀有變異。有了Omni芯片家族，研究人員能夠立即開始新一代GWAS、基因分型和比較基因組研究。
注：Omni家族芯片同款一般有兩種類型：一種是芯片的SNP位點固定，另一種是可自定義添加SNP位點。自定義位點是在芯片SNP位點基礎上，可自定義添加位點數，N/A表示不能添加。
Human Omni ZhongHua-8 BeadChip芯片服務?（推薦?。?/span>
特別覆蓋中國人特有的常見和稀有變異
- 第一款人類種群特異的全基因組芯片，經過優化的標簽SNP內容來自HapMap所有三個階段以及千人基因組計劃（1kGP），可用于在中國人種群中探索全新的疾病和性狀關聯。
- 特別覆蓋中國人81%的常見變異（MAF> 5%）和60%的稀有變異（MAF > 2.5%），適合全基因組關聯研究（GWAS）。
- 采用Illumina**的BeadArrayTM技術，可提供非常高的數據質量，平均檢出率> 99%，重復率> 99.9%。
HumanOmni5-Quad芯片服務（推薦?。?/span>
人類變異的高密集覆蓋
- 4個樣品的Omni5芯片特有超過430萬個標記物/樣品。
- ?特有來自千人基因組計劃的新穎、常見和稀有變異。除了提供人類變異（MAF低至1%）的密集覆蓋，覆蓋了基因組中與疾病關聯的高價值區域，包括基因區域、MHC區域和非同義SNP。
- 特有來自千人基因組計劃的近5000個插入缺失和多堿基替換標記物，能幫助研究人員闡明結構變異如何影響性狀和疾病。
- 可自定義的 500K位點讓研究變得更具靈活性，可以方便更高密度靶定基因組的特定區域。
動植物全基因組分型芯片解決方案
SBC同時可提供Illumina合作者基于Infinium技術研發的蘋果，梨，櫻桃，番茄，馬鈴薯，山羊SNP芯片等。
Illumina定制SNP芯片
iSelect 定制芯片平臺
Infinum采用了Illumina**的InfinumHD檢測技術，為每一個SNP位點設計一個微珠，反應通過50個堿基的探針和樣品雜交，并通過末端單堿基延伸完成，末端雙色標記(Cy3,Cy5)來檢測該位點的等位基因情況。充分保證了檢測的高靈敏性和特異性以及準確性。反應無需PCR，不依賴于限制性內切酶，無需電泳，保證了高質量的數據。
- ?高通量的Infinium檢測技術，檢出率高；
- 除了SNP外，還可以針對拷貝數變異（CNV）進行設計；
- 任意物種、任意位點隨意組合。
GoldenGate定制芯片平臺
Illumina**的GoldenGate技術是理想的中等通量自定義芯片技術，不僅可以定制SNP基因分型和拷貝數變異（CNV）檢測芯片，還可以定制DNA甲基化芯片。
- ?低成本的中等通量基因分型解決方案
- 方法經典可靠，為HapMap計劃主要應用平臺
- 數據質量高，平均響應率﹥99%
- 定制靈活
? ? ? 科研工作者除可利用HapMap，dbSNP等數據庫挑選SNP位點外，Illumina可免費對客戶提供的rs號，基因名稱，序列或要研究的區域的位置進行生物信息學分析，挑選SNP位點并進行位點實驗成功率評分，評分結果返回用戶處后和用戶溝通一起來確定要進行研究的SNP位點，以合成探針組（OPA），進行基因分型的研究。一個樣品可以同時進行96，384，768、1536或3072個SNP位點的研究。
? ? ? 目前，SBC已經完成的GoldenGate定制SNP芯片項目物種有：人，大豆、魚等。
Illumina SNP芯片服務應用案例
Illumina Human1M-Duo beadchip array
Illumina Human 610-Quad BeadChips
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