為幫忙大家更快了解最新科研進展，掌握科研熱點，擴展科研思路，伯豪生物特此推出最新高分文獻速遞系列推文。本期是2025年4月最新發(fā)表的空間轉(zhuǎn)錄組相關(guān)高分文獻集萃！
高分文獻一 01
標(biāo)題：nature -轉(zhuǎn)移性胰腺癌轉(zhuǎn)錄組的空間定位
文章標(biāo)題：Spatial mapping of transcriptomic plasticity in metastatic pancreatic cancer
期刊：nature
影響因子：50.5
文章摘要：治療難治性胰腺癌患者常因全身轉(zhuǎn)移而死亡；然而，導(dǎo)致治療抵抗的轉(zhuǎn)錄組異質(zhì)性研究不足，尤其是在空間背景下。在此，我們利用13名患者的快速尸檢中收集的55個原發(fā)腫瘤和轉(zhuǎn)移灶（肝臟、肺和腹膜）的空間解析轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，構(gòu)建了譜系狀態(tài)、克隆結(jié)構(gòu)和腫瘤微環(huán)境（TME）的高分辨率圖譜。我們觀察到，在腫瘤從原發(fā)部位向器官特異性轉(zhuǎn)移灶轉(zhuǎn)變過程中，癌細胞譜系狀態(tài)出現(xiàn)了可辨別的轉(zhuǎn)錄組變化，其中肝和肺之間的患者內(nèi)差異最為顯著。通過推斷每個患者原發(fā)和轉(zhuǎn)移位點的拷貝數(shù)變異構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹，突顯了患者特異性的進化軌跡和克隆傳播。我們發(fā)現(xiàn)，在每個組織中，多種腫瘤譜系狀態(tài)共存，包括同一器官內(nèi)的并發(fā)轉(zhuǎn)移灶。無論組織部位如何，譜系狀態(tài)與不同的TME特征相關(guān)，例如TGFB1表達的肌成纖維細胞癌相關(guān)成纖維細胞（myCAFs）與侵襲性的“基底樣”癌細胞的空間接近性，但與“經(jīng)典”或“中間”狀態(tài)的細胞無關(guān)。這些發(fā)現(xiàn)通過使用小鼠組織和患者來源的類器官進行的正交和跨物種分析得到了驗證。值得注意的是，“基底樣”癌細胞與myCAFs的排列與腫瘤環(huán)境中血漿細胞的排除有關(guān)，鄰近細胞分析表明CXCR4-CXCL12信號傳導(dǎo)是觀察到的免疫排斥的基礎(chǔ)。綜上所述，我們的發(fā)現(xiàn)強調(diào)了治療難治性胰腺癌中顯著的轉(zhuǎn)錄組異質(zhì)性和微環(huán)境動態(tài)。
高分文獻二 02
標(biāo)題：Cell-空間轉(zhuǎn)錄組繪制獼猴單細胞空間轉(zhuǎn)錄組圖譜和全腦連接圖譜
文章標(biāo)題：Single-cell spatial transcriptome atlas and whole-brain connectivity of the macaque
claustrum期刊：Cell
影響因子：45.6
文章摘要：扣帶回通過與眾多腦區(qū)的連接來協(xié)調(diào)大腦功能，但其分子和細胞組織仍不清楚。對227,750個獼猴扣帶回細胞進行單核RNA測序，鑒定出48種轉(zhuǎn)錄組定義的細胞類型，其中大多數(shù)谷氨酸能神經(jīng)元與深層島葉神經(jīng)元相似。比較獼猴、狨猴和小鼠的轉(zhuǎn)錄組揭示了獼猴特有的細胞類型。在67個皮層和7個皮下區(qū)域注射逆行示蹤劑，定義了四個不同的逆行標(biāo)記扣帶回神經(jīng)元分布區(qū)。全腦連接性和單細胞空間轉(zhuǎn)錄組的聯(lián)合分析顯示，這四個區(qū)域含有不同的谷氨酸能（而非GABA能）細胞類型，這些細胞類型更傾向于與特定的大腦區(qū)域建立連接，并且具有強烈的同側(cè)偏向。幾種獼猴特有的谷氨酸能細胞類型在腹側(cè)與背側(cè)幽門區(qū)中選擇性地共投射到兩個功能相關(guān)的區(qū)域——內(nèi)嗅皮層和海馬體與運動皮層和殼核，分別對應(yīng)。這些數(shù)據(jù)為闡明不同幽門功能背后的神經(jīng)組織提供了基礎(chǔ)。
高分文獻三 03
標(biāo)題：nature genetics -小鼠腎臟多組學(xué)及空間分析解析整個生命周期中基因調(diào)控的性別特異性差異
文章標(biāo)題：Multi-omic and spatial analysis of mouse kidneys highlights sex-specific differences in gene regulation across the lifespan
期刊：nature genetics
影響因子：31.8
文章摘要：許多腎臟疾病的發(fā)生和發(fā)展存在性別差異。為了更好地理解這種性別二態(tài)性，我們整合了來自六個平臺的數(shù)據(jù)，表征了68只小鼠在六個發(fā)育和成年時間點的76個腎臟樣本，創(chuàng)建了一個涵蓋兩性生命周期的小鼠腎臟分子圖譜。結(jié)果顯示，近端小管在3周齡后表現(xiàn)出最顯著的性別偏向差異表達基因，并與激素調(diào)節(jié)有關(guān)。我們揭示了涉及雄激素和雌激素直接及間接調(diào)節(jié)的潛在機制。空間譜型識別出皮層和外髓質(zhì)外帶中不同的性別偏向空間模式。此外，老年小鼠在亨勒袢、近端小管和集合管中表現(xiàn)出更多與衰老相關(guān)的基因改變，且這種變化具有性別依賴性。我們的研究結(jié)果加深了對腎臟性別差異在生命周期中空間分辨基因表達和激素調(diào)控的理解。
高分文獻四 04
標(biāo)題：Nature Communications -華大空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)確定了與蜜蜂行為成熟相關(guān)的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)腦圖譜
文章標(biāo)題：Single-nucleus and spatial transcriptomics identify brain landscape of gene regulatory networks associated with behavioral maturation in honeybees
期刊：Nature Communications
影響因子：14.7
文章摘要：動物行為與大腦中協(xié)調(diào)基因表達的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（GRN）密切相關(guān)。真社會性蜜蜂因其天生的行為可塑性，成為探索大腦活動與行為之間聯(lián)系的理想模型。通過單核RNA測序和空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析，我們研究了從撫育到覓食的行為成熟過程中與大腦細胞相關(guān)的表達模式。整合空間和細胞數(shù)據(jù)揭示了GRN組織中的細胞類型和空間異質(zhì)性。有趣的是，在覓食者的小Keyon細胞中，條紋調(diào)控子被明確激活，這些細胞與空間學(xué)習(xí)和導(dǎo)航有關(guān)。當(dāng)人工蜂群中控制工蜂年齡時，條紋及其關(guān)鍵靶點在執(zhí)行覓食任務(wù)的蜜蜂腦區(qū)KC區(qū)域仍高度表達。這些發(fā)現(xiàn)表明，在行為轉(zhuǎn)換期間，特定的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)協(xié)調(diào)單個腦細胞的活動，揭示了由基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)驅(qū)動的大腦異質(zhì)性及其在社會生活勞動分工中的作用。
