為幫忙大家更快了解最新科研進展，掌握科研熱點，擴展科研思路，伯豪生物特此推出最新頂刊文獻速遞系列推文。本期是2025年5月最新頂刊發表的單細胞轉錄組相關文獻集萃！
頂刊文獻一：Nature丨藍斑周圍異質性GABA神經元雙向調控覺醒與探索行為機制
文章標題：Heterogeneous pericoerulear neurons tune arousal and exploratory behaviours
期刊：Nature（IF：50.5）
文章摘要：
作為大腦中去甲腎上腺素的主要來源，藍斑（LC）調節覺醒、回避和應激反應。然而，局部神經調質輸入如何控制LC的功能仍不清楚。發現了一群在轉錄水平、空間分布和功能上均具有多樣性的GABA能神經元，這些神經元位于LC的樹突區域，接收遠距離輸入并通過調節LC的放電模式來控制整體的覺醒水平以及與覺醒相關的感知處理和行為。使用病毒示蹤技術定義了藍斑周圍的解剖結構并將單細胞RNA測序與空間轉錄組學相結合，從分子層面定義了LC中的去甲腎上腺素能神經元以及藍斑周圍（peri-LC）的各種細胞類型。利用一系列互補的神經環路研究方法，在行為小鼠中識別出支撐藍斑周圍功能多樣性的多種神經元類型。研究結果表明，藍斑及其周圍神經元是一類在轉錄、功能和解剖上均具有異質性的神經元群體，它們共同調控覺醒與回避狀態。
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頂刊文獻二：Nature丨原癌基因異常驅動髓母細胞瘤進展，而非起始
文章標題：Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation
期刊：Nature（IF：50.5）
文章摘要：
髓母細胞瘤（ Medulloblastoma）是兒童最常見的惡性腦腫瘤之一，其中 3 /4 兩種亞型 （Group 3/4 ） 因高度異質性和治療抵抗性導致生存率極低。該研究聚焦于 Group 3/4髓母細胞瘤的遺傳進化機制，分別應用單細胞核 RNA測序（snRNA-seq）和單細胞核ATAC測序（ snATAC -seq），解析腫瘤細胞轉錄組和染色質可及性，識別亞克隆及其功能狀態（增殖、分化、祖細胞活性），精準關聯轉錄調控與拷貝數變異，顯著提高了亞克隆鑒定的分辨率 。 而后應用空間轉錄組學技術，通過多重原位雜交技術（100基因panel）揭示亞克隆的空間分布模式，發現MYC/MYCN亞克隆的混雜或隔離特征。
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頂刊文獻三：Nature丨膠質母細胞瘤星形膠質細胞抑制腫瘤特異性T細胞免疫
文章標題：Glioblastoma-instructed astrocytes suppress tumour-specific T cell immunity
期刊：Nature（IF：50.5）
文章摘要：
膠質母細胞瘤（GBM）是最常見且惡性程度最高的原發性腦癌。該研究通過單細胞RNA測序（scRNA-seq）、多色免疫熒光、CRISPR基因編輯等技術手段，深入探討星形膠質細胞在膠質母細胞瘤免疫微環境中的作用機制，特別是它們如何通過分泌因子（如TRAIL）影響腫瘤特異性T細胞的存活和功能。研究發現膠質母細胞瘤細胞利用星形膠質細胞逃避免疫反應的新機制。他們的具體發現包括：（1）發現一群專門殺傷T細胞（對免疫反應至關重要的白細胞）的星形膠質細胞，讓這個細胞群體失活就可增強T細胞活性、重塑腫瘤周圍區域、增強抗腫瘤保護性免疫反應和延長小鼠生存期；（2）證實這些腫瘤細胞釋放炎癥分子IL-11，進一步激活這些殺傷T細胞的星形膠質細胞，導致生存期縮短和癌癥更快復發；（3）設計了一種新的治療方法，即通過改造一種病毒使之產生抑制這種免疫抑制機制的抗體。
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頂刊文獻四：Cancer Cell丨單細胞和空間多組學揭示TIM-3可能是癌前阻斷的靶點
文章標題：Spatial and multiomics analysis of human and mouse lung adenocarcinoma precursors reveals TIM-3 as a putative target for precancer interception
期刊：Cancer Cell（IF：48.8）
文章摘要：
在肺腺癌前體病變中，非典型腺樣增生（AAH）是唯一公認的肺腺癌癌前病變，具有進展為非侵襲性原位腺癌（AIS）、微浸潤腺癌（MIA），最終發展為浸潤性腺癌（IAC）的潛力。目前對于腫瘤微環境（TME）如何影響 LUAD 前體病變的演變，以及TME中細胞間的相互作用和空間分布仍然知之甚少。該研究整合了空間蛋白組、和單細胞轉錄組和空間轉錄組學數據，對114例人類和589例小鼠肺腺癌不同階段樣本進行系統分析，首次在癌前階段的髓系免疫細胞中發現免疫檢查點TIM-3的高度表達，提示其可能是肺癌“癌前攔截”的重要靶點。
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頂刊文獻五：Nat Genet丨人類內胚層類器官的整合細胞圖譜！
文章標題：An integrated transcriptomic cell atlas of human endoderm-derived organoids
期刊：Nature Genetics（IF：31.8）
文章摘要：
人類干細胞可以在體外產生內胚層來源的復雜的多細胞上皮組織，這些組織也稱為類器官，可以來源于多能干細胞或組織駐留的胎兒和成人干細胞。然而，通過與主要對應物的比較來了解類器官細胞狀態的精確度和準確性，以及全面評估類器官方案之間的相似性和差異仍然很困難。該研究旨在構建一個全面的人類內胚層來源類器官的單細胞轉錄組圖譜，并利用該圖譜評估類器官的保真度、比較不同培養方案、研究細胞擾動和疾病模型。研究整合了 218個樣本的單細胞轉錄組，涵蓋不同內胚層衍生組織的類器官，包括肺、胰腺、腸、肝臟、膽道系統、胃和前列腺，以建立人類內胚層類器官細胞圖譜 (HEOCA) 的初始版本。研究還通過與成人和胎兒組織參考圖譜對比，評估了類器官的保真度，發現不同來源干細胞構建的類器官存在差異。該圖譜可用于評估實驗方案、研究疾病模型，為類器官研究提供了全面的資源。
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頂刊文獻六：Nat Immunol丨單細胞、空間揭示免疫-上皮-基質調控網絡
文章標題：Immune-epithelial-stromal networks define the cellular ecosystem of the small intestine in celiac disease
期刊：Nature immunology（IF：27.8）
文章摘要：
乳糜瀉（CD）是一種常見的胃腸道疾病雖然已知 CD 與遺傳因素密切相關，且涉及多種細胞類型，但免疫-上皮-間質之間的相互作用在腸道損傷中的具體機制尚未完全明晰。結合單細胞和空間轉錄組學，構建了成人和兒童CD患者的腸道免疫細胞、上皮細胞和實質細胞群網絡，揭示了其獨特的細胞生態系統。闡明了驅動炎癥和黏膜重塑的空間局部免疫-實質的相互作用，以及特定疾病相關T細胞亞群占據不同的黏膜微環境，為開發新的治療策略提供了關鍵線索。
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頂刊文獻七：J Hepatol丨介導肝同種異體移植物排斥反應的中間單核細胞中的Resistin-CAP1通路
文章標題：Decoding the Resistin-CAP1 Pathway in Intermediate Monocytes Mediating Liver Allograft Rejection
期刊：Journal Of Hepatology（IF：26.8）
文章摘要：
了解肝移植后復雜的同種異體免疫微環境對于開發靶向免疫療法和診斷生物標志物至關重要。該研究通過單細胞 RNA 測序（scRNA-seq）和空間轉錄組學技術，全面分析肝移植后供體和受體免疫細胞的動態變化。研究揭示了中間單核細胞通過抵抗素-CAP1信號軸在T細胞介導的急性排斥反應中起著關鍵作用。使用納米金-siRNA技術靶向這一途徑有效地減輕了排斥反應并提高了移植物的存活率。
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頂刊文獻八：Immunity丨增強子驅動的基因調控網絡揭示了腫瘤微環境中控制T細胞適應和分化的轉錄因子
文章標題：Enhancer-driven gene regulatory networks reveal transcription factors governing T cell adaptation and differentiation in the tumor microenvironment
期刊：Immunity（IF：25.5）
文章摘要：
腫瘤浸潤性CD8+ T細胞（TILs）中具有組織駐留記憶（Trm）T細胞表型的細胞與改善患者預后有關。該研究在感染和癌癥模型中對T細胞受體（TCR）匹配的CD8+ T細胞進行了配對的單細胞RNA測序和單細胞ATAC測序。從多組學分析數據中組裝的增強子驅動的調控，揭示了與典型耗盡和記憶T細胞狀態相關的調節Trm樣TIL形成的表觀遺傳和轉錄程序。研究還發現KLF2抑制Trm樣TIL的形成，而BATF則促進其形成。此外，TGF-β信號和CD103表達對Trm樣TIL形成至關重要。
