宏病毒組學(Viral Metagenomics)是宏基因組學的一個分支,是在宏基因組學概念的基礎上,結合病毒自身的特點,如應用特殊方法把特定環境中所有病毒與其他微生物分開,然后提取的病毒核酸,用高通量技術進行病毒核酸測序(VLPmetagenomes),也可以不進行病毒與微生物分離并提取核酸進行測序(Bulk metagenomes),最后將測序結果與現有的核酸文庫進行比對,并運用軟件分析處理后，最終得到研究樣品中病毒群落的組成信息。
技術路線
技術參數
樣本要求
糞便：3-5g/sample
DNA：總量≥1μg、濃度≥100ng/μL
檢測平臺
測序平臺：Illumina Nova Seq6000
測序策略：PE150
測序深度：10g/20G
常規項目周期
實驗檢測：20個自然日
數據分析：50個自然日
應用方向
1、噬菌體治療
2、敏化抗生素抗性細菌
3、促發機體免疫從而保護宿主免受病毒感染等
案例分析
Landscapes of bacterial and metabolic signatures and their interaction in major depressive disorders
重度抑郁癥（MDD）是一種常見的使人衰弱的精神障礙，與腸道微生物組密切相關，但人們對于其潛在機制，腸道病毒、腸道菌群和代謝組的變化以及它們之間是如何作用從而影響MDD知之甚少。本文使用全基因組鳥槍法的宏基因組學技術和基于GC-MS的非靶向代謝組學方法，對來自MDD和健康對照（HCs）患者的311分糞便樣本進行檢測，通過分析確定了有明顯差異的 3 個噬菌體、47 個菌和 50 個代謝物，通過Random Forest建模，選出了對MDD和HCs有一定區分能力的潛在標志物組合，為深入了解腸道生態系統在MDD的作用及潛在機制研究提供了有力的依據。
圖1 差異病毒、細菌和代謝物共發生網絡
圖2 隨機森林模型