蛋白質組學可以克服核酸水平預測的不確定性、反映核酸翻譯后修飾情況。
01.常用技術
1. 非靶向蛋白組學
1.1 蛋白質定性（膠條鑒定和溶液鑒定）
1.2 高通量定量蛋白組（Label free、 iTRAQ/TMT 和 DIA 定量）
1.3 多肽組學
2. 靶向蛋白組（PRM 靶向蛋白/肽段定量）
3. 修飾蛋白組學（定量磷酸化修飾組學、定量糖基化修飾蛋白組學、定量乙酰化修飾蛋白組學和定量泛素化修飾蛋白組學）
4. 互作蛋白組學（代謝物與蛋白互作研究）
02.儀器平臺
03.蛋白序列數據庫
最常用 Uniport 數據庫，第二優先級是 GeneBank/NCBI 數據庫，最次選擇 RNA sequence 序列信息進行氨基酸轉換。
04.搜索軟件
Proteome Discovery、Mascot、SEQUST、MaxQuant
05.基本流程
最常用 Uniport 數據庫，第二優先級是 GeneBank/NCBI 數據庫，最次選擇 RNA sequence 序列信息進行氨基酸轉換。
04.搜索軟件
Proteome Discovery、Mascot、SEQUST、MaxQuant
05.基本流程
06.分析結果展示
1. 基礎分析
數據預處理
差異表達蛋白篩選
2. 常規數據分析
主成分分析
火山圖分析
層次聚類分析
3.功能分析
COG 注釋分析
亞細胞定位分析
GO 注釋富集分析
KEGG 注釋富集分析
PPI 網絡構建分析
4.修飾蛋白特有分析
Motif 分析
激酶（kinase）預測分析