2022 年 01 月 13 日 上海伯豪生物技術有限公司官網(wǎng)消息，“單細胞質(zhì)控聯(lián)盟”成立儀式｜暨第一次：“單細胞質(zhì)控研討會”順利召開！
2022 年 1 月 13 號，由蘇州思萃免疫研究所主辦，及智（蘇州）醫(yī)學技術公司協(xié)辦，聯(lián)合 10X Genomics、BD、 伯豪生物、 新格元、歐易生物、諾禾致源、百奧智匯，以及復旦附屬金山醫(yī)院、上海市仁濟醫(yī)院、上海市免疫學研究所的多位專家教授，共同發(fā)起的單細胞質(zhì)控聯(lián)盟成立儀式暨 2022 第一次單細胞質(zhì)控研討會，在上海科學會堂思南樓圓滿落幕。
本次研討會圍繞單細胞行業(yè)的現(xiàn)實痛點，以及未來單細胞行業(yè)發(fā)展趨勢、數(shù)據(jù)產(chǎn)生過程中的諸多質(zhì)控細節(jié)，進行了深入討論。并邀請了科技服務公司的技術負責人、單細胞領域的專家學者進行發(fā)言和總結(jié)。
在本次會議上，上海市免疫學研究所所長蘇冰老師先做致辭，蘇老師提及了單細胞技術在免疫學研究領域的各種應用范疇，以及免疫細胞 Marker 的發(fā)展歷程，希望各位同道以此次細胞質(zhì)控研討會為契機，將單細胞質(zhì)控的各項指標逐漸形成行業(yè)標準，使單細胞行業(yè)更加健康的發(fā)展。
及智醫(yī)學公司負責人程小濤作了單細胞行業(yè)的行業(yè)發(fā)展預測，首先總結(jié)了 2017 年以來的國內(nèi)單細胞年樣品數(shù)據(jù)總產(chǎn)出，預測 2022 年預計國內(nèi)產(chǎn)出 10-12 萬例單細胞數(shù)據(jù)，未來幾年可能更多會應用于藥物研發(fā)、農(nóng)林、臨床檢測等領域。同時，結(jié)合自身多年的從業(yè)經(jīng)驗，指出，組織的豐富來源，懸液制備方法的多種多樣，細胞捕獲不均一，選擇抽核方法還是懸液方法，以及空間轉(zhuǎn)錄組的腫瘤邊界預測、單細胞售后服務等，均成為科技服務公司普遍面臨的困難。因此，需要作為數(shù)據(jù)生產(chǎn)方的科研服務公司，以及擁有較多真實數(shù)據(jù)處理經(jīng)驗的研究團隊，共同來將這些面臨的困難總結(jié)、整理，形成行之有效的經(jīng)驗，為科研界做分享。
單細胞算法開發(fā)和應用專家 / 上海市免疫學研究所葉幼瓊研究員做了單細胞及空間轉(zhuǎn)錄測序的質(zhì)控的報告，她總結(jié)了目前單細胞質(zhì)控中常用的批次矯正、雙細胞檢測等 115 個工具，并根據(jù)她之前的分析經(jīng)驗，指出不同組織、不同細胞類型、不同疾病狀態(tài)等條件下，線粒體基因數(shù)的過濾設置也是極具個性化。在空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)質(zhì)控中，她提出過渡透化或者透化不當，會對空轉(zhuǎn)數(shù)據(jù)影響比較大，并分享了她整理的空間轉(zhuǎn)錄組透化經(jīng)驗，以及組織內(nèi)的空 spot 去除小工具，諸多算法、實驗相關的干貨細節(jié)得到了與會科服公司的一致認同。
在自由討論環(huán)節(jié)， 參會的各企業(yè)代表人： 分別在各自的角度作了發(fā)言，總結(jié)如下：
1，單細胞質(zhì)控中，比較關鍵的是從前期的樣品采集開始，樣品采集部位、運輸條件、懸液制備方法（比如為了獲得更好的解離效果而使用多種酶）、抽核方法、空間轉(zhuǎn)錄組的透化條件等，均對單細胞數(shù)據(jù)影響比較大。具有豐富的單細胞實驗經(jīng)驗與數(shù)據(jù)分析經(jīng)驗的齊晶晶博士指出，以結(jié)直腸癌，胰腺癌為例，不同組織硬度不同，其所使用酶種類、濃度及消化時間均不同；此外，硬度大的組織需考慮細胞碎片對細胞捕獲率的影響，以及產(chǎn)生的 Ambient RNA 對后續(xù)細胞注釋時，Marker 基因污染的影響。專家顧問團成員，同時也是作為第一作者發(fā)表過 Nature 文章的伍寧波研究員指出，單細胞技術和流式技術還是有較大的區(qū)別，針對免疫細胞的單細胞項目，在樣品量充足的情況下（如小鼠樣品），可以先做流式鑒定，在做單細胞測序，兩種技術結(jié)合起來可以挖掘到更真實準確的數(shù)據(jù)。與會的多位企業(yè)負責人也分享了某些特定組織類型的細胞捕獲率不均一的問題，并指出這些類型的組織確實存在捕獲率過低的現(xiàn)象，這一經(jīng)驗的分享，也同樣再次得到了與會科服公司的認同！
2，在數(shù)據(jù)分析層面，鄒欣研究員指出：單細胞批次矯正方法會對單細胞的后期分析影響比較大，矯正過渡會導致組間差異基因的丟失，因此不同組織批次矯正算法的選擇，也是一個非常重要的細節(jié)。鐘怡研究員分享了某種組織的某個特定 T 細胞亞群丟失的問題，此類研究也是作為一種超出目前免疫認知的單細胞數(shù)據(jù)現(xiàn)象，引起了與會專家的共鳴。
3，在單細胞質(zhì)控聯(lián)盟成立方面，與會專家、企業(yè)負責人共同表示，單細胞未來發(fā)展市場潛力巨大，但是確實由于組織異質(zhì)性的問題，導致數(shù)據(jù)產(chǎn)出、數(shù)據(jù)分析面臨較多難點。因此，現(xiàn)階段仍然處于行業(yè)發(fā)展的早期階段，需要科技服務公司，與專家顧問團共同分享實操經(jīng)驗。葉幼瓊研究員尤其提出，專業(yè)的生物信息學開發(fā)人員，有責任開發(fā)更好的整合算法，將單細胞質(zhì)控的細節(jié)囊括其中，為科研界做出切實的貢獻！思萃免疫所負責人梁輝博士指出，單細胞質(zhì)控的工作量巨大，思萃免疫所會全力支持單細胞質(zhì)控聯(lián)盟的成立與后續(xù)活動開展。
該次研討會標志著“單細胞質(zhì)控聯(lián)盟”的成立，下一步聯(lián)盟的專家團隊會通過線上線下會議，匯總目前在分析過程中遇到的較多現(xiàn)實問題，與聯(lián)盟成員的科技服務公司分享，通過密切交流，形成單細胞質(zhì)控參考，使得單細胞用戶能夠更清晰的掌握樣品信息，最終提升科技服務公司的項目成功率，并為用戶提供更好的數(shù)據(jù)分析的解決方案。在“單細胞質(zhì)控聯(lián)盟”工作過程中形成的行業(yè)質(zhì)控范圍共識，最終通過行業(yè)經(jīng)驗、行業(yè)標準、科研論文等形式發(fā)布，為從事單細胞的企業(yè)和科研工作者的數(shù)據(jù)質(zhì)控提供參考和依據(jù)。