?染色體水平的缺失、重復等變化是細胞遺傳學研究的熱點。以往科學家運用核型分析、熒光原位雜交（FISH）等技術已獲得染色體結構變異的許多可貴進展，但這些傳統技術分辨率低、且只能定性分析。Affymetrix推出CytoScanTM HD細胞遺傳學芯片解決了上述問題，能夠在全基因組范圍內高分辨率的檢測DNA拷貝數的變異。
一、產品亮點：
1. 目前密度較高的細胞遺傳學芯片。含有超過270萬種探針，同時具備CNV探針和SNP探針，包括 75萬個SNP探針和195萬個拷貝數探針。CNV探針平均覆蓋全基因組，對于＞40kb的基因組結構變異檢出率達99%。SNP探針進行SNP分型的準確率高于99%。
2. 不但能檢測基因缺失、重復，還能檢測雜合性缺失（LOH，loss of heterozygosity）和單親源二體（UPD，uniparental isodisomy）
3. 基因覆蓋全面。百分百覆蓋ISCA constitutional genes、Sanger cancer genes，同時覆蓋96%的RefSeq genes。
二、CytoScanTM HD芯片具體參數：
基因覆蓋情況：
三、服務相關
樣品要求
1. 樣品純度：OD 260/280值應在1.7～2.0 之間, A260/A230 > 1.5；RNA 應該去除干凈；不含有其它個體或其它物種的DNA污染。
2. 樣品濃度：濃度不低于55ng/μl；
3. 樣品總量：每個樣品總量不少于1μg 。
4．樣品溶劑：溶解在Reduced TE (10mM Tris, pH 8,0，0.1mM EDTA)中。
5. 樣品運輸： DNA低溫運輸（-20℃）；在運輸過程中請用parafilm將管口密封好，以防出現污染；
服務流程
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四、CytoScanTM HD芯片數據分析流程：
Affymetrix基因芯片數據分析流程圖
數據分析說明：
Affymetrix Genechip Scaner產生的原始數據Cel文件，經過Affymetrix自帶軟件AGCC(Affymetrix GeneChip Convert Console)將Cel文件轉換成Cychp文件，Cychp文件用Affymetrix自帶軟件CHAS(Chromosome Analysis Suite)分析。通過和各種數據庫結合，每個患者CNV的性質根據一系列完整的流程分成四類：臨床致病性CNV（Variation of clinic significance, VCS）、臨床可能致病性（Variation of possible significance, VPS）、不能解釋(Variation of unknown,VUS)以及良性CNV（Benign CNV）。
基本分析
圖?1?單個樣本的每個染色體的CNV與LOH展示。其中CNV用藍色（擴增）與紅色（缺失）表示，LOH用紫色表示。
也可將多個樣本的CNV及LOH結果分別展示，可以比較多個樣本間的CNV及LOH的差異：
圖 2 多個樣本的CNV及LOH展示圖。本圖為多個樣本的LOH結果展示。
log2Ratio和Allele difference 總圖
圖 3每個樣本log2Ratio和Allele difference 總圖。
高級分析結果
圖 4 GISTIC軟件對各樣本的CNV作圖，展示各樣本拷貝數變異在不同染色體上的分布。
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五、應用案例
用基因芯片技術揭示慢性淋巴細胞白血病與10q24.32復發性等位基因缺失有關
在2012年3月美國遺傳醫學學院會議上，猶他大學與ARUP公司診斷實驗室做了聯合使用Affymetrix基因芯片分析揭示慢性淋巴細胞白血病與10q24.32復發性等位基因缺失有關的報告。慢性淋巴細胞白血病具有非常多樣化的臨床表型。而通過染色體的畸變類型可以判斷病人屬于哪種CLL亞型，評估預后以及檢測殘留病灶，所以正確識別相關的畸變對于病人管理具有非常重要的意義。基因芯片之所以在CLL預后的重要性中獲得認可，是因為其在檢測拷貝數變異（CNVs）方面具有非常高的分辨率。
此項研究中，10例CLL樣本全部由CytoScan HD（Affymetrix）芯片檢測CNVs。其中兩個獨立的樣本中都發現了10q24.32的微觀間質性缺失。這兩個樣本中檢測到的缺失片段大小均在670kb左右。缺失區域包含TMEM180, ACTR1A, SUFU, TRIM8, ARL3, SFXN2, C10orf26, CYP17A1, C10orf32, AS3MT及CNNM2基因。而另一個案例檢測到的10q末端缺失伴有10q24.1的斷裂點。在這些基因當中，SUFU是腫瘤抑制基因，TRIM8是生長抑制基因。它們可能是該臨床顯著缺失區域的候選基因。
隨后，為了調查這些缺失是否是CLL的普遍變化，該小組又用熒光原位雜交（Fluorescence in Situ Hybridization，FISH）的方法針對SUFU和TRIM8基因設計探針，驗證了20余個CLL樣本。FISH結果顯示該區域的缺失在其中3例樣本中有發現，而在30例樣本中的總數為6個（達到20%，包括10q的大片段缺失）。類似的缺失在采用全基因組芯片對23例急性淋巴細胞白血病樣本進行的分析中沒有發現。這些缺失在DGV數據庫中同樣沒有General population注釋，是全新的發現。
原文：Genomic microarray analysis of chronic lymphocytic leukemia reveals a recurrent monoallelic deletion of 10q24.32. American College of Medical Genetics (ACMG) 2012, 29 March 2012, Abst #139.
CytoScan HD 芯片服務應用案例
Affymetrix CytoScan HD Array