1
Flex應用樣本
• FFPE樣本，醫院病理科大量存檔樣本，進行回顧性研究。
• 某些傳染類疾病樣本，由于運輸和實驗條件限制不便于取新鮮樣本，可固定后送樣檢測。（附：細胞/核固定操作流程）
• 準確獲取樣本瞬時基因表達譜“微量”變化，實驗處理/藥物治療的不同時間及不同發育時間組等。新鮮組織解離過程容易誘導應激基因的表達，或隨著處理時間的延長而導致轉錄表達譜發生變化，引起細胞轉錄模式發生“人為改變”。尤其對于一些解離時間較長和基因表達變化迅速的組織。
• 與FFPE空間轉錄組聯合，極大開拓了FFPE樣本的利用空間。
• 某些新鮮或冰凍樣本質檢結果差，無法滿足常規實驗要求的樣本。
2
Flex亮點
• 探針捕獲更靈敏，分析數千個至數十萬個細胞或細胞核的基因表達，捕獲人類或小鼠全轉錄組，可檢測低表達基因。
• 兼容不同樣本類型，將單細胞分析擴展到臨床試驗或其他轉化研究所使用的FFPE組織并附帶針對不同樣本類型而優化的示范方案，包括細胞系、原代細胞以及含有脆弱細胞的解離組織。
• 鎖定細胞瞬時狀態，準確獲取樣本瞬時基因表達譜“微量”變化。
• 細胞捕獲率高達65% ，多細胞（multiplets）比例低，每1,000個細胞僅為0.8%，滿負荷上樣時每個樣本的多細胞比例不超過8%。
• 減少批次效應，在不折損數據質量的情況下保存樣本，實現在同一次運行中批量分析樣本，并最大限度減少實驗可變性。
3
送樣建議
• 優先寄送蠟塊，要求被包埋組織體積>0.5cm3，蠟塊密封后4度避光保存和運輸。如不方便提供蠟塊，可切石蠟卷寄送。
• 石蠟卷要求：25μm或50μm厚度石蠟切片3卷以上，蠟卷被包埋組織橫截面積＞0.3cm2，現切現用（4度最多保存一周），厚度不可小于25μm，石蠟卷置于1.5ml EP管內，密封后4度避光保存和運輸，保證石蠟卷完整不破碎。石蠟卷如破碎較為嚴重，說明樣本脆性較大，會影響樣本質量。注：某些組織類型由于同等體積下細胞數量較少，可能需要提供更多蠟卷，例如穿刺樣本、脂肪組織、肺癌、心肌等。
• FFPE保存年限：無明確年限要求，10X已測試1-11年FFPE，已有文獻表明相對于保存時間，固定時間對RNA質量影響更大（Trinks A，2024）。
• 石蠟樣本后續需經過DV200質控，DV200≥30%的樣本繼續進行細胞核解離操作，細胞核產量需≥30萬，背景干凈雜質少，核膜完整度>80%，結團率<10%；合格樣本，可繼續進行后續單細胞測序實驗。