?基因表達譜芯片可使科研工作者實現在mRNA水平上同時平行研究成百上千乃至上萬條基因的表達關系。它與傳統的研究基因表達的方法（如差異cDNA文庫篩選、Northern blot和PCR）相比較，可為使用者節省大量的研究經費和時間， 并獲得范圍更廣、更具有關聯性的研究結果。它的主要用途是用于大規模分析一定的生物對象在特定生物過程中（如疾病、發育、分化、凋亡等）基因表達變化的全面信息。目前已經廣泛應用于基因表達檢測、基因功能研究、新基因識別、藥物靶點篩選、藥物作用機理和毒理、疾病相關基因和生物標記物等眾多研究領域。
? ? ? SBC可為客戶提供Affymetrix、Agilent、Illumina等基因表達譜芯片服務。
服務推薦
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芯片名稱 |
芯片介紹 |
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人表達譜芯片服務 ? |
Affymetrix GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0 Array?????????????????? |
此款芯片包含了47,000個轉錄本，代表了38,500個明晰的人類基因。數據庫來源于GeneBank、dbEST、RefSeq、 UniGene database(Build 159 January 25 2003)、 Washington University EST trace repository、 NCBI human genome assembly(Build 31)。 |
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Affymetrix GeneChip Human Transcriptome Array 2.0?NEW! |
高分辨率的基因芯片，支持所有轉錄本異構體的全轉錄組分析，包含超過六百萬條不同探針，覆蓋編碼和非編碼轉錄本。 該芯片為每個外顯子設計約10條探針，每個外顯子之間的剪接點有4條探針，確保每個實驗都能獲得完整、準確和可重復的數據。重復性高（批內相關系數≥0.99），所有檢測過的組織觀察到的變異系數（CV）<6.5%。樣品類型既包括新鮮凍存樣品，也包括FFPE 樣本。 |
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Affymetrix GeneChip PrimeViewTMHuman Gene Expression Array |
新版人3’ IVT表達譜卡式芯片，利用GeneChip? Scanner |
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Affymetrix GeneChip Human Gene 2.0ST Array |
Affymetrix新一代全轉錄本芯片，在一張芯片上可以同時檢測mRNA和lincRNA，在其上一代1.0 ST Array的基礎上，該芯片內容進一步豐富并更新數據庫。2.0 ST Array有更多的優點：全面覆蓋轉錄組，可以同時檢測>30,000個編碼的轉錄本和>11,000個長鏈非編碼轉錄本；探針設計大程度覆蓋所有外顯子，可檢測選擇性拼接/轉錄本變體。每個轉錄本覆蓋特異探針的數目中值達到21種，每種探針的長度為25bp，這意味著每個轉錄本將被檢測的堿基數中值高達525個；重復性高；靈敏度高。 ? |
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Agilent?Whole Human Genome Oligo Microarray 4×44K Kit |
Agilent 的人全基因組表達譜芯片匯總目前所了解的人類全基因組序列信息，代表了超過41,000人類基因和轉錄本。設計該產品所用的序列信息源于對 RefSeq、Goldenpath、Ensembl和Unigene 等知名數據庫的深入研究，并與人類基因組拼接進行比對。絕大多數探針經過 Agilent**的實驗驗證程序的檢驗和優化。 |
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Agilent SurePrint G3 Human Gene Expression 8x60K v2 Microarray?Kit |
新一代的安捷倫人類表達譜芯片，包含了新公布的人類lincRNA以及TUCP目錄，據RefSeq數據庫更新了mRNA，其探針覆蓋49,000個轉錄本。 |
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Agilent SurePrint G3 Human Gene Expression 8x60K Kit |
安捷倫人類表達譜芯片，基于G3平臺。除了涵蓋27,958條Entrez Gene RNAs外，更涵蓋7,419條lincRNA。不僅能檢測蛋白編碼RNA表達量的變化，也能檢測非編碼RNA的表達量變化。探針設計參照的數據庫為：RefSeq Build 36.3；Ensemble Release 52；Unigene Build 216；GenBank (April 2009)。非編碼RNA探針是和John Rinn 實驗室（隸屬于麻省理工學院-哈佛大學博德研究所）共同設計的。 |
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Illumina HumanHT-12 v4 Expression BeadChip ? |
該全基因組表達譜芯片包括超過47,000個探針，覆蓋31,000多個注釋基因，可同時檢測12個樣本。信息來源RefSeq 數據庫 ( Release38)，UniGene 數據庫 (Build 199)。 |
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小鼠表達譜芯片服務 ? |
Affymetrix GeneChip Mouse Genome 430 2.0 Array |
Affymetrix 小鼠基因組430 2.0芯片涵蓋了39,000個轉錄本，代表34,000個明晰的小鼠基因。序列信息基于GeneBank、dbEST、RefSeq、UniGene database。 |
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·???????? Affymetrix GeneChipMouse Transcriptome Assay 1.0?NEW! ? |
高分辨率的小鼠基因芯片，支持所有轉錄本異構體的全轉錄組分析，覆蓋超過23,000個編碼基因(其中包括超過114,000個轉錄本; 332,000個外顯子以及215,000個外顯子簇)和超過55,000個非編碼基因（其中包括101,000個轉錄本; 222,000個外顯子以及162,000個外顯子簇）。該芯片為每個外顯子設計約10條探針，每個外顯子之間的剪接點有4條探針，確保每個實驗都能獲得完整、準確和可重復的數據。重復性高，批內相關系數≥0.99。樣品類型既包括新鮮凍存樣品，也包括FFPE 樣本。這種芯片的應用將加快人類疾病的臨床前研究，提高了從小鼠模型研究轉化到人類疾病研究的成功率。 |
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Affymetrix GeneChip Mouse Gene 2.0 ST Array |
小鼠全轉錄本芯片，在一張芯片上可以同時檢測mRNA和lincRNA，可同時檢測>35,000個編碼的和非編碼的轉錄本及>2,000個長鏈基因間非編碼轉錄本 |
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Agilent Whole Mouse Genome Oligo Microarray, 4×44K |
Agilent 小鼠全基因組表達譜芯片真正代表小鼠基因組中所有已知基因及其產生的轉錄本，代表了超過 41,174 個小鼠基因和轉錄本。設計該產品所用的序列信息源于對 UCSC、NIA、RefSeq、Ensembl、Unigene和RIKEN等知名數據庫的深入研究，而且絕大多數探針經過Agilent**的實驗驗證程序的檢驗和優化。 |
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? ? Agilent SurePrint G3 Mouse Gene Expression 8x60K Kit ? ? |
安捷倫新設計的小鼠表達譜芯片，基于G3平臺。除了涵蓋39,430條Entrez Gene RNAs外，更涵蓋16,251條lincRNA。不僅能檢測蛋白編碼RNA表達量的變化，也能檢測非編碼RNA的表達量變化。探針設計參照的數據庫為：RefSeq Build 37；Ensembl Release 55；Unigene Build 176；GenBank (April 2009)；RIKEN 3。 |
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Illumina MouseRef-8 v2 Expression BeadChip |
該全基因組表達譜芯片包括約25,600個轉錄本, 參考數據庫為：NCBI RefSeq（Build 36, Release 22）。 |
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Illumina MouseWG-6 v2 Expression BeadChip |
該全基因組表達譜芯片包括約45,200個轉錄本，參考數據庫為：NCBI RefSeq（Build 36, Release 22）；RIKEN FANTOM2；MEEBO。 |
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大鼠表達譜芯片服務 ? |
Affymetrix GeneChip Rat Genome 230 2.0 Array |
Affymetrix 大鼠基因組230 2.0芯片包含有31,000個probe sets，代表28,000個明晰的大鼠基因。序列信息基于GenBank , dbEST, RefSeq等權威數據庫。 |
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Affymetrix GeneChip Rat Gene 2.0 ST Array ? |
大鼠全轉錄本芯片，在一張芯片上可以同時檢測mRNA和lincRNA，可同時檢測>27,000個蛋白編碼轉錄本及>23,500個 ?Entrez基因 |
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Agilent Whole Rat Genome Oligo Microarray, 4×44K |
Agilent 大鼠全基因組表達譜芯片真正代表大鼠基因組中所有已知基因及其產生的轉錄本，代表了超過 41,012 個大鼠基因和轉錄本。設計該產品所用的序列信息源于對 RefSeq、Ensembl、Unigene 和GenBank等知名數據庫的深入研究，而且絕大多數探針經過Agilent**的實驗驗證程序的檢驗和優化。 |
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Agilent SurePrint G3 Rat Gene Expression 8x60K Kit |
安捷倫新設計的大鼠表達譜芯片，基于G3平臺。涵蓋30,003條Entrez Gene RNAs。探針設計參照的數據庫為：RefSeq Build 36.2；Ensembl Release 55；Unigene Build 177；GenBank (January 2009)。 |
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SBC提供其它物種的表達譜芯片：
Affymetrix 3' IVT Expression Array:?擬南芥、苜蓿、稻、大豆、大麥、小麥、柑橘、棉花、玉米、白楊、甘蔗、西紅柿、葡萄、酵母、果蠅、秀麗隱桿線蟲、牛、犬、雞、豬、恒河猴、非洲爪蟾、熱帶爪蟾、斑馬魚。
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Affymetrix Gene 1.0 ST Array :?擬南芥、苜蓿、稻、大豆、果蠅、秀麗隱桿線蟲、牛、犬、雞、豬、恒河獼猴、食蟹獼猴、馬、貓、豚鼠、狨猴、羊、兔、恒河猴、斑胸草雀、斑馬魚、番茄。
Agilent 3' IVT Expression Array：擬南芥、苜蓿、稻、大麥、棉花、蕓苔屬植物、煙草、西紅柿、小麥、酵母、大腸桿菌、稻瘟菌、果蠅、秀麗隱桿線蟲、蚊子、牛、犬、雞、豬、馬、恒河猴、兔、三文魚、羊、非洲爪蟾、斑馬魚。
FFPE樣品的表達譜芯片服務
芯片推薦：Illumina Human Whole-Genome DASL HT Assay BeadChip
芯片介紹：Human Whole-Genome DASL（cDNA介導的退火、選擇、延伸和連接）Assay是一個能從低豐度或部分降解的人RNA樣本中產生全基因組表達圖譜的優化整合系統，特別適用于那些來自甲醛固定石蠟包埋（FFPE）組織的RNA樣本。芯片覆蓋約29,000個轉錄本。信息來源RefSeq 數據庫 (Build 36.2, Release 38)。
芯片推薦：Affymetrix Almac XcelTM Array
芯片介紹：Almac XcelTM芯片是目前市場上一款為福爾馬林石蠟包埋(FFPE)樣本設計和優化的3' 端表達譜芯片。芯片包含了針對97,000多個轉錄本的探針組，其中許多是其他芯片沒有的。芯片約70%內容與GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0 芯片的內容相同。還有8%是U133 plus 2.0芯片未包含的經過驗證的RefSeq更新信息，其余22%來自高質量的Almac公司內部測序數據和驗證過濾后的公開數據。?
Affymetrix GeneChip Human Transcriptome 2.0 Array和Affymetrix GeneChip Human Genome U133 Plus 2.0 Array這兩款芯片在我們已經服務過的FFPE樣品表達譜檢測應用中也同樣表現優異。
服務相關
樣品要求（非FFPE樣本）
1. 樣品純度：OD 260/280值應在1.9～2.2 之間；DNA 應該去除干凈。
2. 樣本完整性：Agilent 2100 RIN≥ 7，且28S/18S≥ 0.7。
3. 樣品濃度：最低濃度不低于100ng/μl。
4. 樣品總量：每個樣品總量不少于2μg。
5. 樣品溶劑：要溶解在RNase-free H20或RNase-free TE (pH 8.0)中。
6. 樣品運輸：RNA用凍存管保存，并用干冰或液氮運輸；
