?RNA Immunoprecipitation（RIP）是研究細胞內RNA與蛋白結合情況的技術，是了解轉錄后調控網(wǎng)絡動態(tài)過程的有力工具，能更有效地發(fā)現(xiàn)miRNA的調節(jié)靶點。RIP技術針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來。之后，經過分離純化就可以對結合在復合物上的RNA進行測序、芯片等高通量分析。
上海伯豪將RIP技術結合新一代測序技術，推出了RIP-SEQ服務，將有助于廣大科研工作者更高通量地了解癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化。
一、 RIP -SEQ實驗基本原理：
- 用抗體或表位標記物捕獲細胞核內或細胞質中內源性的RNA結合蛋白。
- 防止非特異性的RNA的結合。
- 免疫沉淀把RNA結合蛋白及其結合的RNA一起分離出來。
- 結合的RNA序列通過高通量測序（RIP-Seq）方法來鑒定。
二、 上海伯豪RIP-SEQ數(shù)據(jù)分析服務內容：
- 原始數(shù)據(jù)的QC、數(shù)據(jù)預處理
- RIP-seq 分析
1) 將reads比對到基因組：將預處理reads與reference genome進行mapping，最后得到mapping的sam結果文件，給出mapping結果統(tǒng)計。
2) peak detect：應用sam文件進行peak富集區(qū)查找。
3) motif detect：查找結合位點區(qū)結構特性，尋找轉錄因子結合區(qū)域的motif結構。
4) 基因關聯(lián)：應用結合位點區(qū)位置，確定其周圍所涉及的基因。
5) 關聯(lián)基因GO差異分析：以參考基因組為背景集對結合位點關聯(lián)基因進行GO富集分析。