新一代單細(xì)胞技術(shù)GEM-X技術(shù)簡(jiǎn)介
Chromium單細(xì)胞利用微流體“雙十字”交叉系統(tǒng)，將含barcode的凝膠珠（GelBeads）、細(xì)胞和酶的混合物、油二者混合，形成GEMs（油包水的微體系）。GEMs形成后，細(xì)胞裂解，凝膠珠自動(dòng)溶解釋放大量barcode 序列，隨后mRNA逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生帶有10x barcode和UMI信息的cDNA，構(gòu)建標(biāo)準(zhǔn)測(cè)序文庫(kù)，其中10x barcode用于區(qū)分細(xì)胞，UMI用于mRNA的定量。
新一代單細(xì)胞技術(shù)Chromium GEM-X與Chromium X/iX儀器無(wú)縫整合。與之前的3’v3.1版本相比，這項(xiàng)技術(shù)的特點(diǎn)包括：
所有這些優(yōu)勢(shì)集中在一起，可以獲得更高質(zhì)量的單細(xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)。實(shí)測(cè)細(xì)胞數(shù)的增加和檢測(cè)到的基因數(shù)的提升，不僅能夠檢測(cè)出更加豐富的細(xì)胞類群，而且在數(shù)據(jù)分析過(guò)程中，也能夠改善單細(xì)胞數(shù)據(jù)聚類分群的結(jié)果，能夠大大提高細(xì)胞聚類分群的分辨率。此外，對(duì)于5’免疫分析試劑盒，GEM-X的優(yōu)勢(shì)在于能夠獲得更多V(D)J信息，包括利用豐富的V(D)J轉(zhuǎn)錄本揭示更多的獨(dú)特克隆型。
新一代Chromium GEM-X示例數(shù)據(jù)展示
目前伯豪生物已經(jīng)基于高通量單細(xì)胞RNA文庫(kù)制備試劑盒GEM-X開展了正式的項(xiàng)目實(shí)驗(yàn)。下面具體展示人的PBMC樣本和腫瘤組織樣本基于GEM-X進(jìn)行單細(xì)胞3’RNA測(cè)序的數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)結(jié)果顯示，PBMC樣本實(shí)測(cè)細(xì)胞數(shù)達(dá)到1萬(wàn)以上，PBMC樣本的中位基因數(shù)達(dá)到3000左右。腫瘤組織的實(shí)測(cè)細(xì)胞數(shù)也在1萬(wàn)左右，中位基因數(shù)高達(dá)5600多。
1.人PBMC樣本數(shù)據(jù)展示
2.人腫瘤組織樣本數(shù)據(jù)展示
3.不同版本Chromium單細(xì)胞RNA測(cè)序數(shù)據(jù)比較
選取相同的組織類型使用不同版本Chromium試劑盒（3’v3.1vsGEM-X）進(jìn)行單細(xì)胞3’RNA測(cè)序數(shù)據(jù)比較。數(shù)據(jù)比較顯示，與3’v3.1版本試劑相比，GEM-X實(shí)測(cè)到的細(xì)胞數(shù)及中位基因數(shù)都有著明顯的提升。
