簡介
1.PPI
PPI（Protein-protein interaction），蛋白質-蛋白質相互作用。網絡圖中的節點代表蛋白質，連線表示兩個蛋白質之間存在關聯。蛋白質是基因表達的產物，通過了解蛋白質分子之間的關聯性從而間接了解基因之間的相關性，進而挖掘核心的調控基因。
2.STRING數據庫
STRING數據庫是蛋白質相互作用的數據庫，覆蓋物種多，蛋白數量多。數據庫目前包含14'094個物種和67'592'464 個蛋白質。其中string數據庫中的數據來自包含Biocarta, BioCyc, GO, KEGG, and Reactome在內的5個數據庫。關系得分表示可信度，分越高越可信。
3.CytoscapeCytoscape是一個專注于開源網絡可視化和分析的軟件。其最強大的功能在于大規模蛋白質-蛋白質相互作用、蛋白質-DNA和遺傳交互作用的分析。
數據準備
我們想要知道已知的多個蛋白之間的關聯性，在這里我們選擇案例#1作為示例。
- 打開STRING數據庫——選擇多個蛋白——輸入蛋白——點擊search——點擊CONTINUE
- 這樣我們就獲取了輸入蛋白之間的關聯關系，我們將這張圖以表格(string_interactions.tsv)的形式下載下來
- 具體的表格注釋已寫在表格中
使用cytoscape繪圖
- 首先打開cytoscape軟件，接下來我們將下載的表格(string_interactions.tsv)導入cytoscape當中
- 在導入的過程中，還有需要設置的部分
點擊標題，確定每一列是節點屬性還是線屬性，也可設置這列的數據類型。如果這列是文字，選擇ab，表示這一列是字符型；如果這列是數值，根據需要，選擇整型或者浮點型；如果這列是布爾值，選擇y/n。案例中我們使用默認選擇。
- 表格導入之后就會自動生成網絡圖
這樣的圖還不是最終圖，仍需要美化，這就體現了cytoscape的優勢。
- 如何美化
節點的顏色、形狀、字體修改。
如果提供的節點屬性包含FC值和pvalue，我們可以根據FC設置節點的大小，FC值越大，節點越大；也或者根據pvalue值設置節點的由藍到紅的漸變等。
線的類型、顏色、粗細
總結
以上就是從STRING到PPI網絡圖的基本流程和簡單操作。除了上述方法外，Cytoscape也可通過安裝插件——stringApp的方法，來獲取該數據庫中的蛋白質之間的關聯。不管哪種方法，最終目的都是獲取PPI網絡圖。