生信分析 | 解鎖Venn圖畫法-技術(shù)前沿-資訊-生物在線

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生信分析 | 解鎖Venn圖畫法

作者:上海阿趣生物科技有限公司 2021-10-20T16:15 (訪問量:16896)

Venn圖,又稱韋恩圖或文氏圖,韋恩圖用于展示在不同的事物群組(集合)之間的數(shù)學(xué)或邏輯聯(lián)系,尤其適合用來表示集合(或)類之間的“大致關(guān)系”,它也常常被用來幫助推導(dǎo)(或理解推導(dǎo)過程)關(guān)于集合運(yùn)算(或類運(yùn)算)的一些規(guī)律。是一種用于直觀表示元素集合重疊的一種圖形。接下來和大家分享一下韋恩圖的制作方法。


1.在線Venn圖的解鎖

(1)jvennhttp://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html

第一步(界面打開鏈接是這樣的。



第二步:(數(shù)據(jù)輸入)左側(cè)輸入數(shù)據(jù),這里也可以導(dǎo)入文件,輸入文件為文本文檔。在輸入對應(yīng)組合名時,組合名不能超過11個字符。



第三步:(釋義與數(shù)據(jù)導(dǎo)出)在上圖紅框中輸入數(shù)據(jù),即可得到兩個數(shù)據(jù)集的交集基因,如不需要柱狀圖,可通過將下圖紅框中設(shè)置為"NO",同時通過點(diǎn)擊黃框中的英文即可得到圖像及相應(yīng)的文件。

(2)Draw Venn Diagramhttp://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/

第一步:(界面)打開首頁是這樣的。



第二步:(數(shù)據(jù)輸入)左側(cè)輸入數(shù)據(jù),這里既可以導(dǎo)入文件,也可以直接輸入組合的列表,如果輸入框不夠,可以點(diǎn)擊"Add"添加新的輸入框。右側(cè)可填寫對應(yīng)組合的名稱。



第三步:(數(shù)據(jù)導(dǎo)出)上傳數(shù)據(jù),命名好組名并點(diǎn)擊"Submit",即可得到結(jié)果。最后,就是下載結(jié)果。


在線Venn圖小結(jié)

jvenn和Draw Venn Diagram兩個Venn圖網(wǎng)站各有優(yōu)缺點(diǎn)。jvenn只能畫少于6組的Venn圖且會限制組名的長度,Draw Venn Diagram能夠畫大于6組的圖像。



2、R語言代碼Venn圖的解鎖

(1)首先展示一個使用R的VennDiagram包繪制常規(guī)韋恩圖的方法,該包適用于2<=樣本數(shù)<=5的情形。通常韋恩圖所展示的樣本數(shù)量不會超過5,因為當(dāng)樣本數(shù)量大于5時,繪圖結(jié)果將難以觀測。因此對于VennDiagram包來講,它所支持的樣本數(shù)量也是最多為5個。其實(shí)不止R的VennDiagram包,其它可繪制韋恩圖的R包或除R外的其它繪圖工具等,一般也不支持樣本數(shù)大于5個的情形。

第一步:Venn圖數(shù)據(jù)整理



第二步:Venn包加載及畫圖函數(shù)參數(shù)設(shè)置



結(jié)果展示:


(2)面對多于5個樣本的數(shù)據(jù),大家可以使用叫"venn"的R包,它最多可支持7個樣本的韋恩圖。

第一步:Venn圖數(shù)據(jù)整理



第二步:Venn包加載及畫圖函數(shù)參數(shù)設(shè)置



結(jié)果展示:


Veen圖數(shù)據(jù)下載鏈接:

https://pan.baidu.com/s/1eVfBudXRVX6QRvEjHUmy2A

提取碼:hwzt

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