文章標(biāo)題：Integrating proteomics and metabolomics approaches to elucidate the ripening process in white Psidium guajava
發(fā)表期刊：Food Chemistry
發(fā)表時(shí)間：2022.01
影響因子：7.514/Q1
組學(xué)技術(shù)：代謝組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)
1、研究背景
番石榴(Psidium Guajava)，是一種營(yíng)養(yǎng)豐富的熱帶水果，大小、形狀各異，含有較多的抗氧化化合物，如維生素C、多酚和類胡蘿卜素。盡管番石榴有非常高的營(yíng)養(yǎng)價(jià)值和保健價(jià)值，但與其相關(guān)綜合研究甚少，特別是番石榴成熟過程中的生物化學(xué)和分子機(jī)制研究。
百趣解讀，水果可根據(jù)其在成熟過程中的呼吸模式不同大致分為躍變型和非躍變型成熟。就番石榴而言，躍變型和非躍變型呼吸模式取決于特定的品種。總體而言，躍變型成熟與乙烯爆發(fā)有關(guān)，而非躍變型成熟的生理和分子基礎(chǔ)仍然知之甚少。參與調(diào)控水果成熟過程的生長(zhǎng)調(diào)節(jié)劑與某些關(guān)鍵代謝途徑可能存在關(guān)聯(lián)，此外，對(duì)番茄、山竹及香蕉成熟過程的組學(xué)研究，揭示了乙烯、脫落酸(ABA)和其他生長(zhǎng)調(diào)節(jié)劑對(duì)果實(shí)成熟的重要性。
百趣解讀，作者通過對(duì)白番石榴兩個(gè)成熟階段的不同果實(shí)部位進(jìn)行了蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)研究，深入挖掘白番石榴成熟過程中的潛在分子機(jī)制，并找出乙烯和脫落酸(ABA) 信號(hào)通路與番石榴成熟過程中的生化變化的調(diào)控關(guān)聯(lián)。該研究結(jié)果將為進(jìn)一步探究番石榴成熟過程中植物生長(zhǎng)調(diào)節(jié)劑參與調(diào)控機(jī)制提供理論依據(jù)。
2、研究設(shè)計(jì)
3、研究結(jié)果
（1）蛋白組學(xué)分析
百趣解讀，在本研究中，作者對(duì)MG和MY兩組的番石榴果皮、果肉組織進(jìn)行蛋白組學(xué)檢測(cè)。在白番石榴果皮、果肉中分別鑒定出2695種、3166種蛋白質(zhì)。在番石榴成熟過程中，果皮和果肉部位出現(xiàn)蛋白質(zhì)的顯著累積。比較蛋白質(zhì)組學(xué)分析在果皮和果肉組織中分別鑒定出859和817個(gè)差異蛋白質(zhì)，其中約133個(gè)在兩種組織部位同時(shí)鑒定為差異蛋白。顯著累積的蛋白質(zhì)涉及到了茉莉酸生物合成、生長(zhǎng)素運(yùn)輸和乙烯等信號(hào)通路（圖1）。對(duì)番石榴、番茄、山竹和獼猴桃在成熟過程中鑒定的差異蛋白質(zhì)的同源序列進(jìn)行了比較蛋白組學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)存在大量的直系同源體參與了果實(shí)成熟調(diào)控過程（圖2）。
圖1. 番石榴果肉和果皮樣本蛋白組學(xué)分析
圖2. 與山竹、獼猴桃和番茄中與成熟過程相關(guān)的差異累積蛋白質(zhì)比較分析
（2）非靶標(biāo)代謝組學(xué)及靶標(biāo)代謝組學(xué)分析
本研究中對(duì)MG和MY兩組樣本進(jìn)行非靶標(biāo)代謝組學(xué)檢測(cè)發(fā)現(xiàn)31個(gè)累積過度和47個(gè)累積下降的代謝物。在MG/MY組實(shí)驗(yàn)樣本中，累積量過度代謝物主要涉及了葉綠素代謝、膽固醇、類胡蘿卜素生物合成等代謝途徑（圖3A）。此外，在MY/MG組實(shí)驗(yàn)樣本中累積量下降代謝物涉及的主要途徑有（圖3B）類黃酮生物合成、次級(jí)代謝的生物合成、單萜類化合物等代謝途徑。
百趣解讀，基于非靶標(biāo)代謝組學(xué)分析結(jié)果，對(duì)色素、ACC、ABA和酚類物質(zhì)含量進(jìn)行靶標(biāo)代謝組學(xué)檢測(cè)。靶標(biāo)代謝組學(xué)研究結(jié)果表明MY果皮中色素含量顯著低于MG果皮，例如β-胡蘿卜素、α-胡蘿卜素、紫黃質(zhì)、花藥黃素、葉黃素、α-生育酚和葉綠素B的含量在MY樣品中顯著低于MG樣品（圖3C）；整果中ACC和ABA的含量，MY顯著高于MG（圖3D、E）；在酚類物質(zhì)中定量分析了17種屬于不同化學(xué)亞類的代謝物，研究發(fā)現(xiàn)多數(shù)已鑒定的酚類物質(zhì)在果皮中的濃度與其他組織相比較高（表1）。
圖3. 代謝組學(xué)分析
表1. 酚類定量分析代謝物信息表
（3）蛋白組學(xué)及代謝組學(xué)聯(lián)合分析
作者通過對(duì)蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)(非靶標(biāo)和靶標(biāo))的結(jié)果進(jìn)行組學(xué)數(shù)據(jù)整合分析，揭示了乙烯、類胡蘿卜素、ABA和酚類生物合成途徑在番石榴成熟過程中的重要作用。結(jié)果表明ACC（乙烯前體）和ACC氧化酶（ACO4）的過度累積；在類胡蘿卜素和脫落酸代謝途徑中β-胡蘿卜素、花藥黃質(zhì)和紫黃質(zhì)等前體物質(zhì)含量減少，而黃質(zhì)苷、脫落醛和脫落酸含量卻呈現(xiàn)增加趨勢(shì)；酚類生物合成相關(guān)酶主要積累在MY組番石榴果皮組織中（例如：分支酸生物合成調(diào)控酶）；花青素在MY樣品中的水平低于MG樣品（圖4）。
圖4. 蛋白組學(xué)與代謝組學(xué)整合分析
（4）總結(jié)
番石榴成熟是一個(gè)極其復(fù)雜的生化過程，涉及不同的生長(zhǎng)調(diào)節(jié)劑及其信號(hào)傳導(dǎo)機(jī)制，其中ABA 和乙烯在生化修飾過程中發(fā)揮著重要作用。該研究結(jié)果為白番石榴歸屬于躍變型成熟提供理論支撐。因該研究揭示番石榴成熟過程中外部感應(yīng)和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)所涉及的分子機(jī)制，其中生長(zhǎng)調(diào)節(jié)劑可以微調(diào)果實(shí)性狀的生化變化。此外，組學(xué)數(shù)據(jù)聯(lián)合分析揭示了番石榴成熟過程中潛在的代謝途徑調(diào)節(jié)，突出了乙烯和ABA等生長(zhǎng)調(diào)節(jié)劑作為可能的主要調(diào)節(jié)劑，并揭示了初級(jí)和次級(jí)代謝產(chǎn)物的差異累積（圖5）。
圖5. ABA和乙烯信號(hào)在苯丙素途徑激活中的協(xié)同作用
5、百趣小結(jié)
研究目的
多組學(xué)研究白番石榴成熟過程內(nèi)在調(diào)節(jié)機(jī)制。
研究結(jié)果
百趣解讀，本研究選擇白番石榴成熟過程中的兩個(gè)階段，通過對(duì)不同組織進(jìn)行代謝組學(xué)和蛋白組學(xué)分析，研究了白番石榴在成熟過程中代謝調(diào)控機(jī)制，研究發(fā)現(xiàn)蛋白出現(xiàn)累積，其中差異累積蛋白涉及了茉莉酸生物合成、生長(zhǎng)素運(yùn)輸和乙烯等信號(hào)通路；同時(shí)代謝組學(xué)數(shù)據(jù)表明，差異累積代謝物主要參與葉綠素代謝、膽固醇、類胡蘿卜素生物合成等代謝途徑；將蛋白組學(xué)數(shù)據(jù)與代謝組學(xué)數(shù)據(jù)聯(lián)合分析，揭示了乙烯、類胡蘿卜素、ABA和酚類生物合成途徑在番石榴成熟過程中的重要作用，并為白番石榴歸屬于躍變型成熟提供理論依據(jù)。
提升空間
在本研究的代謝組物質(zhì)鑒定中，因其所用數(shù)據(jù)庫的局限性只發(fā)現(xiàn)較少的植物代謝物（30-50），可采用專門針對(duì)植物研究領(lǐng)域構(gòu)建的植物廣泛靶標(biāo)代謝組學(xué)技術(shù)，該技術(shù)定性物質(zhì)數(shù)可達(dá)1000+，極大的提升了數(shù)據(jù)的挖掘空間，對(duì)于做植物代謝組的學(xué)者來說是目前更為適用的一種新技術(shù)。
文/阿趣代謝組學(xué)