非靶向蛋白質組學
1. iTRAQ/TMT 標記定量蛋白質組學
iTRAQ 和 TMT 技術采用多種同位素標記，可與氨基反應實現連接，實現多個樣本蛋白組的定性與定量。
技術流程：
寄樣要求：
動物及臨床組織標本 100 mg/sample
血清、血漿 200 μL/sample
細胞、微生物 1ｘ107 cells/sample
植物嫩葉、嫩芽 500 mg/sample
植物種子、果實 100 mg/sample
液氮或者 -80℃ 保存
足量干冰運輸，避免反復凍融
試劑盒種類：
技術優點：
適用范圍廣、高通量、結果可靠
靈敏度高
分離能力強
自動化程度高
2. Label Free 非標記定量蛋白質組學
Label Free 技術不依賴同位素標記，可通過液質聯用對蛋白質酶解肽段進行分析，分析大規模鑒定蛋白質時所產生的質譜數據，對被檢測到的離子峰強度進行積分，以積分面積進行相對定量。
技術流程：
技術優點：
無需標記，最da程度的保留樣本的真實性
可以區分“有”、“無”蛋白
不受標簽數量的限制，多個樣本可以同時進行蛋白定量分析
不同物種和不同的樣本類型可以同時開展蛋白定量分析
處理步驟簡單，成本低
技術缺點：
低通量
定量準確度有限
對質譜的穩定性和重現性有很高的要求
3. DIA 定量蛋白質組學
數據非依賴性采集(DIA)是一種顯著提升蛋白質組學研究通量和可重復性的技術。
經典的 DIA 流程通常依賴于 DDA 譜圖庫的構建，需要消耗大量的樣品，且周期長，成本高。
越來越多的不依賴于 DDA 建庫的分析方法相繼誕生，例如 DIA-Umpire、PECAN 和 encyclope DIA 等。encyclope DIA 系列技術采用氣態在線分離（GPF）。
GPF-DIA 技術流程：
常規 DIA 流程：
技術優點：
采集所有離子及碎片圖譜，重現性好
基于碎片離子定量，選擇性好，可媲美 SPM/MRM
循環時間固定，掃描點數均勻，定量準確度高
高通量，能同時監測所有目標蛋白
4. 定性鑒定蛋白質組學
利用液相色譜質譜聯用技術（LC-MS/MS）結合數據庫檢索的方法，對樣本中的混合蛋白進行定性鑒定分析。
技術流程：
寄樣要求：
- 膠條樣本
考馬斯亮藍染色 SDS-PAGE 凝膠，條帶清晰可見
條帶切取操作過程中佩戴手套，防止角蛋白污染
條帶置于 EP 管中，-20℃ 保存，冰袋運輸
- 蛋白溶液
需要提供緩沖液體系以及蛋白濃度數據
蛋白溶液樣本中不要加入 loading buffer
液氮或 -80℃ 保存
足量干冰運輸，避免反復凍融
5. 多肽組學
多肽組學是以機體內源性多肽和低分子量蛋白質為研究對象，研究多肽組的結構、功能、變化規律及其相關關系。
技術流程：
技術優點：
高效
高通量
高特異性
破壞度小
高靈敏度
靶向蛋白質組學
（PRM 靶向定量蛋白組）
平行反應監測（PRM）是一種靶向檢測方法，能夠對目標蛋白、目標肽段進行選擇性檢測，從而實現對目標蛋白/肽段進行相對（絕對）定量。
技術流程：
技術優點：
不依賴抗體
特異性
結果準確、可靠
高通量
修飾蛋白質組學
利用 LC-MS/MS 結合數據庫檢索的方法，在搜庫時設置修飾搜庫參數，實現對目標所有已知的修飾位點磷酸化、乙?；?、糖基化和泛素化進行鑒定。
技術流程：
蛋白代謝互作組
代謝物-蛋白質相互作用控制著多種細胞過程，從而在維持細胞穩態中發揮重要作用。MetPro 技術是一種化學蛋白質組學方法，將蛋白質水解（Lip）和質譜（MS）結合起來。用于進行代謝物-蛋白質相互作用的研究，篩選與代謝物具有相互作用的蛋白質。
技術流程：
蛋白組生信分析
1. 基礎分析
數據預處理
差異表達蛋白篩選
2. 常規數據分析
主成分分析
火山圖分析
層次聚類分析
3.功能分析
COG 注釋分析
亞細胞定位分析
GO 注釋富集分析
KEGG 注釋富集分析
PPI 網絡構建分析
4.修飾蛋白特有分析
Motif 分析
激酶（kinase）預測分析