菁品良制 | TMB標準品在不同測序平臺的表現力-產品資訊-資訊-生物在線

菁品良制 | TMB標準品在不同測序平臺的表現力

作者:菁良科技(深圳)有限公司 2019-11-28T16:39 (訪問量:8404)

如今,腫瘤的發病率和死亡率居全球首位,除化療、放療和靶向治療外,免疫治療也成為其不容忽視的治療策略。越來越多的研究提示腫瘤突變負荷(tumor mutation burden, TMB)未來可能成為免疫治療的獨立預測生物標記物。

為了推動TMB這一生物標志物的研究,促進行業標準化規范化,菁良于2019109日推出了全球首創TMB標準品,菁良首次發布不同平臺和方法測試數據結果,幫助您更好地了解TMB更多信息。


背景介紹

TMB的檢測過程會引入各種變量

TMB工作流:

TMB標準品制作流程:



菁良基因配對TMB標準品

菁良基因可以提供11對配對TMB樣本(過濾胚系突變),每對樣本對應不同TMB值(如下圖所示),根據這些配對的細胞系,我們也可以按照不同配比混合,提供不同AF及濃度的樣本。


TMB標準品在不同平臺的測試數據

測試一

我們隨機挑選了如下一對TMB標準品,選用了兩個測序平臺,對得到的體細胞變異結果進行比較:

配對TMB標準品在不同平臺,檢出體細胞突變重疊度達到90%


配對TMB標準品在不同平臺檢出體細胞突變,在一號染色體上,AF重疊度高

測試二

我們隨意挑選了11TMB標準品,比較基于兩個不同測序平臺,WES和三個Panel的結果:



1.同一樣本,基于不同測序平臺得到的WES結果,其對應的TMB值比較接近。

2.同一樣本,不同Panel檢測的TMB值,偏差較大。

3.同一樣本,同種測序原理,WES與大Panel檢測得到的TMB值,有顯著差異。

盡管為節省測序成本,已有不同實驗室嘗試使用≥1 Mb的大Panel檢測TMB,但目前WES仍是檢測TMB的金標準。由于大panel覆蓋位點不盡相同,建議使用標準品將PanelWES的檢測結果進行比較,來確定大panel檢測TMB的準確性。




菁良科技(深圳)有限公司 商家主頁

地 址: 深圳市鹽田區海山街道深鹽路2002號大百匯高新技術工業園二期3A棟8層

聯系人: 技術支持

電 話: 0755-25167062

傳 真:

Email:info@gene-well.com

相關咨詢
ADVERTISEMENT