背景簡介
HRD (Homologous Recombination Deficiency) 即同源重組修復缺陷，主要是由于HRR相關基因的突變和表達失衡導致細胞失去了通過同源重組的方式對雙鏈斷裂的DNA進行正確修復的能力。而無法正確修復的DNA會在整個基因組層面上留下“瘢痕”。通過檢測這些“瘢痕”即可評估修復缺陷的程度。HRD普遍存在于不同腫瘤中，其中卵巢癌、乳腺癌、前列腺癌和胰腺癌尤為明顯，其狀態可以提示腫瘤細胞對PARP抑制劑和鉑類藥物的敏感性。因此，可以通過對HRD的檢測結果進行療效預測，指導用藥。
材料與方法
本次測試使用的標準品及其參考值由菁良科技（深圳）有限公司（簡稱“菁良”）提供，具體信息見下表。每個HRD標準品取200 ng，進行酶切建庫(QuarPrep EZ DNA Library Kit 1.0，Dynegene)，預文庫使用快速雜交試劑(QuarHyb Super Reagent Kit Pro，Dynegene)搭配HRD Panel (QuarXeq HRD Probes 1.0，Dynegene) 進行捕獲。在Illumina平臺和華大智造DNBSEQ-G99平臺進行測序，測序深度＞200×。使用sequenza和scarHRD軟件進行ASCN分析和HRD Score計算。
菁良HRD標準品信息
| 產品編碼 | 標準品 | HRD參考值 |
| GW-FGTM003-T | GW3-N | 34 |
| GW-FGTM003-N | GW3-T | |
| GW-FGTM009-T | GW9-N | 52 |
| GW-FGTM009-N | GW9-T | |
| GW-FGTM012-T | GW12-N | 94 |
| GW-FGTM012-N | GW12-T |
迪贏相關試劑信息
| 說明 | 產品名稱 | 貨號 |
| 建庫 | QuarPrep EZ DNA Library Kit 1.0 | NL1002 |
| 接頭引物 | Y Truncated Adaptor with pre index primer dual SetA | NA2002 |
| - | Y Truncated Adaptor with pre index primer dual SetA for MGI | NA2010 |
| 捕獲 | QuarXeq HRD Probes 1.0 | NY1018 |
| - | QuarHyb Super Reagent Kit Pro | NC1006 |
| - | QuarAcces Universal Blocker with cot-1 2.0 | NF2006 |
| - | QuarAcces Universal Blocker with cot-1 for MGI Dual | NF2025 |
實驗流程
結果
聯合測試結果與標準品參考值一致
使用菁良的HRD標準品搭配迪贏HRD panel進行雜交捕獲流程，illumina平臺測序；使用相應的分析軟件進行HRD score分析。從分析結果看，本次HRD評分與標準品WGS參考值趨勢相同，且陰陽性判讀一致。
| 標準品 | 標準品參考值 | 迪贏HRD panel分析 | ||
| ? | HRD score | 陰陽性 | HRD score | 陰陽性 |
| GW3 | 34 | 陰性 | 18 | 陰性 |
| GW9 | 52 | 陽性 | 50 | 陽性 |
| GW12 | 94 | 陽性 | 70 | 陽性 |
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不同測序平臺HRD標準品評估一致
本次測試采用迪贏HRD panel在不同測序平臺illumina、MGISEQ-2000和DNBSEQ-G99進行HRD標準品檢測，對測序數據使用相應的分析軟件進行HRD score分析。從分析結果看，不同測序平臺的HRD score結果一致，與標準品WGS參考值趨勢基本一致。
本次測試表明，在不同測序平臺上迪贏HRD panel的分析結果與標準品一致。
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關于華大智造
DNBSEQ-G99為華大智造推出的小型化雙載片測序平臺，特別適用于靶向基因測序和小型基因組測序?；贒NBSEQ核心技術，G99在測序載片上首次采用了三角形矩陣式信號位點，在更小面積的載片上實現了更高密度的數據產出，整機通量8-48Gb。通過高度集成的流體系統, 同時配合超快速的生化反應體系，G99突破性地實現了12小時可完成PE150測序。從用戶需求出發，在提供高質量的測序數據的同時，做到快速、簡單、靈活，能為測序工作帶來絕佳的體驗，應用場景廣泛。
關于迪贏生物
上海迪贏生物科技有限公司（DYnegene Technologies Co. Ltd），于2018年成立，是一家處于迅速發展期的創新型高科技公司，獲得國內知名投資機構火山石資本, 巢生資本，和玉資本、博裕資本、翰森資本和字節跳動等的數億元級的風險投資，是我國目前率先實現超高通量新一代DNA合成技術、裝置開發并開展商業化生產的企業，能夠為合成生物學、生物醫藥、分子診斷等新興產業提供上游原料、分析工具和技術支持。迪贏生物通過顛覆式創新，成功開發了自主知識產權的3D噴墨打印超高通量原位核酸合成平臺，實現了國內該領域從零到壹突破，其核酸類產品的通量、正確率和長度等技術指標均達到全球領先水平，已經獲得了眾多分子診斷、抗體藥物篩選、新型生物制造、核酸藥物開發、基因組從頭拼接、DNA存儲、空間單細胞分子組學研究領域客戶和合作伙伴的青睞與認可。
關于菁良
菁良科技（深圳）有限公司是全球領先的提供體外檢測標準品的研發創新型高科技企業。
體外檢測需要標準品！隨著經濟的快速發展，科技細分領域的不斷拓展，國民生活水平的不斷提高，檢驗檢測市場需求也隨之快速上升，體外檢測進入高速發展階段。然而配套的質量控制和規范化意識卻相對滯后，很大一部分體外檢測方法仍然存在效率低下且檢測準確率有限的情況。菁良通過自主研發的高科技平臺，向體外檢測行業用戶及合作伙伴提供全球領先的標準物質、第三方質控產品和研發參考品服務，助力提高行業檢測準確率！
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