消化系統腫瘤是發病率和致死率均較高的一類實體腫瘤。隨著精準醫療在消化系統腫瘤領域的不斷深入，以及相關分子標志物研究的不斷積累，臨床對于消化系統腫瘤的基因檢測和應用提出了更高的要求。二代測序（next-generationsequencing，NGS）技術大大提高了檢測通量，降低了單個樣本單個位點的測序成本，在消化系統腫瘤中的應用越來越廣泛。然而，NGS檢測提供了大量的腫瘤基因組信息，如何在異常復雜的消化系統腫瘤中正確應用是巨大的挑戰。
為提高消化系統腫瘤中NGS技術臨床應用的規范性，中國抗癌協會腫瘤精準治療專業委員會結合國內外研究成果，形成了《二代測序技術在消化系統腫瘤臨床應用的中國專家共識》。經專家組討論并形成22條專家共識，旨在為我國消化系統腫瘤臨床診療規范使用NGS技術提供指導。
共識意見1：
MSI是包括消化系統腫瘤在內的泛瘤種常規檢測標志物，NGS技術可以同時檢測MMR基因變異、MSI狀態和相關耐藥機制，因而是優勢更明顯的檢測方法(推薦等級:I級推薦)。
共識意見2：
TMB是包括消化系統腫瘤在內的泛瘤種常規檢測標志物,需采用NGS檢測(推薦等級:Ⅱ級推薦)。
共識意見3：
NTRK融合需作為消化系統腫瘤常規檢測標志物(推薦等級：I級推薦)。NTRK融合發生率低，且NTRK抑制劑存在NTRK自身變異及旁路激活等耐藥機制，基于DNA和RNA的NGS檢測是臨床常規篩查NTRK融合最可行的方法(推薦等級: Ⅱ級推薦)。
共識意見4：
胃癌患者需檢測HER-2擴增或表達（推薦等級：Ⅰ級推薦），HER-2擴增或表達是結直腸癌、膽道腫瘤、胰腺癌潛在的治療靶點（推薦等級：Ⅱ級推薦）。HER-2擴增或激活突變與結直腸癌抗EGFR治療耐藥相關（推薦等級：III級推薦）。推薦消化系統腫瘤常規檢測HER-2，NGS可以作為HER-2擴增的臨床常規檢測手段（推薦等級：Ⅱ級推薦）。在組織樣本不可及的情況下，NGS也可以作為外周血ctDNA中HER-2擴增的檢測手段（推薦等級：Ⅲ級推薦）。
共識意見5：
結直腸癌患者應常規檢測KRAS、NRAS基因變異（推薦等級：Ⅰ級推薦）。RAS變異屬于KIT和PDGFRA野生型胃腸道間質瘤的潛在耐藥生物標志物。KRAS G12C突變是結直腸癌、胰腺癌臨床治療的生物標志物。推薦消化系統腫瘤常規檢測RAS突變，NGS可以作為RAS突變的臨床常規檢測手段（推薦等級：Ⅱ級推薦）。
共識意見6：
結直腸癌患者應常規檢測BRAF基因變異（推薦等級：Ⅰ級推薦）。BRAF變異屬于KIT 和PDGFRA野生型胃腸道間質瘤的潛在耐藥生物標志物。BRAF突變是膽道腫瘤、胰腺癌臨床治療潛在的生物標志物。推薦消化系統腫瘤常規檢測BRAF突變，NGS可以作為BRAF突變的臨床常規檢測手段（推薦等級：Ⅱ級推薦）。
共識意見7：
FGER2融合是膽道腫瘤臨床治療的生物標志物（推薦等級：Ⅰ級推薦）。FGER2擴增是胃癌潛在治療靶點。推薦消化系統腫瘤常規檢測FGER2變異，NGS可以作為FGER2變異的臨床常規檢測手段（推薦等級：Ⅱ級推薦）。
共識意見8：
IDH1突變是膽道腫瘤臨床治療的生物標志物，NGS可以作為IDH1變異的臨床常規檢測手段（推薦等級：Ⅱ級推薦）。
共識意見9：
KIT突變、PDGFRA突變是胃腸道間質瘤的常規檢測標志物，NF1、SDHx、BRAF、RAS、PIK3CA、FGFR1等變異屬于KIT和PDGFRA野生型胃腸道間質瘤的潛在耐藥生物標志物，一代測序檢測KIT和PDGFRA突變的敏感度不足，推薦NGS作為胃腸道間質瘤臨床常規檢測手段（推薦等級：Ⅱ級推薦）。
共識意見10：
MET擴增是胃癌潛在治療靶點（推薦等級：Ⅱ級推薦）。MET擴增是胃癌預后不良的生物標志物（推薦等級：Ⅲ級推薦）。
共識意見11：
EGFR擴增或胞外結構域突變與結直腸癌抗EGFR治療耐藥相關（推薦等級：Ⅲ級推薦）。EGFR擴增是胃癌、食管鱗癌潛在治療靶點（推薦等級：Ⅲ級推薦）。
共識意見12：
NRG1融合、ALK融合、ROS1融合、RET融合是胰腺癌臨床治療的潛在生物標志物（推薦等級：Ⅲ級推薦）。基于DNA和RNA的NGS同步檢測可提高融合變異的檢測效率和準確性（推薦等級：Ⅲ級推薦）。
共識意見13：
EBV陽性是胃癌免疫治療潛在的療效預測標志物（推薦等級：Ⅲ級推薦）。
共識意見14：
消化系統腫瘤需要關注免疫治療負向標志物（推薦等級：Ⅲ級推薦）。
共識意見15：
BRCA1/2突變是胰腺癌臨床治療的生物標志物，是膽道腫瘤臨床治療潛在的生物標志物（推薦等級：Ⅱ級推薦）。結直腸癌患者應常規檢測POLE、POLD1等基因變異（推薦等級：Ⅱ級推薦）。
共識意見16：
PI3K-mTOR信號通路與結直腸癌抗EGFR治療耐藥相關（ 推薦等級：Ⅲ級推薦）。PIK3CA變異是胃癌潛在治療靶點（推薦等級：Ⅱ 級推薦）。PI3K-mTOR信號通路基因變異與胃癌的酪氨酸激酶抑制劑耐藥相關（推薦等級：Ⅲ級推薦）。
共識意見17：
在腫瘤組織不可及或檢測失敗的情況下，可以采用經過嚴格的技術和臨床驗證的液體活檢NGS產品作為補充（推薦等級：Ⅱ級推薦）。
共識意見18：
早期結直腸癌可以通過術后液體活檢NGS產品來幫助判斷預后以及輔助治療決策（推薦等級：Ⅱ級推薦）。
共識意見19：
晚期腫瘤患者接受系統性治療期間， 可通過液體活檢NGS動態監測來判斷臨床治療應答以及輔助臨床治療決策（推薦等級：Ⅲ級推薦）。晚期結直腸癌患者可依靠NGS液體活檢進行全程管理（推薦等級：Ⅲ級推薦）。
共識意見20：
推薦發病年齡較輕或有家族史的結直腸癌、胰腺癌、胃癌、胃腸道間質瘤患者進行胚系檢測并接受遺傳咨詢（推薦等級：Ⅰ級推薦）。NGS是進行遺傳篩查、確定胚系變異的有效手段（推薦等級：Ⅱ級推薦）。
共識意見21：
NGS檢測實驗室應獲得國內外權威認證，其開展的檢測項目應進行性能驗證及臨床評價，并參加國內外權威機構發起的室間質評（推薦等級：Ⅱ級推薦）。
共識意見22：
NGS檢測報告應呈現基于AMP、ASCO、CAP、ACMG等分級系統的變異等級、基于循證醫學證據等級的藥物推薦以及質控信息（推薦等級：Ⅱ級推薦）。
第四章
二代測序檢測技術要求中明確從事NGS檢測的實驗室需要經過嚴格的質量體系認證，滿足國家和當地的質量體系要求，包括中國合格評定國家認可委員會 (China National Accreditation Service for Conformity Assessment, CNAS) 和美國實驗室認可協會的ISO15189認可資質等。國外權威機構的資質認證，如美國臨床檢驗改進修正計劃、美國病理學會 (College of American Pathologists，CAP)，也可作為實驗室檢測能力和質量體系達到國際認可的標準。
實驗室日常進行NGS檢測應進行室內質量控制，從樣本接收到出具檢測報告的整個流程需要建立完善的質控體系并形成標準操作規程。NGS檢測包括多個質控環節，每個環節均有可能影響檢測結果的準確性，包括樣本質控、核酸提取質量、文庫構建和數據質控等，質控結果需要體現在檢測報告中。除了實驗室的室內質量控制以外，NGS臨床檢測實驗室還應該參加國內（國家衛生健康委臨床檢測中心和各省市臨床檢測中心）和國際（CAP和歐洲分子基因診斷質量聯盟）的室間質評等。
為了保證NGS檢測作為輔助診斷的準確性和可重復性，產品上市前必須經過嚴謹的性能驗證。在性能驗證之前，需要建立完整的驗證計劃，確定陽性判斷值、敏感度、特異度、檢測下限、精密度和可報告范圍等性能指標。
產品性能驗證需要納入的樣本包括標準DNA 或RNA樣本、標準細胞系和臨床樣本等。DNA、 RNA標準品和標準細胞系可以用來評估不同變異類型的檢測準確性和可重復性，以及每種變異類型的檢測下限。
菁良技術優勢
產品形式豐富菁良可提供gDNA、ctDNA、FFPE (DNA/RNA)、假病毒 (溶液/凍干珠)、細胞溶液、RNA干粉等不同形式的產品。
自有細胞庫累積近千細胞系資源: 涵蓋腫瘤、生殖、遺傳等多個方向。
多項創新產品自主創新研發的NIPT、HRD、TMB、COVID-19凍干珠質控品等；以及包含數百種突變位點，監控范圍超廣的泛腫瘤 800 gDNA標準品等。
定制化產品和服務根據用戶需求進行個性化定制：可定制多種產品形式；可定制突變位點組合及突變頻率。
全面的質控體系400+實驗生產SOP，ISO13485質量體系保障；數字PCR質檢及NGS多平臺協同檢測定標。
分子質控品——覆蓋多種疾病類型
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