轉載自：生物通
最近，美國密西西比州立大學的研究人員分析了番薯葉片和根部的蛋白質組，并結合蛋白質組的數據，對番薯基因組進行了更深入的探索。這項成果發表在美國化學學會（ACS）旗下的《Journal of Proteome Research》雜志上。
番薯（Ipomoea batatas，又名紅薯、地瓜……）是很多地區的主食。它也常用作動物飼料和工業產品，比如生物燃料。番薯雖然有著樸實無華的外表，但它的基因組出奇復雜，編碼的基因數比人類基因組還多。此外，它也有著復雜的化學成分。
番薯塊根（也是我們平時吃的部分）中的蛋白質含量很低，且葉片含有許多次級代謝產物。這使得人們很難提取出足夠的蛋白質進行分析。于是，密西西比州立大學的Sorina Popescu和George Popescu及其同事想了解一下蛋白質基因組學方法是否能夠幫助他們更好地了解番薯根部和葉片的成分。蛋白質基因組學（proteogenomics）是最近興起的一個研究方向，它利用蛋白質組學數據進行基因組注釋。
研究人員利用兩種不同的方法從根部和葉片樣本中提取蛋白質，然后將其切割成多肽。他們隨后利用液相色譜和質譜方法來分析樣本，從葉片中鑒定出3,143種蛋白質，并從根部中鑒定出2,928種蛋白質。初級代謝和蛋白質翻譯過程主要集中在葉片，而與蛋白質折疊、運輸和分選相關的遺傳通路以及碳水化合物代謝的通路主要集中在根部。
之后，他們將番薯的蛋白質組學數據與基因組數據進行比較。他們發現，蛋白質組學數據能夠幫助他們深入了解某些基因組區域。例如，分析預測出741個新的蛋白編碼基因，而過去不認為這些區域是基因，并改進了2056個基因座的基因注釋。
研究人員表示，蛋白質基因組學分析結果為新的開放閱讀框（ORF）、外顯子延伸和內含子ORF序列的翻譯提供了證據。
原文檢索 Proteomics and Proteogenomics Analysis of Sweetpotato (Ipomoea batatas) Leaf and Root