感染性疾病一直備受臨床關(guān)注,新型冠狀病毒肺炎全球大流行,更讓病原的精準(zhǔn)快速檢測(cè)成為關(guān)注的熱點(diǎn)。
目前，因缺乏規(guī)范、檢測(cè)質(zhì)量良莠不齊、臨床對(duì)NGS應(yīng)用的適應(yīng)證認(rèn)識(shí)不足等多方原因，導(dǎo)致NGS技術(shù)在臨床應(yīng)用和普及受到了限制。該共識(shí)的推出也是為了促進(jìn)該技術(shù)規(guī)范和發(fā)展，為臨床抗感染診治能力提升提供幫助。
此次菁良從中選取了部分共識(shí)要點(diǎn)以作分享，并給大家?guī)砦覀兊尼槍?duì)性解決方案。
mNGS技術(shù)應(yīng)用于感染性疾病的適應(yīng)證
目前因?yàn)樯袩o任何國家官方機(jī)構(gòu)正式批準(zhǔn)的適應(yīng)證或推薦領(lǐng)域，所以所有mNGS結(jié)果原則上都需要其他方法驗(yàn)證。從臨床角度，mNGS結(jié)果不能單獨(dú)作為病原學(xué)確診或排除的證據(jù)。
（一）臨床適應(yīng)證
- 共識(shí)2：患者表現(xiàn)為發(fā)熱或發(fā)熱癥候群，病因未明確（符合不明原因發(fā)熱定義），考慮感染或不除外感染，但規(guī)范性經(jīng)驗(yàn)抗感染治療無效，考慮應(yīng)用常規(guī)技術(shù)檢測(cè)的同時(shí)，或在其基礎(chǔ)上，開展mNGS。
- 共識(shí)3：各種原因?qū)е禄颊呒蔽Ｖ匕Y表現(xiàn)，不除外感染所致，或考慮繼發(fā)或并發(fā)危及生命的嚴(yán)重感染，建議常規(guī)檢測(cè)的同時(shí)，或在常規(guī)檢測(cè)基礎(chǔ)上，開展mNGS。
- 共識(shí)4：免疫受損患者疑似繼發(fā)感染，常規(guī)病原學(xué)檢查未能明確致病原或/和規(guī)范性經(jīng)驗(yàn)抗感染治療無效，建議進(jìn)一步完善常規(guī)病原學(xué)檢測(cè)的同時(shí)，或在其基礎(chǔ)上，開展mNGS。
其他對(duì)于疑似局部感染、高度疑似感染性疾病、難以鑒別的慢性感染等，在考慮常規(guī)檢測(cè)的同時(shí)，或可在其基礎(chǔ)上，開展mNGS。
（二）微生物學(xué)適應(yīng)證
- 針對(duì)微生物，考慮出現(xiàn)疑似新發(fā)病原體，或某特殊病原體［29, 30, 31, 32］，缺乏傳統(tǒng)技術(shù)或傳統(tǒng)技術(shù)手段不能確定種屬時(shí)
- 對(duì)于臨床高度懷疑微生物所致的感染性疾病，多種傳統(tǒng)技術(shù)反復(fù)檢測(cè)不能明確致病微生物的情況
- 懷疑同時(shí)存在其他病原感染時(shí)
- 臨床表現(xiàn)提示已明確或高度懷疑的病原體可能具有特殊的毒力表型，需要了解其毒力因子的相關(guān)信息時(shí)
以上多種情況，建議常規(guī)檢測(cè)的同時(shí)，開展mNGS，并繼續(xù)完善更多檢測(cè)技術(shù)。
（三）流行病學(xué)和感染控制學(xué)適應(yīng)證
- 共識(shí)16：出現(xiàn)某種疾病的聚集性發(fā)病或暴發(fā)，懷疑是微生物導(dǎo)致的感染性疾病但病原不明，且常規(guī)快速檢測(cè)無結(jié)果時(shí)，建議完善常規(guī)檢測(cè)的同時(shí)或在其基礎(chǔ)上開展mNGS明確致病微生物。
感染性疾病的暴發(fā)是臨床和疾控工作的焦點(diǎn)。2019年底，我國學(xué)者就是借助mNGS技術(shù)，僅僅數(shù)天時(shí)間就確認(rèn)新冠肺炎是由一種新的冠狀病毒引起的呼吸道傳染性疾病。
mNGS的基本流程和管理要求
臨床微生物實(shí)驗(yàn)室mNGS的基本流程包括標(biāo)本采集、運(yùn)送、核酸提取和富集、建庫測(cè)序和生物信息分析來鑒定感染的病原體。
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標(biāo)本采集 mNGS標(biāo)本的運(yùn)送須防污染、防震蕩、冷鏈快速運(yùn)送；標(biāo)本如不能及時(shí)檢測(cè)，應(yīng)保存于低于-70 ℃冰箱或液氮（血液標(biāo)本應(yīng)分離血漿后保存） 整個(gè)提取過程必須有防污染措施，包括陰性對(duì)照和陽性對(duì)照等。 測(cè)序原始數(shù)據(jù)應(yīng)進(jìn)行質(zhì)控，并且過濾掉低復(fù)雜度、低質(zhì)量的序列，確保測(cè)序原始數(shù)據(jù)的質(zhì)量。 ?????
共識(shí)18：
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DNA/RNA提取
DNA/RNA提取方法是導(dǎo)致mNGS結(jié)果差異的一個(gè)重要因素。
共識(shí)19：
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建庫和測(cè)序
大部分mNGS建庫過程需要進(jìn)行擴(kuò)增。不同物種的克隆擴(kuò)增效率不同，這會(huì)導(dǎo)致背景污染的物種讀長數(shù)變得很高，mNGS結(jié)果判斷更加困難。
共識(shí)20：
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生物信息學(xué)分析
生物信息學(xué)分析流程必須經(jīng)過性能確認(rèn)和驗(yàn)證，包括將對(duì)照和患者數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析和比較，并通過常規(guī)臨床測(cè)試來確定最終結(jié)果的準(zhǔn)確性，目前尚缺乏標(biāo)準(zhǔn)。
mNGS應(yīng)用于感染性疾病病原診斷的質(zhì)量管理保證
mNGS檢測(cè)的質(zhì)量控制對(duì)于確保性能準(zhǔn)確至關(guān)重要。由于mNGS是復(fù)雜的多步驟測(cè)試，因此需要多個(gè)質(zhì)量控制指標(biāo)，包括樣品對(duì)照、外部對(duì)照、內(nèi)部對(duì)照、文庫質(zhì)量指標(biāo)、測(cè)序質(zhì)量指標(biāo)和污染對(duì)照。
mNGS應(yīng)用于感染性疾病病原診斷的性能驗(yàn)證和標(biāo)準(zhǔn)化
mNGS檢測(cè)微生物的性能、有效性和臨床意義是亟待解決的問題。
菁良解決方案
mNGS檢測(cè)的設(shè)計(jì)、分析性能和報(bào)告間的差異使得驗(yàn)證、質(zhì)量控制和能力測(cè)試標(biāo)準(zhǔn)化成為一項(xiàng)艱巨的挑戰(zhàn)。
菁良基因定制宏基因組測(cè)序質(zhì)控品，可包含一種或多種細(xì)菌真菌類微生物，并有菌液，核酸溶液等多種產(chǎn)品形式可選。
用戶可根據(jù)檢測(cè)需求，定制包含不同種類微生物，不同產(chǎn)品形式，不同規(guī)格等的質(zhì)控品。
■定制內(nèi)容
■產(chǎn)品特點(diǎn)
■產(chǎn)品應(yīng)用
在未來，菁良基因期待通過進(jìn)一步規(guī)范該項(xiàng)技術(shù)在臨床的應(yīng)用及質(zhì)量控制，探索mNGS在耐藥基因檢測(cè)、宿主免疫監(jiān)測(cè)、病原體定量等領(lǐng)域中的落地前景，推動(dòng)傳感染病精準(zhǔn)診療的發(fā)展！
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