從BRCA到HRD,提升檢測質量需以規范引領實踐-產品資訊-資訊-生物在線

從BRCA到HRD,提升檢測質量需以規范引領實踐

作者:菁良科技(深圳)有限公司 2021-05-14T09:51 (訪問量:7939)

在新診斷的卵巢癌中,BRCA和HRD檢測被推薦用于指導卵巢癌一線維持治療方案的選擇。卵巢癌一線維持治療是指對完成初始化療達到臨床CR或PR的患者給予后續治療,旨在推遲復發,改善生存預后。

PARP抑制劑因其臨床療效顯著,已成為卵巢癌患者一線維持治療的最佳選擇,BRCA基因突變或HRD狀態是目前常用的PARP抑制劑應用生物標志物。

BRAC基因的檢測
BRCA檢測目前已經非常成熟,但仍需要注意NGS檢測BRCA必須能檢測大片段缺失才不容易漏檢。

  • BRAC1/2基因序列較長
  • 已報道的位點數千個,無熱點突變
  • 變異類型多樣,包括錯義、移碼、無義及大片段重排等
  • 檢測范圍:全編碼區、內含子-外顯子連接區、UTR區


HRD檢測
目前評價HRD的方法主要包括檢測BRCAm或HRRm來確定HRD的原因和通過HRD genomic scar檢測細胞基因組表征兩種方法。


國際報道的卵巢癌PARP抑制劑治療的相關研究主要選擇使用HRD Genomic Scar法鑒定HRD?;驹硎腔贖RD將以一種特定且可識別的方式標記(或損傷)基因組,造成基因組的不穩定性。

檢測方法是通過NGS測序,分析腫瘤細胞內的單核苷酸多態性(SNP)位點,從而計算基因組不穩定狀態的評分,這些指標包括:雜合性缺失(LOH)、端粒等位基因不平衡(TAI)和大片段遷移(LST)。

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圖片來源:歐陽能太,從BRCA到HRD的檢測,PPT


HRD檢測規范:

  • FDA批準作為補充診斷(卡值16):FoundationFocus CDx BRCA LOH Assay
  • FDA批準作為伴隨診斷(卡值42):Myriad Genetics myChoice HRD Assay

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?????圖片來源:歐陽能太,從BRCA到HRD的檢測,PPT


盡管HRD檢測已明確確定對于卵巢癌和前列腺癌患者可從PARP抑制中獲得顯著益處,但目前的檢測仍然漏掉了許多潛在的應答者,HRD做為預測性生物標志物的有效性尚需要進一步的探索研究。

菁良解決方案
現國內HRD檢測剛剛起步,還需臨床和實驗室緊密合作,許多評估PARP抑制劑作為單一療法和與其他藥物聯合治療HRD陽性患者的臨床試驗正在進行中,一些基于樣本為血液的HRD檢測也正在探索中。

菁良基因可提供穩定分值的HRD標準品,并配套提供WGS數據以及對應的生信算法,可為不同企業提供標準參考。

菁良HRD標準品特點


細胞系與臨床樣本的HRD分值分布情況

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  • 標準品來源腫瘤細胞系,高度模擬臨床樣本
  • HRD 參考值(LOH+TAI+LST)范圍覆蓋 20~100 分
  • 配對細胞系,適配主流IVD廠商的分析流程,可用于HRD panel的檢測限評估
  • 采用30X WGS數據評估標準品HRD參考值,可用于HRD panel的準確性評估


產品信息

  • 12對配對細胞系標準品,客戶可根據 HRD參考值自由組合
  • 產品形式:gDNA
  • 產品規格:定制
  • 質控方法:采用 30X WGS 數據評估標準HRD參考值


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