腫瘤檢測標準品如何監控并驗證檢測流程的穩定性-產品資訊-資訊-生物在線

腫瘤檢測標準品如何監控并驗證檢測流程的穩定性

作者:菁良科技(深圳)有限公司 2019-03-08T09:26 (訪問量:11010)

  • 菁良聯合業內知名IVD檢測公司A進行測試
  • 測試結果展示標準品如何監控并驗證檢測流程的穩定性
  • 產品設計中的低頻位點同時監控檢測公司檢測限的檢測能力

著自有實驗室生產能力的完善,菁良基因陸續推出一系列的腫瘤檢測標準品。今天菁良聯合業內知名IVD公司就如何使用標準品監控并驗證檢測流程的穩定性做出示例。

菁良基因隨機挑選了某一批次的一個腫瘤gDNA標準(詳見下表)給業內知名IVD公司A,公司A建庫之后在illumina Novaseq平臺上進行測序,之后進行數據分析,數據位點平均覆蓋深度為3952X,同時使用了菁良基因陰性(標準品)樣本作為對照,以排除背景噪聲和實驗誤差的影響。

根據公司A提供的數據分析結果,得到10個位點的檢測AF,我們隨機挑選了幾個位點做AF分布的箱線圖,分析數據的離散程度。如下圖。


箱線圖中的箱體越長,表示數據越分散;如果有數據分布在上下限之外,則表示這幾個點數據異常;如果中位線比較靠近上下限,則表示數據具有偏態性。

從結果圖可以看出,三個點的箱體較短,表明這幾個點的AF測量值較為集中,測試流程較穩定;并且并沒有數據分布在上下限之外,表明沒有測量到異常值,所有數據都可以使用,不需要剔除異常值,有效利用數據多;并且三個點的中位線都處在或者靠近中間位置,表明數據分布較均勻。其中PIK3CA H1047R這個點在偏態性方面表現最好,數據均勻分布在中線左右;從這幾個方面都可以看出,公司A的檢測流程穩定性較高。

我們還考慮了數據在低頻位點的表現性,目前市面上很多腫瘤基因檢測產品的檢測限是1%,因此,低于百分之一的ctDNA AF檢測準確率是很多客戶關注的點。我們在EGFR T790M這個點的設計值是0.5%,從結果圖最左側的AF分布圖,我們也可以看出這個點的檢測值也是分布集中,無異常點,表明公司A的檢測流程檢測限低于0.5%,并且檢測準確度較高,穩定性好。



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