臨床液體活檢存在的問題及解決方案-技術前沿-資訊-生物在線

臨床液體活檢存在的問題及解決方案

作者:菁良科技(深圳)有限公司 2020-07-09T13:52 (訪問量:9920)

隨著靶向藥物和免疫治療在腫瘤治療領域上的大放異彩,液體活檢也逐漸走入了人們的視野, 引起人們的廣泛關注。作為一種新興的癌癥檢測技術,與傳統的組織檢測相比,液體活檢具有無創性、敏感性和動態性等眾多特點。行業的發展正推動著液體活檢成為腫瘤基因分型的臨床DNA樣本收集的首/選方法。在腫瘤診斷以及治療期間的常規監測過程中,用以檢測突變的出現以便于隨時調整治療方案。另外,液體活檢可用于在疾病癥狀出現前對普通人群進行癌癥篩查,以促進早期診斷并得到更好的治療效果。



ctDNA液體活檢在患者診斷中的挑戰

與任何新的測序技術一樣,常見的技術障礙包括:

樣品處理問題
液體活檢工作流程包括樣品處理的步驟。例如,臨床實驗室幾十年來,一直對如何處理實體的FFPE蠟塊更熟悉,現在卻面臨著如何處理保質期更短的血液樣本的問題,這需要多個提取步驟,比如從全血提取血漿,從血漿提取ctDNA。所有這些提取步驟都需要進行適當的驗證,以確保它們不會在最終結果中引入錯誤。

結果可靠性
與以前的基于FFPE的測序相比,液體活檢需要更靈敏的檢測限。因此,這項技術需要經過嚴格的測試,以確保它能夠準確地識別0.1-5%的等位基因突變頻率范圍內的變異,而不會出現誤報。

樣品的多樣性
人血漿在不同批次間,顯示出高的多變性,這使得控制和實施一致性變得困難。此外,由于臨床采血和即時血液儲存過程的不一致,也會導致高樣本變異。


液體活檢的兩大挑戰

檢測限(LOD)和假陽性錯誤率
使用ctDNA做早期癌癥篩查的一個關鍵挑戰是,患者血液中ctDNA的含量極低。這意味著實驗室測序的時候,等位基因突變頻率比以前要低得多。

那我們怎樣才能對我們的檢測下限有信心,并確保我們沒有在結果中看到假陽性?使用具有明確的等位基因梯度頻率范圍的參考標準可以幫助確定檢測的真實極限,并降低誤報的風險。

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?這個不同濃度梯度標準品測試結果表明:

? 該檢測實驗室ctDNA試驗的可靠的檢測限是1%AF

? 該檢測實驗室NRAS Q61K檢測結果呈現假陽性

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在檢測病人樣本之前,使用標準品可以確定您的檢測限,也可以優化檢測流程,您可以重新校準和修改您的工作流程,以避免出現任何誤差。這讓您在處理真實的病人樣本時對結果更有信心。


控制操作流程

細胞系來源的參考標準品與真實的患者樣本非常相似,并且具有ddPCR這樣的金標準所驗證的臨床相關突變頻率,這種標準品/質控品可以使不同的液體活檢方法得到適當的驗證。

用戶可以:
? 檢查工作流程,在具有明確的等位基因頻率以及不會出現假陽性的質控品的幫助下,可以準確地檢測所有突變
? 驗證和控制DNA提取過程中引入的錯誤
? 確保液體活檢測序分析的設計在沒有擴增子脫落的情況下有效運行(液體活檢分析需要比新鮮組織或FFPE分析更小的DN**段進行測序)


菁良解決方案

菁良基因開發了一系列細胞系來源的ctDNA參考標準品,最/大程/度模擬患者樣本,可以幫助開發、優化、監測和控制檢測的準確性。

這些標準品包含一系列關鍵癌癥基因中常用突變位點,產品平均片段分布在160bp左右,能最大/程/度接近真實血漿ctDNA/片段分布。
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?明星產品-肺癌ctDNA標準品套裝

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?產品特點:
? 樣本來源于人類細胞系
? 變異位點頻率經過數字PCR平臺驗證
? 套裝包含三管產品,對應三個AF梯度:0,0.1%,1%
? 涵蓋8個非小細胞肺癌熱門基因突變位點
? 標準品平均片段長度為160bp,最/大/程/度模擬循環腫瘤DNA/片段分布

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