從福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）組織中分離基因組DNA是分子診斷分析的關鍵步驟。必須從FFPE組織中回收最大量的DNA，且其質量足以進行必要的分子診斷分析（如qPCR、sanger測序、NGS測序等）。

為了研究哪種DNA提取試劑盒能夠從較低細胞數量的樣本中回收較多的DNA產量和較高的濃度，研究者用同一個FFPE蠟塊上連續切片的蠟片為樣本，并使用五種不同試劑盒從FFPE蠟片中提取DNA：
Promega Maxwell? 16 FFPE Tissue LEV DNA Purification Kit
Promega MagneSil? Genomic, Fixed Tissue System Kit
Promega ReliaPrep? FFPE gDNA Miniprep System
Qiagen DNeasy Blood & Tissue Kit
Roche Cobas? Sample Preparation Kit

細胞系來源均一的FFPE樣本

培養的KRAS（G12D/+）SW48細胞，使用福爾馬林固定、進行石蠟包埋并制成蠟塊。從FFPE蠟塊上切下10μm的切片，每個蠟片約含有100000個細胞。每種DNA提取試劑盒分別提?。秱€蠟片。關于蠟片均一度，詳見FFPE生產工藝質檢標準及結果。

所有提取均按照試劑盒的說明書進行。根據試劑盒的說明，使用Promega QuantiFloor?DS檢測DNA回收率。


不同提取試劑盒的DNA產量分析

圖1顯示了使用Maxwell?、Magnesil?、ReliaPrep?、DneEasy和Cobas?試劑盒各提取六個FFPE蠟片回收的DNA平均量。使用自動化的Promega Maxwell?平臺回收的DNA質量最多。


圖一.五種DNA提取方法各提?。镀?span lang="EN-US" style="margin:0px">FFPE蠟片，獲得的平均DNA產量（誤差線表示標準偏差）。

不同提取試劑盒的回收的DNA濃度比較

圖2顯示了分別使用Maxwell?、Magnesil?、ReliaPrep?、DneEasy或Cobas?試劑盒各提取六個FFPE蠟片回收的平均DNA濃度。手動Promega Magnesil?平臺回收的DNA濃度最高。


圖2.使用五種不同的DNA提取方法，各提取六個FFPE蠟片，提取的平均DNA濃度。誤差線表示標準偏差。

不同提取試劑盒的工作時間比較

盡管這五種不同的試劑盒分別處理六個樣品的操作時間（2-3小時）非常相似（不包括DNeasy方法進行蛋白酶k過夜的步驟），但自動化的Maxwell?平臺進行更大的樣品數量處理時明顯優于手動方法。圖3顯示了使用五種方法分別處理32個FFPE樣本所需的理論時間和實際操作時間。Maxwell?方法的理論時間和實際操作時間明顯短于手動方法。



圖3.使用五種不同的DNA提取方法分別處理32份FFPE樣本的理論時間（左）和實際操作時間（右）。

結論
菁良的參考標準品為這些比較研究提供了理想材料。菁良的FFPE標準品在生產過程確保每個部分均包含相同的細胞數，因此可回收相似的DNA量（詳見FFPE生產工藝質檢標準及結果）。

使用定制的低細胞數量的FFPE蠟塊進行比較研究，我們發現Promega Maxwell? 16 FFPE Tissue LEV DNA Purification Kit，是從FFPE樣品中提取基因組DNA的首選方法。這種方法可以回收最高產量和最高純度的樣品DNA。額外節省的時間對于我們FFPE標準品目錄產品和本研究中使用的定制標準品的質量控制至關重要。

Maxwell?平臺的另一個優勢是降低了污染風險，這對于我們生產的質量控制至關重要。作為FFPE標準品的補充，我們還提供提取好的基因組DNA參考標準。交叉污染的風險必須控制并降低到絕對最小，我們評估的最佳的提取方法是Promega Maxwell?平臺配套的Promega Maxwell? 16 FFPE Tissue LEV DNA Purification Kit進行FFPE樣本提取。