· 菁良即將推出0.1% ctDNA標(biāo)準(zhǔn)品
· 聯(lián)合業(yè)內(nèi)知名IVD檢測公司測試0.5% ctDNA標(biāo)準(zhǔn)品
· 測試結(jié)果展示標(biāo)準(zhǔn)品如何監(jiān)控并驗證檢測流程的穩(wěn)定性
· 低頻位點設(shè)計可以監(jiān)控檢測公司檢測能力和檢測限
隨著自有實驗室生產(chǎn)能力的完善，菁良基因陸續(xù)推出了一系列的腫瘤檢測標(biāo)準(zhǔn)品。應(yīng)廣大客戶的要求，菁良即將推出0.1% ctDNA標(biāo)準(zhǔn)品。在正式推出低突變頻率ctDNA標(biāo)準(zhǔn)品前，菁良聯(lián)合業(yè)內(nèi)知名IVD公司N就提前生產(chǎn)的0.5% ctDNA標(biāo)準(zhǔn)品樣品進(jìn)行了測試。
0.5% ctDNA標(biāo)準(zhǔn)品樣品信息
知名IVD 公司N檢測方法
測試原材料：
產(chǎn)品形式：ctDNA
濃度：20ng/μl
實驗方案：取三次陽性參考品進(jìn)行目標(biāo)區(qū)域測序，并且配以相應(yīng)的陰性參考品作為對照。
建庫起始量：30ng/次
建庫方法：KAPA Hyper Prep kit
捕獲方法：IDT xGen? Probes Panel
測序平臺：illumina NovaSeq 6000
測序策略：PE150
結(jié)果分析
檢測準(zhǔn)確性
將三次陽性樣本變異檢測數(shù)據(jù)結(jié)果取平均值，并驗證檢測值是否在誤差范圍內(nèi)
由上圖可以看出：NRAS Q61K位點的檢測AF超過了上限，偏離了23.1%；并且三次測量中有兩次并未檢測到該點，唯一一次檢測到的值（如圖示）落在范圍之外；有可能是該點的特殊結(jié)構(gòu)導(dǎo)致了建庫偏差，從而影響了測序準(zhǔn)確性。其余7個位點皆分布在檢測上下限之內(nèi)。
檢測穩(wěn)定性
我們將每個位點對應(yīng)的三次檢測結(jié)果，進(jìn)行分析，做出AF分布箱線圖。
由上述兩位點AF分布箱線圖，我們可以看出所有三個批次的濃度和AF檢測值，皆分布在上下限范圍之內(nèi)，并沒有異常的數(shù)據(jù)出現(xiàn)，且分布穩(wěn)定，均勻。并且其他4個位點的AF分布箱線圖也和上述情況類似，表明該公司在大多數(shù)位點檢測流程穩(wěn)定。
從上述EGFR T790M AF箱線圖（左）可以看出，整體檢測結(jié)果偏下限，表明該點存在偏高的異常值；從NRAS Q61K （右）箱線圖可以看出，檢測值只有上限無下限，表示該點檢測流程極不穩(wěn)定，也不準(zhǔn)確。
結(jié)論
在上述測序條件下，該公司的NGS檢測流程的ctDNA突變頻率檢測下限可以達(dá)到千分之五，并且絕大多數(shù)位點檢測結(jié)果穩(wěn)定可靠。