· 菁良即將推出0.1% ctDNA標準品
· 聯合業內知名IVD檢測公司測試0.5% ctDNA標準品
· 測試結果展示標準品如何監控并驗證檢測流程的穩定性
· 低頻位點設計可以監控檢測公司檢測能力和檢測限
隨著自有實驗室生產能力的完善，菁良基因陸續推出了一系列的腫瘤檢測標準品。應廣大客戶的要求，菁良即將推出0.1% ctDNA標準品。在正式推出低突變頻率ctDNA標準品前，菁良聯合業內知名IVD公司N就提前生產的0.5% ctDNA標準品樣品進行了測試。
0.5% ctDNA標準品樣品信息
知名IVD 公司N檢測方法
測試原材料：
產品形式：ctDNA
濃度：20ng/μl
實驗方案：取三次陽性參考品進行目標區域測序，并且配以相應的陰性參考品作為對照。
建庫起始量：30ng/次
建庫方法：KAPA Hyper Prep kit
捕獲方法：IDT xGen? Probes Panel
測序平臺：illumina NovaSeq 6000
測序策略：PE150
結果分析
檢測準確性
將三次陽性樣本變異檢測數據結果取平均值，并驗證檢測值是否在誤差范圍內
由上圖可以看出：NRAS Q61K位點的檢測AF超過了上限，偏離了23.1%；并且三次測量中有兩次并未檢測到該點，唯一一次檢測到的值（如圖示）落在范圍之外；有可能是該點的特殊結構導致了建庫偏差，從而影響了測序準確性。其余7個位點皆分布在檢測上下限之內。
檢測穩定性
我們將每個位點對應的三次檢測結果，進行分析，做出AF分布箱線圖。
由上述兩位點AF分布箱線圖，我們可以看出所有三個批次的濃度和AF檢測值，皆分布在上下限范圍之內，并沒有異常的數據出現，且分布穩定，均勻。并且其他4個位點的AF分布箱線圖也和上述情況類似，表明該公司在大多數位點檢測流程穩定。
從上述EGFR T790M AF箱線圖（左）可以看出，整體檢測結果偏下限，表明該點存在偏高的異常值；從NRAS Q61K （右）箱線圖可以看出，檢測值只有上限無下限，表示該點檢測流程極不穩定，也不準確。
結論
在上述測序條件下，該公司的NGS檢測流程的ctDNA突變頻率檢測下限可以達到千分之五，并且絕大多數位點檢測結果穩定可靠。