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藏在新冠突變毒株親和力升高里的秘密

作者:北京百普賽斯生物科技股份有限公司 2020-04-27T16:10 (訪問量:8273)

SARS-CoV-2的棘突蛋白受體結(jié)合域(RBD)是病毒嗜性和感染性的關(guān)鍵因素[1,2]。最新研究分析了全球SARS-CoV-2毒株的基因組,發(fā)現(xiàn)32種RBD突變毒株。依據(jù)RBD突變位點(diǎn),以上突變毒株可以分為10種突變類型。其中在武漢,深圳,香港和法國(guó)流行的三種突變毒株的棘突蛋白受體結(jié)合域(RBD)顯示出增強(qiáng)的結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性和更高的受體親和力,表明這些突變病毒可能已增強(qiáng)了對(duì)人類的感染力[3]


SARS-CoV-2突變毒株分布及RBD突變分型


Fig.1 SARS-CoV-2病毒種類及分布,紅色為親和力增強(qiáng)型毒株;

黃色突變毒株親和力與原型毒株無(wú)明顯差異

由于RBD是結(jié)合人ACE2并啟動(dòng)細(xì)胞進(jìn)入的唯一結(jié)構(gòu)域,通常認(rèn)為RBD應(yīng)高度保守。但是多態(tài)性和差異性分析表明,與S蛋白的其他區(qū)域類似,RBD序列也呈現(xiàn)多樣性[3]

已公布基因組序列的1609個(gè)SARS-CoV-2毒株中,經(jīng)多態(tài)性分析發(fā)現(xiàn)有32個(gè)毒株在RBD中含有氨基酸突變。這些毒株來(lái)自多個(gè)地區(qū),包括中國(guó),英國(guó),芬蘭,法國(guó),比利時(shí),美國(guó)和印度。大多數(shù)突變體與最先發(fā)現(xiàn)的基因組(SARS-CoV-2 WuHan-Hu-1)相比,僅相差一個(gè)氨基酸。進(jìn)一步分析得出32個(gè)RBD突變型分為10種類型(Fig. 1)[3]


三種RBD突變類型與人ACE2受體結(jié)合力提高


利用分子動(dòng)力學(xué)模擬分析比較原型毒株SARS-CoV-2(SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1)RBD蛋白和突變型毒株的RBD蛋白與人ACE2的結(jié)合能力。分析結(jié)果顯示與原型毒株RBD蛋白相比,三個(gè)RBD突變蛋白(N354D&D364Y,V367F,W436R)的ΔG均為-200 kJ / mol,比原型毒株低約25%,與人ACE-2的親和力顯著提高[3]


RBD突變的結(jié)構(gòu)解析


RBD與ACE2的結(jié)合界面主要是無(wú)規(guī)卷曲構(gòu)象,因而缺乏結(jié)構(gòu)上的剛性。通過增加骨架的剛性可以維持相互作用表面的結(jié)合構(gòu)象,從而提高親和力。以殘基510-524為中心的β折疊結(jié)構(gòu)就起到了這種支架的作用,該區(qū)域附近的突變體N354D,D364Y,V367F和W436R在結(jié)構(gòu)上增加了剛性作用,同時(shí)這些突變位點(diǎn)導(dǎo)致結(jié)合位點(diǎn)區(qū)域的ΔG總體降低,增加了結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性,這些因素共同導(dǎo)致了突變體RBD與ACE2親和力的提高。

另外,ACE2表面附近帶大量負(fù)電荷,而突變體W436R提供了帶正電的氨基酸。這種潛在的靜電作用力可能有助于親和力的提高。

Fig. 2 RBD突變體的結(jié)構(gòu)分析及其結(jié)合親和力的影響:

突變氨基酸和片段510-524的空間位置

針對(duì)文章中提到RBD突變體與ACE2蛋白的親和力增強(qiáng)這一觀點(diǎn),ACROBiosystems用突變型和原型RBD與ACE2的結(jié)合活性做了ELISA、SPR、BLI三種技術(shù)的驗(yàn)證。


ELISA驗(yàn)證


ACROBiosystems SARS-CoV-2 RBD突變蛋白驗(yàn)證ELISA Binding Assay結(jié)果顯示,所有RBD突變蛋白與人ACE2受體蛋白結(jié)合活性均高于原型毒株RBD蛋白, RBD (V367F) EC50: 0.31nM > RBD (W436R) EC50: 0.89nM > RBD (N354D, D364Y) EC50: 0.97nM > 原型毒株RBD EC50: 1.47nM (Fig. 3)。

Fig. 3 Human ACE2與 SARS-CoV-2 RBD蛋白結(jié)合活性ELISA比較


BLI驗(yàn)證


BLI驗(yàn)證發(fā)現(xiàn),突變蛋白 RBD(V367F),RBD (W436R)和RBD (N354D, D364Y) 與ACE2的親和力均達(dá)到nM水平, KD值分別為5.5nM, 6.85nM和6.32nM,比原型毒株RBD與ACE2 受體蛋白親和力(24.4nM)高3倍以上(Fig. 4)。


Fig. 4 BLI技術(shù)驗(yàn)證Human ACE2與 SARS-CoV-2 RBD蛋白親和力



Bioactivity- SPR


與BLI檢測(cè)結(jié)果類似,SPR原型毒株RBD與人ACE2受體蛋白親和力為13.1nM,突變蛋白R(shí)BD(V367F),RBD (W436R) 和RBD (N354D, D364Y)的KD值分別為4.33nM、6.96nM和7.57nM(Fig. 5)。

Fig. 5 SPR技術(shù)驗(yàn)證Human ACE2與 SARS-CoV-2 RBD蛋白親和力

根據(jù)ELISA、SPR、BLI技術(shù)的結(jié)合活性驗(yàn)證發(fā)現(xiàn),突變型RBD(V367F)、RBD (W436R) 和RBD (N354D, D364Y)與ACE2的親和力均高于原型毒株,與文章中結(jié)構(gòu)分析結(jié)果一致。


>>>>RBD蛋白產(chǎn)品列表

貨號(hào)

種屬

產(chǎn)品描述

SPD-C82E9

SARS-CoV-2

Biotinylated SARS-CoV-2 (COVID-19) S protein RBD, His,Avitag? (MALS verified)

SPD-C5255

SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 (COVID-19) S protein RBD, Fc Tag (MALS verified)

SPD-C52H3

SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 (COVID-19) S protein RBD, His Tag (MALS verified)

SPD-C5259

SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 (COVID-19) S protein RBD, Mouse IgG2a Fc Tag

SPD-S52H4

SARS-CoV-2

SARS-CoV-2 (COVID-19) S protein RBD (V367F), His Tag

SPD-S52H5

SARS-CoV-2

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