代謝物與腫瘤:乳酸依靠表觀遺傳操控癌干細(xì)胞命運(yùn)和可塑性-技術(shù)前沿-資訊-生物在線

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代謝物與腫瘤:乳酸依靠表觀遺傳操控癌干細(xì)胞命運(yùn)和可塑性

作者:麥特繪譜生物科技(上海)有限公司 暫無(wú)發(fā)布時(shí)間 (訪問量:26183)

上皮組織靠干細(xì)胞自我更新維持功能,干細(xì)胞通路突變易致腫瘤。在腸道中,WNT(配體蛋白質(zhì)Wnt和膜蛋白受體結(jié)合激發(fā)的一組多下游通道的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑)信號(hào)是干細(xì)胞狀態(tài)的關(guān)鍵開關(guān)(調(diào)節(jié)因子),要是這個(gè) “開關(guān)” 被瘋狂按下(過度激活),就會(huì)推動(dòng)腫瘤發(fā)生。結(jié)直腸腫瘤保留部分起源組織結(jié)構(gòu),存在“領(lǐng)導(dǎo)型的”癌干細(xì)胞(CSCs)和“下屬型”癌分化細(xì)胞(CDCs)。CSCs具有高WNT活性和強(qiáng)增殖能力,可分化為CDCs。CSCs在腫瘤生長(zhǎng)中的作用明確,但CDCs的作用未知,其廣泛存在暗示對(duì)結(jié)直腸癌(CRC)進(jìn)展有重要貢獻(xiàn)。CDCs去分化為CSCs的細(xì)胞可塑性在CSCs耗盡時(shí)被觀察到,可恢復(fù)腫瘤生長(zhǎng)潛力。這些過程在體內(nèi)和體外類器官中均存在,由腫瘤細(xì)胞協(xié)調(diào),但其對(duì)治療耐藥性和復(fù)發(fā)的影響及調(diào)控機(jī)制尚未明確。此前研究發(fā)現(xiàn)腸細(xì)胞有獨(dú)特代謝表型,乳酸可在細(xì)胞間交換,但腫瘤細(xì)胞代謝表型及其對(duì)細(xì)胞命運(yùn)的影響尚不清楚。

基于此,荷蘭烏得勒支大學(xué)醫(yī)學(xué)中心Maria J. Rodríguez Colman實(shí)驗(yàn)室等在Cell Metabolism發(fā)表題為“Lactate controls cancer stemness and plasticity through epigenetic regulation”的研究文章,揭示乳酸依賴表觀遺傳調(diào)控因子MYC和BRD4,通過抑制分化和激活CDCs回歸CSC狀態(tài),增加CSCs群體,表明乳酸是維持CSC群體和調(diào)控MYC影響腫瘤發(fā)展的關(guān)鍵因子。

研究思路圖

研究結(jié)果

1. CSCs和CDCs顯示出不同的乳酸代謝

先前研究發(fā)現(xiàn),小鼠腸道干細(xì)胞和分化細(xì)胞存在代謝差異,人類結(jié)腸和結(jié)腸腫瘤中也存在類似代謝差異,免疫染色顯示分化細(xì)胞比干細(xì)胞表達(dá)更高水平的MCT4,提示其更具糖酵解性。腫瘤細(xì)胞中,CDCs的MCT4水平更高,表明腫瘤內(nèi)細(xì)胞代謝存在差異。對(duì)60個(gè)腫瘤樣本進(jìn)行單細(xì)胞RNA測(cè)序,結(jié)果發(fā)現(xiàn)腫瘤細(xì)胞存在干細(xì)胞樣、TA樣、腸上皮細(xì)胞樣和分泌細(xì)胞樣等類型,其中分化腸上皮細(xì)胞樣細(xì)胞糖酵解評(píng)分升高,TA樣細(xì)胞線粒體代謝評(píng)分最高。類器官模型顯示CSCs的NAD+/NADH比值高于CDCs,CDCs乳酸分泌更多,CSCs乳酸攝取能力更強(qiáng),提示兩者存在代謝互作。這些結(jié)果表明,CSCs和CDCs在代謝上存在差異,CDCs的乳酸產(chǎn)生和CSCs的乳酸攝取可能在腫瘤發(fā)展中發(fā)揮重要作用

圖1. CSCs和CDCs顯示出不同的乳酸代謝

2. 乳酸通過抑制分化和誘導(dǎo)去分化來(lái)增加CSC

腫瘤微環(huán)境的特征包括低葡萄糖和高乳酸,結(jié)果1已經(jīng)表明,CDCs和CSCs通過乳酸相互作用。因此,作者進(jìn)一步研究乳酸在腫瘤發(fā)展中的作用。

研究發(fā)現(xiàn),高水平乳酸和低水平葡萄糖培養(yǎng)細(xì)胞,能顯著增加CSC群體,降低分化標(biāo)志物表達(dá),增加干細(xì)胞標(biāo)志物表達(dá),且在TPO3中更明顯。而單獨(dú)降低葡萄糖無(wú)法重現(xiàn)該表型;而抑制MCT轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白導(dǎo)致細(xì)胞內(nèi)乳酸積累,也增加CSC數(shù)量,表明細(xì)胞外和內(nèi)源性乳酸均促進(jìn)CSC特性。

4D成像顯示,對(duì)照條件下,類器官中CSC比例隨時(shí)間減少;而乳酸條件下,細(xì)胞分化減少50%,去分化顯著增加。細(xì)胞的周期延長(zhǎng),類器官大小無(wú)顯著差異(乳酸增加了增殖性,CSC數(shù)量平衡了生長(zhǎng)率)。在穩(wěn)態(tài)下,腸道干細(xì)胞對(duì)稱分裂,乳酸使不對(duì)稱細(xì)胞命運(yùn)頻率增至18.3%,主要是姐妹細(xì)胞去分化。這些結(jié)果表明,乳酸通過抑制分化、誘導(dǎo)CDCs回歸到增殖性CSC狀態(tài)來(lái)促進(jìn)CSCs,揭示了乳酸水平升高在腫瘤發(fā)展中的重要作用

圖2. 乳酸通過抑制分化和誘導(dǎo)去分化來(lái)增加CSC

3. 乳酸重塑代謝并獨(dú)立于線粒體丙酮酸轉(zhuǎn)運(yùn)誘導(dǎo)干性

為了探究乳酸誘導(dǎo)干細(xì)胞特性的內(nèi)在機(jī)制,作者研究分析了乳酸對(duì)代謝組的影響。結(jié)果發(fā)現(xiàn),乳酸處理后,代謝組發(fā)生變化,糖酵解中間產(chǎn)物減少,TCA循環(huán)中間產(chǎn)物增加,丙酮酸和乙酰輔酶 A 水平顯著升高,表明乳酸可促進(jìn)線粒體活性。

研究也發(fā)現(xiàn),丙酮酸、DCA等處理可增加乙酰輔酶A水平和CSC數(shù)量,抑制細(xì)胞分化,增強(qiáng)去分化,誘導(dǎo)不對(duì)稱細(xì)胞命運(yùn),這些作用與乳酸類似。

此外,雖然線粒體活性對(duì)誘導(dǎo)癌癥干性很重要,但阻斷線粒體丙酮酸載體(MPC)并不能逆轉(zhuǎn)乳酸等誘導(dǎo)的CSC增加,說(shuō)明乳酸可獨(dú)立于線粒體丙酮酸轉(zhuǎn)運(yùn)支持線粒體呼吸和誘導(dǎo)干性。

綜上,乳酸通過驅(qū)動(dòng)代謝重編程,增加線粒體呼吸作用和TCA循環(huán)中間體水平,從而誘導(dǎo)癌癥干細(xì)胞特性,且線粒體活性在這一過程中發(fā)揮關(guān)鍵作用

圖3. 乳酸通過重編程代謝并誘導(dǎo)干細(xì)胞特性,且這一過程不依賴于線粒體丙酮酸的攝取

4. 乳酸增強(qiáng)了MYC位點(diǎn)的組蛋白乙酰化和染色質(zhì)可及性

轉(zhuǎn)錄重編程在調(diào)控細(xì)胞類型特異性中起關(guān)鍵作用。對(duì)腫瘤類器官RNA測(cè)序分析顯示,乳酸處理后,差異顯著的基因主要富集于WNT信號(hào)通路、細(xì)胞增殖、遷移以及與染色質(zhì)重塑相關(guān)等類別。

染色質(zhì)重塑因子活性受底物和輔因子可用性調(diào)控。組蛋白乙酰化分析顯示,乳酸、丙酮酸和DCA處理增加了多個(gè)組蛋白殘基(H3pan、H3K27、H3K9)的乙酰化水平,且這種作用依賴于乙酰轉(zhuǎn)移酶活性。免疫熒光和FRET報(bào)告基因分析顯示,CSCs中的組蛋白乙酰化水平高于CDCs,抑制組蛋白乙酰化可抵消乳酸和DCA增加CSC的作用。

ATAC分析表明,乳酸改變了652個(gè)基因的染色質(zhì)可及性,其中90%的基因可及性增加,包括MYC等癌基因和WNT通路的轉(zhuǎn)錄因子。誘導(dǎo)MYC表達(dá)可模擬乳酸誘導(dǎo)的表型,表明乳酸對(duì)干性的調(diào)節(jié)依賴于對(duì)MYC表達(dá)的表觀遺傳調(diào)控

圖4. 乳酸增強(qiáng)了MYC位點(diǎn)的組蛋白乙酰化和染色質(zhì)可及性

5. 乳酸誘導(dǎo)的干性和可塑性依賴于MYC

分析兩個(gè)RNA數(shù)據(jù)集(290和96個(gè)腫瘤樣本),發(fā)現(xiàn)MYC特征與糖酵解、氧化磷酸化正相關(guān)。單細(xì)胞水平上,MYC特征評(píng)分在不同細(xì)胞類型間有差異,TA樣細(xì)胞評(píng)分最高,CDCs糖酵解評(píng)分更高,且MYC與糖酵解特征無(wú)相關(guān)性。乳酸誘導(dǎo)的“MYC激活”狀態(tài)由糖酵解型CDCs等細(xì)胞創(chuàng)造的高乳酸環(huán)境支持,促進(jìn)氧化型、增殖型CSCs發(fā)生。

乳酸對(duì)MYC及干細(xì)胞特性的影響受表觀遺傳調(diào)控。BRD4抑制劑可改變基因表達(dá),抑制MYC及其特征基因,阻止乳酸和DCA增加CSC群體。4D活細(xì)胞成像顯示,BRD4抑制部分挽救乳酸誘導(dǎo)的分化抑制,顯著阻止去分化至CSC狀態(tài),逆轉(zhuǎn)不對(duì)稱細(xì)胞分裂,阻止細(xì)胞周期延長(zhǎng)。

使用MYC抑制劑和MYC敲低細(xì)胞系,發(fā)現(xiàn)二者均部分逆轉(zhuǎn)乳酸誘導(dǎo)的CSC增加和去分化,降低不對(duì)稱細(xì)胞命運(yùn)頻率,減少克隆大小,延長(zhǎng)細(xì)胞周期。誘導(dǎo)MYC表達(dá)對(duì)CSC增加有加成作用但不顯著。因此乳酸通過表觀遺傳調(diào)控影響腫瘤發(fā)展的關(guān)鍵方面,包括增殖、干細(xì)胞特性和癌細(xì)胞可塑性

圖5. 乳酸誘導(dǎo)的干性和可塑性依賴于MYC

小結(jié)

通過人源腫瘤類器官及機(jī)器學(xué)習(xí)技術(shù)發(fā)現(xiàn),乳酸作為代謝信號(hào)可維持癌干細(xì)胞(CSC)干性并驅(qū)動(dòng)癌分化細(xì)胞(CDC)逆分化。機(jī)制上,乳酸通過誘導(dǎo)組蛋白修飾激活BRD4-MYC信號(hào)軸,以此增強(qiáng)CSC特性及腫瘤細(xì)胞可塑性。鑒于BRD4是該調(diào)控通路的核心節(jié)點(diǎn),研發(fā)靶向BRD4的小分子藥物有望精準(zhǔn)抑制CSC干性,為阻斷腫瘤復(fù)發(fā)提供新策略。

參考文獻(xiàn)

Lactate controls cancer stemness and plasticity through epigenetic regulation. Cell Metabolism. 2025

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