Nature Communications | 代謝組學和蛋白質組學揭示阻斷精氨酸琥珀酸合成酶1可緩解潰瘍性結腸炎-技術前沿-資訊-生物在線

Nature Communications | 代謝組學和蛋白質組學揭示阻斷精氨酸琥珀酸合成酶1可緩解潰瘍性結腸炎

作者:麥特繪譜生物科技(上海)有限公司 暫無發布時間 (訪問量:16586)

潰瘍性結腸炎(UC)是一種慢性特發性炎癥性腸?。↖BD),其特征是結腸粘膜彌漫性炎癥,經常復發,導致生活質量下降以及結腸炎相關結直腸癌的風險增加。UC已成為一項全球性的健康挑戰,給患者和醫療保健系統帶來了沉重負擔。由于UC的發展是由多種因素的復雜相互作用驅動的,其治療仍然是一項重大挑戰。

 

2025年7月30日,中國藥科大學周偉等研究團隊在期刊Nature Communications上發表了題為“Metabolomics and proteomics reveal blocking argininosuccinate synthetase 1 alleviates colitis in mice”的研究文章。本文采用非靶向代謝組在發現隊列中確定健康對照和UC參與者之間的差異代謝特征以及富集通路,隨后使用其他隊列進行了靶向代謝組驗證,并與來自結腸組織的蛋白質組學數據進行了交叉驗證。最后,采用體內和體外實驗來探索潛在機制。

 

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01、技術路線圖

 

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02、研究結果

 

1. 建立人類潰瘍性結腸炎(UC)多中心隊列

 

在中國的三家醫院建立了多中心UC 隊列:(1)發現隊列:131名UC患者和127名健康對照,(2)驗證隊列一:141名UC患者和136名健康對照,(3)驗證隊列二和三:30名UC患者和30名健康對照。以上隊列的年齡和性別均匹配,發現隊列采集血清、結腸粘膜組織和糞便,驗證隊列采集血清。

 

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圖1. 建立多中心人類UC隊列

 

2.多組學數據顯示UC患者的精氨酸和限速生物合成酶 (ASS1) 升高

 

非靶向代謝組學發現,與健康對照相比,發現隊列的UC患者血清樣本中mTOR信號通路顯著富集。Pearson相關性分析表明,血清中精氨酸和亮氨酸(mTOR通路的組成部分)與Mayo評分(UC患者的嚴重程度)顯著正相關。靶向代謝組學驗證,三個驗證隊列中血清精氨酸水平均顯著升高,與發現隊列的結果一致。此外,發現隊列中UC患者糞便樣本中的精氨酸水平也升高。無標記定量蛋白質組學發現,與健康對照相比,UC患者的結腸組織中ASS1(精氨酸琥珀酸合成酶1)蛋白顯著上調,這也通過蛋白質印跡,qRT-PCR和免疫組織化學進一步證實。

 

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圖2. 對照組和UC參與者之間不同的代謝譜

 

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圖3. 人類UC患者精氨酸和ASS1水平升高

 

3. 外源性精氨酸加劇了UC小鼠臨床癥狀

 

與對照小鼠相比,UC小鼠顯示出體重顯著快速減輕,疾病活動指數(DAI)增加,結腸長度減少。靶向代謝組表明,UC小鼠血清和結腸組織中的精氨酸水平顯著升高。組織病理學分析表明,UC小鼠中的炎癥細胞浸潤和粘膜損傷增加。ELISA檢測表明,UC小鼠結腸組織中髓過氧化物酶(MPO)水平和促炎細胞因子(包括IL-6和IL-1β)顯著升高。Western檢測顯示,UC小鼠結腸組織中磷酸化mTOR、STAT3和S6,以及ASS1和COX-2蛋白的表達增加。糞便16S rDNA測序分析,產生丁酸鹽的clostridiumoscillibacter的豐度顯著降低。以上臨床癥狀在補充精氨酸的UC小鼠中更為明顯。

 

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圖4. 外源性精氨酸加劇了UC小鼠臨床癥狀

 

4.ASS1/精氨酸軸通過激活mTOR通路在UC的發展中起著至關重要的作用

 

在UC小鼠結腸組織中,ASS1過表達也會加劇了UC小鼠臨床癥狀,而ASS1基因敲低以及使用ASS1抑制劑(α-甲基-dl-天冬氨酸,MDLA)則表現出相反的癥狀。體外實驗:在人結腸粘膜上皮細胞系(NCM460 細胞)、原代腸上皮細胞以及人類的腸道類器官中,與MDLA預孵育或ASS1基因敲低提供了保護作用,減少了IL-6誘導的mTOR通路激活和IL-1β釋放。

 

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圖5. 精氨酸合成的調控顯著影響UC小鼠的臨床癥狀

 

5.ASS1在IL-6刺激的結腸上皮細胞中的表觀遺傳激活

 

利用IL-6刺激NCM460細胞誘導UC,qRT-PCR檢測發現IIL-6刺激上調了ASS1的mRNA水平。染色質免疫沉淀(ChIP)測定表明,IIL-6刺激導致ASS1啟動子區發生的表觀遺傳變化(如乙?;疕3和三甲基化H3K4水平升高、二甲基化H3K9水平降低)。轉錄因子c-Myc(位于ASS1的啟動子)敲低會阻止 IL-6 誘導的 ASS1 mRNA 表達,并且逆轉了 IL-6 誘導的表觀遺傳激活。免疫共沉淀(Co-IP)發現,c-Myc可與p300(組蛋白乙酰轉移酶)以及KDM3A(H3K9去甲基化酶)形成復合物,從而驅動了ASS1的轉錄激活。

 

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圖5. ASS1在暴露于IL-6的NCM460細胞中的表觀遺傳激活

 

6.篩選確定C-01是ASS1的抑制劑

 

通過虛擬篩選、分子動力學模擬和細胞實驗驗證,發現化合物C-01可有效抑制受IL-6刺激的NCM460 細胞的STAT3磷酸化。表面等離子體共振(SPR)表明,C-01可以直接有效地與ASS1結合。C-01治療有效降低了結腸炎小鼠的DAI評分,減輕了結腸縮短,改善了結腸組織病理學,并降低了促炎細胞因子的水平。C-01處理抑制了DSS小鼠COX-2、P-mTOR、P-STAT3和P-S6的蛋白水平。此外,在C-01處理的小鼠中觀察到結腸組織和血液中精氨酸水平的下調。藥代動力學表明,具有良好藥代動力學特征的C-01是UC治療的潛在候選藥物。

 

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圖6. 篩選確定C-01是ASS1的抑制劑

 

03、研究小結

 

本研究重新定義了精氨基琥珀酸合成酶ASS1/精氨酸在潰瘍性結腸炎(UC)病理過程中的作用,以及精氨酸在潰瘍性結腸炎發生發展中的雙重性。表明ASS1/精氨酸軸通過激活mTOR通路在UC的發展中起著至關重要的作用。C-01對ASS1的治療靶向可能是治療UC的有價值的候選者,其臨床轉化有待進一步研究。

 

參考文獻

 

Liu S, et al. Metabolomics and proteomics reveal blocking argininosuccinate synthetase 1 alleviates colitis in mice. Nat Commun. 2025

 

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