R-Loop（RNA: DNA hybrid）是由一條RNA單鏈侵入雙鏈DNA，與其中一條DNA鏈互補結合，而形成的一種特殊的三鏈核酸結構。其廣泛存在于細菌、酵母、植物到哺乳動物的各種基因組中。研究發現，R-loop與復制壓力、DNA損傷以及多種人類疾病（如神經退行性疾病和癌癥）相關聯。
圖1. R-loop結構示意圖。綠框：R-loop在生理條件下發揮的主要功能。紅框：持續存在且具有損傷性的R-loop最值得關注的作用。[1]
正是由于其重要的生物學功能，精準檢測R-loop已成為表觀遺傳學和基因組穩定性研究的關鍵。然而，R-loop的瞬時性、動態性和結構敏感性，使得其檢測一直是領域內的技術難題。
傳統技術：
- 樣本起始量高：
傳統DRIP-seq等方法通常需要數百萬至上千萬細胞，臨床穿刺樣本、原代細胞、早期胚胎等珍貴材料難以滿足這一要求。 - 操作繁瑣且破壞結構：
甲醛交聯、超聲打斷、免疫沉淀、末端修復等步驟長達2-3天，機械力和交聯劑極易破壞脆弱的DNA-RNA雜合鏈，導致信號失真。 - 信噪比低且特異性差：
基于免疫共沉淀的“下拉”方法背景噪音高，加上抗體對雙鏈RNA的交叉反應，假陽性風險高。
為了解決這些問題，近岸蛋白潛心研發出CUT&Tag® R-loop試劑盒（NovoNGS® CUT&Tag® R-loop Assay Kit (for Illumina®)，Cat.No.: N159），使用Protein A/G融合的轉座酶與抗體結合技術，僅切割結合位點序列，讓您輕松在實驗室實現精準的R-loop定位，捕獲高質量R-loop圖譜，為揭示R-loop在表觀遺傳以及轉錄調控中的重要功能提供有價值的研究視角。
四大產品優勢
1、相較于傳統的DRIP-seq和DRIPc-seq技術，細胞起始量低至2萬個；
2、實驗操作簡單，僅需10 h；
3、背景噪音低，信噪比高；
4、完整對照體系，結果更可信。
R-loop檢測方法比對
實驗流程圖
1 特異性R-loops信號檢測
圖2. 使用此CUT&Tag® R-loop Assay試劑盒對100K數量的K562細胞進行H3K27me3、CTCF和S9.6抗體檢測，其中用RNase孵育的CTCF組peak信號強度無明顯變化，而用RNase孵育的S9.6 抗體組的peak信號消失，說明S9.6抗體組peak信號是特異性的R-loops信號。
2 三種人源細胞陽性與陰性對照組的CUT&Tag® R-loop結果
圖3. 使用此CUT&Tag® R-loop Assay試劑盒對100K數量的K562、TF-1和Jurket細胞進行R-Loop檢測，設置：S9.6抗體、RNase（預處理）+S9.6抗體（陰性）、不加一抗（陰性）三種條件。圖片展示了19號染色體上一段代表性區域，三種細胞的S9.6抗體組均在TMED1位點上有特異性峰，而陰性組無明顯的特異性峰。綜上，三種不同來源的細胞均檢測出明顯的R-loop peak信號。
3 不同細胞量CUT&Tag® R-loop測試
圖4. 使用此CUT&Tag® R-loop Assay試劑盒對不同數量的K562細胞進行S9.6抗體檢測。圖片展示了19號染色體上一段區域，20K-200K細胞量均可穩定檢測到R-loop peak，且信號位置一致。表明該試劑盒在不同細胞量條件下具有良好的檢測一致性。
產品信息
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參考文獻
[1] Uruci, S.; Lo, C.S.Y.; Wheeler, D.; Taneja, N. R-Loops and Its Chro-Mates: The Strange Case of Dr. Jekyll and Mr. Hyde. Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 8850.