??? 克隆鑒定是分子克隆實驗中最常進行的工作之一。如果能掌握正確的方法，盡量減少克隆鑒定所需的等待時間以及工作量，將為分子生物工作者節約更多的寶貴時間、精力并加快實驗的進度，這就是經驗豐富的實驗者常說的合理的“偷懶”（或類似的說法）。以下總結了幾種可以省時省力進行克隆鑒定的“偷懶”竅門，以期對要經常進行此項實驗的分子生物工作者有些幫助。
“偷懶”竅門一：多利用PCR鑒定進行克隆鑒定
“偷懶”竅門一：多利用PCR鑒定進行克隆鑒定
??? 克隆鑒定最常用到酶切鑒定，PCR鑒定兩種方法。
??? 酶切鑒定：此方法是利用最終克隆質粒特有的酶切圖譜進行篩選，需要先進行搖菌、抽提質粒、酶切消化、電泳幾個步驟，步驟多，時間長，出差錯的可能性也高（質粒抽提成功與否，酶切消化完全與否都會影響實驗的結果）。而且酶切鑒定受酶切圖譜及內切酶的限制：如果找不到易于區別陽性、陰性克隆的酶切結果，或者無合適的內切酶可用，酶切鑒定實行起來就有困難。因此分子實驗室的老手們常常都不把酶切鑒定列為優先的選擇，而是作為一種補充手段或者進一步驗證的方法。
PCR鑒定：而利用PCR進行克隆鑒定所基于的原理有兩種情況：
??? 1. 利用分別結合載體及外源DNA序列的特異引物充當上、下游引物進行PCR擴增，外源DNA正確插入后的最終克隆會擴增出預計大小的擴增帶（原理示意圖見圖一）。
圖一：克隆PCR鑒定原理之一
??? 2. 利用結合于載體上克隆位點兩側的上、下游引物對篩選克隆進行PCR，通過擴增條帶的大小來判斷是否有外源DNA插入，此時不必知道外源DNA的序列，可用來鑒定未知序列的外源DNA的克?。ㄔ硎疽鈭D見圖二）。
圖二：克隆PCR鑒定原理之二 
??? PCR鑒定可以用抽提后的質粒DNA充當模板開始PCR擴增，也可以直接以菌落或少量菌液（見竅門二）為模板開始PCR擴增，后一種情況只需經過PCR擴增，電泳步驟就可以得到鑒定結果，步驟簡單、快捷，而且可同時篩選數十甚至數百個克隆，這些優點讓PCR鑒定成為很多分子生物工作者首選的克隆鑒定方法。
需要注意的PCR假陽性條帶：?
???PCR鑒定中的最大問題當屬PCR的假陽性，假陽性產生的主要原因有兩種：
1. 由于用于轉化的連接產物DNA會殘留在平板上，使用菌落做PCR模板時，常會沾染連接產物DNA而導致假陽性。
2. 引物的非特異性結合導致的非特異性擴增條帶（特別有當非特異性擴增條帶大小與預計條帶大小相差不多時，對結果判斷影響很大）。
??? 幸運的是真正的陽性克隆其PCR擴增條帶產量非常的高（這是由于陽性克隆中的PCR模板是質粒的原因），使得陽性克隆所產生的擴增帶在絕大多數情況下較上面兩種情況所產生的擴增帶要明亮很多（參見竅門三中的圖四），較容易得出正確的判斷。
??? 使用少量培養后的菌液代替菌落進行PCR鑒定會有效減少第一種情況所導致的假陽性（具體方法見竅門二）。