Omicron重組毒株及新變體頻出,誰是更強的免疫逃逸大師?-商家動態-資訊-生物在線

Omicron重組毒株及新變體頻出,誰是更強的免疫逃逸大師?

作者:北京百普賽斯生物科技股份有限公司 2022-08-05T10:19 (訪問量:13823)

#全球疫情速覽#
據Worldometer實時統計數據顯示,截至北京時間5月16日6時全球累計確診新冠肺炎病例超5.2億,全球單日新增確診病例約48萬例。美國約翰斯·霍普金斯大學最近發布的統計數據顯示,截至美國東部時間17日,美國累計新冠死亡病例超過100萬例,累計確診82680909例。

世界衛生組織5月5日公布的一份評估報告顯示,2020年1月1日至2021年12月31日期間,新冠肺炎疫情導致的“超額死亡”人數約為1490萬人。

大流行風險依然嚴峻,美歐多國新冠病例再度攀升,全球主流毒株奧密克戎還在不斷變異,造成南非等國病例激增。歐盟委員會委員表示,“新冠疫情只是進入新階段,遠非結束。”

*“超額死亡”,指全球實際發生的死亡人數與基于大流行未發生年份估算得到的正常死亡人數之間的差額,是了解大流行影響的重要衡量標準。


重組毒株接連涌現

2022年3月,新冠病毒重組毒株"Deltacron"(XD)被證實的消息出現在各大新聞。世衛組織認為,新冠病毒進化以及出現包括重組毒株在內的新變異毒株的風險依然很高。而事實也證明確實如此,自XD被發現以來,XE、XL等各種重組株如雨后春筍般出現。截至目前,公共數據庫Pangolin已收錄從XA到XW共23種重組株。研究人員也表示,重組變體其實并不罕見,當機體同時感染2種或2種以上的新冠變種時,就可能產生重組變體。但絕大多數的重組變體會很快消亡,留存下來的,一般都是具有毒力和傳播優勢的毒株。

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Omicron重組毒株概述

由于大部分重組株的斷裂位點位于ORF區,不影響病毒Spike和Nucleocapsid等結構蛋白區域,故而此類病毒株的結構蛋白和重組來源的毒株完全一致,一般不會對病毒的識別和抗體結合產生影響。然而,由于ORF區的NSP蛋白在病毒感染過程中發揮功能,該位置的重組可能影響病毒的傳播能力。

Omicron仍在不斷變異

新冠病毒Omicron變種自2021年底出現以來以驚人的速度傳播和變異,第一代OmicronB.1.1.529(BA.1)在短短幾周內就在全球多個國家取代Delta占據主導地位,隨后又被下一個子變種BA.1.1所取代。2022年3月,BA.2亞型開始在亞洲和歐洲的部分地區迅速傳播并被認為相比于BA.1具有更強的傳染性且對現有單克隆抗體治療發生逃逸。同一時間還有另一個Omicron亞型BA.3在南非被檢測到,但并未在世界范圍內造成過多的感染病例。

相關閱讀:細說Omicron亞型:BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.3

2022年4月,又一新Omicron亞型BA.2.12.1感染病例數在全美范圍內呈爆炸性增長。美國疾控中心估計,截至5月初,BA.2.12.1病例占全美國感染人數的43%,遠高于2月初出現在美國疾控中心的變體跟蹤系統上0.2%的感染比例。對新變異特征的研究也表明BA.2.12.1可能具有更強的傳染性,比先前占主導地位的BA.2具有大約23%~27%的傳播優勢。另一個BA.2子譜系BA.2.13在比利時、德國、丹麥等歐洲國家傳播,造成約700人感染。

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BA.2.12.1在美國傳播情況

自新冠病毒爆發以來,南非地區接連爆發新突變。繼第二波Beta、第三波Delta、第四波Omicron之后,南非或將迎來第五輪疫情高峰。世界衛生組織于11日表示,2022年1月開始爆發于南非的Omicron病毒亞型變異株BA.4BA.5已分別擴散至十多個國家。截至今日,BA.4病毒已蔓延至少16個國家,累計病例超過1800起,BA.5則在至少17個國家被檢出,累計1300逾病例。

北京大學謝曉亮團隊于5月2日在bioRxiv發表了預印文章,對目前已發現的BA.2.12.1、BA.2.13、BA.4和BA.5突變株進行了研究。結果表明,上述新發現變異毒株都包含L452突變,并顯示出比BA.2更高的潛在傳播能力。與BA.1和BA.3相比,BA.2亞譜系中因缺乏G496S突變增加了它們與ACE2受體的結合能力;而F486V的引入和Q493R的缺失則可能導致疏水和親水相互作用減少,從而使得BA.4和BA.5的結合活性顯著降低。

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Omicron各譜系突變位點情況

此外,與BA.2相比,BA.2.12.1和BA.4/BA.5對接種3劑疫苗接種者的血漿表現出更強的中和逃避。通過進一步對逃避突變譜進行分析發現,L452突變出現在Omicron康復者誘導的免疫壓力下。

?ACROBiosystems緊密關注新冠疫情發展,第一時間研究開發了BA.2.12.1、BA.2.13、BA.4、BA.5等系列抗原蛋白,并開發有L452Q、L452M、L452R等熱門突變,致力于加速針對相關變異毒株及現有疫苗、治療性抗體及診斷試劑對其效果的研究,并在必要時迅速展開針對性新型疫苗及抗病毒藥物研發。
產品優勢覆蓋BA.1、BA.1.1、BA.2、BA.3、BA.2.12.1new、BA.2.13new、BA.4new、BA.5new等主要亞型;根據研究熱點,特別開發有L452Q、L452M、L452R&F486V等熱點突變;包括SpikeTrimer、RBD、NTD、S1、N蛋白等主要抗原分子;提供生物素化及非生物素化版本抗原蛋白,滿足不同實驗需求;純度經SDS-PAGE驗證大于95%;經MALS驗證大于90%;嚴格質控,活性保證,適用于ELISA/SPR/BLI等實驗。

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驗證數據
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經SDS-PAGE驗證,BA.2.12.1Spike Trimer (Cat. No.?SPN-C522d)純度>95%,經MALS驗證三聚體純度90%。

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Thepurity of SARS-CoV-2 Spike Trimer, His Tag (BA.2.12.1/Omicron) (Cat.No.?SPN-C522d)is more than?95%verifiedby SDS-PAGE and 90% verified by SEC-MALS. The molecular weight ofthis protein is around 510-560 kDa.

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經ELISA驗證,BA.2.12.1Spike Trimer (Cat. No.?SPN-C522d)與廣譜抗體(Cat.No.?S1N-M122)及Omicron特異性抗體(Cat.No.SPD-M305)均能發生結合,線性范圍分別為0.1-4ng/mL;1-31ng/mL。

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Immobilized SARS-CoV-2 Spike Trimer, His Tag (BA.2.12.1/Omicron) (Cat. No.SPN-C522d)at 1 μg/mL (100 μL/well) can bind Anti-SARS-CoV-2 Spike RBDAntibody, Chimeric mAb, Human IgG1 (Cat. No.S1N-M122)with a linear range of 0.1-4 ng/mL (Routinely tested).

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ImmobilizedSARS-CoV-2 Spike Trimer, His Tag (BA.2.12.1/Omicron) (Cat. No.SPN-C522d)at 1 μg/mL (100 μL/well) can bind Anti-SARS-CoV-2 Spike RBDAntibody, Mouse IgG1 (Omicron Specific) (Cat. No.?SPD-M305)with a linear range of 1-31 ng/mL (Routinely tested).

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參考文獻:

1.Chen, C. et al. CoV-Spectrum: analysis of globally shared SARS-CoV-2 data to identify and characterize new variants. Bioinformatics 38, 1735–1737, doi:10.1093/bioinformatics/btab856 (2021)

2.Yunlong Cao, Ayijiang Yisimayi, Fanchong Jian, et al. BA.2.12.1, BA.4 and BA.5 escape antibodies elicited by Omicron infection. bioRxiv 2022.04.30.489997; https://doi.org/10.1101/2022.04.30.489997

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