代謝產(chǎn)物鑒定是研究鑒定藥物經(jīng)體內(nèi)外酶作用下代謝后生成與藥物相關(guān)的新物質(zhì)（即藥物的代謝產(chǎn)物）。確認代謝產(chǎn)物結(jié)構(gòu)貫穿著藥物從篩選到臨床的全流程。
在藥物發(fā)現(xiàn)階段：第一、體外微粒體或者肝細胞中的代謝產(chǎn)物鑒定可以定位代謝軟點，及時發(fā)現(xiàn)容易發(fā)生代謝的位點，助力藥物化學家對候選化合物結(jié)構(gòu)進行針對性修飾和改造，獲得PK特性符合預(yù)期的化合物；第二、體外代謝產(chǎn)物鑒定可以發(fā)現(xiàn)具有藥物活性的代謝產(chǎn)物，例如抗癌藥物伊立替康的活性代謝產(chǎn)物SN-38，SN-38抗癌活性較原藥伊立替康提升數(shù)百倍，第三、篩選藥物-藥物相互作用風險低的候選化合物。
臨床前藥物開發(fā)階段：第一、分析鑒定體內(nèi)可能產(chǎn)生的代謝產(chǎn)物，為后續(xù)PK樣品的監(jiān)測提供指導；第二、結(jié)合代謝物鑒定的數(shù)據(jù)，分析原型藥物和代謝產(chǎn)物在動物體內(nèi)的排泄途徑，進行物質(zhì)平衡研究；第三、運用體外代謝產(chǎn)物鑒定的數(shù)據(jù)，預(yù)測體內(nèi)產(chǎn)生的代謝產(chǎn)物，以指導臨床前安全性評價的動物種屬的選擇。
臨床藥物開發(fā)階段：第一、研究藥物在動物種屬和人體中的代謝特征在質(zhì)和量上的差異，藥物臨床試驗階段的代謝產(chǎn)物鑒定可支持人體內(nèi)專有的或高比例代謝產(chǎn)物的發(fā)現(xiàn)，為臨床安全性評價提供更多的信息；第二、不同人群（患者或者健康受試者）臨床代謝產(chǎn)物鑒定數(shù)據(jù)，可用于評估健康志愿者中與患者或者腎/肝受損受試者之間的代謝差異，為個體化給藥提供數(shù)據(jù)支持；第三、追蹤原型藥物和主要代謝產(chǎn)物的排出人體內(nèi)的途徑的研究，支持物質(zhì)平衡研究。