?RAD-seq技術(shù)簡(jiǎn)介：
基于限制位點(diǎn)相關(guān)DNA （Restriction-site Associated DNA，RAD）的測(cè)序技術(shù)，即RAD-seq，是一種對(duì)酶切產(chǎn)生的基因組標(biāo)簽序列（Tags）進(jìn)行高通量測(cè)序的新技術(shù)，該技術(shù)能夠大幅降低基因組的復(fù)雜度，可快速在全基因組范圍內(nèi)鑒定出高密度的SNP位點(diǎn)。
對(duì)沒有參考基因組的物種而言，RAD-seq技術(shù)不受已知基因組序列的限制，即可大規(guī)模篩查SNP位點(diǎn)；基因組的復(fù)雜度被大幅降低，從而降低了測(cè)序成本，因而特別適合在群體水平進(jìn)行研究； 以往的技術(shù)在獲得SNP位點(diǎn)信息之后，需要通過設(shè)計(jì)相應(yīng)引物，再利用基因分型技術(shù)對(duì)每個(gè)樣本進(jìn)行分型，然后RAD-seq技術(shù)獲得SNP位點(diǎn)信息的同時(shí)，也就獲得了每個(gè)樣本的基因型。對(duì)有參考基因組的物種而言，數(shù)據(jù)分析更加簡(jiǎn)便，并且能夠有效開發(fā)新的SNP位點(diǎn)。另外，我們可以在測(cè)序前，通過對(duì)限制性內(nèi)切酶進(jìn)行選擇，靈活調(diào)整Tags的復(fù)雜度，適應(yīng)不同的研究需要。
獲得的大量SNP分型信息，主要可用于遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建，QTL定位和群體遺傳分析。此外，還可以在全基因組測(cè)序項(xiàng)目中輔助序列的組裝。
文庫構(gòu)建技術(shù)流程：
圖1. RAD-seq文庫構(gòu)建流程（Baird等，PLoS ONE，2008）
A.對(duì)基因組進(jìn)行酶切后，連接P1接頭（含有barcode）；
B. 隨機(jī)打斷；
C. 連接P2接頭；
D. 通過PCR篩選同時(shí)帶有P1和P2接頭的序列；片段大小選擇；測(cè)序。
數(shù)據(jù)分析流程：
圖2. RAD-seq數(shù)據(jù)分析流程
數(shù)據(jù)分析內(nèi)容：
1. 遺傳連鎖分析
測(cè)序策略
(1) PE100測(cè)序；
(2) 親本：分別10X以上；
(3) 子代：F1、F2 等臨時(shí)性群體，推薦每個(gè)個(gè)體平均測(cè)序深度為0.8-1X；RIL、DH等永久性群體，推薦每個(gè)個(gè)體平均測(cè)序深度為0.6X。
基礎(chǔ)信息分析
(1) 對(duì)于無參考基因組的物種，進(jìn)行個(gè)體 RAD tag 聚類與群體 RAD tag 聚類；對(duì)于有參考基因組的物種，與參考基因組進(jìn)行比對(duì)；
(2) SNP 檢測(cè)
高級(jí)信息分析
(1) 遺傳圖譜構(gòu)建
(2) QTL 定位（需提供表型數(shù)據(jù)）
2. 群體遺傳學(xué)分析
測(cè)序策略
(1) PE100測(cè)序；
(2) 推薦每個(gè)個(gè)體平均測(cè)序深度為基因組大小1.5 X。
基礎(chǔ)信息分析
(1) 對(duì)于無參考基因組的物種，進(jìn)行個(gè)體 RAD tag 聚類與群體 RAD tag 聚類；對(duì)于有參考基因組的物種，與參考基因組進(jìn)行比對(duì)；
(2) SNP 檢測(cè)
高級(jí)信息分析
(1) 進(jìn)化樹分析（Phylogeny tree）
(2) 群體結(jié)構(gòu)分析（Structure）
(3) 群體主要成分分析（PCA）