①磷酸鈣共沉淀法 用Ca2+沉淀磷酸離子和DNA，沉積在細胞質膜上的DNA可能通過吞噬作用被細胞吸收。
②DEAE-葡聚糖 它能結合DNA并促使細胞吸收。
③脂質體法 利用類脂經超聲波、機械攪拌等處理，形成雙脂層小囊泡，將DNA溶液包裹在內，通過與細胞質膜融合而使DNA進入細胞。
④脂質轉染法 用人工合成的陽離子類脂與DNA形成復合性，借助類脂穿過質膜而將DNA導入細胞內。
⑤電穿孔法 在脈沖高壓電場作用下將質膜瞬間擊穿，DNA得以進入細胞，細胞膜隨即修復正常。
⑥基因槍法 采用高速微彈發射裝置，常用直徑為1 μm左右的惰性重金屬粉末作為微彈，如鎢粉或金粉，其上沾有DNA，置于檔板的凹穴內。當用火藥或高壓氣體發射彈頭撞擊檔板時，微彈即以極高的速度射向靶目標。
在以上諸方法中，磷酸鈣共沉淀法成本低、操作方便，但效率低；脂質轉染法和電穿孔法，前者需要昂貴的試劑，后者需要特殊的儀器，但效率高，現在較常用。對哺乳動物受精卵等較大的細胞，導入外源DNA可以用顯微注射法，該方法效率極高，還可直接將DNA送入核內，但需要昂貴儀器，且技術復雜不易掌握。
除上述幾種方法外，還可采用病毒介導的轉染方法，更適用于較難轉染的細胞，目前常用的有腺病毒、慢病毒及腺相關病毒（AAV），可根據以下3種病毒的特性選擇合適的載體工具：